PDB-6e64: Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody 85RF45.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6.0E+64

タイトル

Crystal structure of malaria transmission-blocking antibody 85RF45.1

要素

85RF45.1 Fab heavy chain
85RF45.1 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / malaria / transmission-blocking / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Kundu, P. / Semesi, A. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural delineation of potent transmission-blocking epitope I on malaria antigen Pfs48/45.
著者: Kundu, P. / Semesi, A. / Jore, M.M. / Morin, M.J. / Price, V.L. / Liang, A. / Li, J. / Miura, K. / Sauerwein, R.W. / King, C.R. / Julien, J.P.

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e64.cif.gz	329.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e64.ent.gz	281.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e64_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e64_full_validation.pdf.gz	462 KB	表示
XML形式データ	6e64_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	6e64_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/6e64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6e62C 6e63C 6e65C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gc2-d 4hk0-1 3mj8-1 6c5i-d 3cvi-d 3piq-2 4ma1-1 4why-4 3wif-d 5ywf-1 6ghg-2 5i1l-2 3g6a-2 4py7-2 1igj-1 6co3-d 2fjf-8 1dee-5 3cfe-2 6m87-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 85RF45.1 Fab heavy chain

L: 85RF45.1 Fab light chain

A: 85RF45.1 Fab heavy chain

B: 85RF45.1 Fab light chain

94.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: 85RF45.1 Fab heavy chain

L: 85RF45.1 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 85RF45.1 Fab heavy chain

B: 85RF45.1 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.879, 86.522, 139.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	85RF45.1 Fab heavy chain 分子量: 23942.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	85RF45.1 Fab light chain 分子量: 23357.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, pH 6.9, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→43.4 Å / Num. obs: 15740 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 3.15→3.25 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1394 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.15→43.372 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2792	781	4.99 %
R_work	0.246	-	-
obs	0.2477	15637	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→43.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6542	0	0	0	6542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	9140
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.305	2418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1463-3.3434	0.3962	128	0.3536	2409	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3434-3.6014	0.3427	128	0.3134	2444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6014-3.9636	0.3278	128	0.2718	2447	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9636-4.5366	0.2566	128	0.233	2454	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5366-5.7136	0.2237	132	0.1977	2489	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7136-43.3764	0.2466	137	0.2105	2613	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0284	-0.0866	-0.0608	0.0043	-0.0132	0.0157	-0.1902	-0.176	-0.0841	0.079	0.0826	-0.3855	-0.4426	-0.3136	-0	0.418	0.0569	-0.1002	0.5465	-0.0523	0.4082	-49.9047	-1.8713	9.9925
2	-0.1868	0.1913	0.1433	0.0411	-0.1645	-0.0028	-0.127	-0.1313	-0.001	-0.2794	-0.1144	-0.0729	-0.0254	0.1066	0	0.6397	-0.0482	0.0426	0.3901	0.0164	0.2964	-58.2371	9.132	-20.5297
3	0.0711	0.026	0.0446	0.0201	-0.0524	0.0499	0.0249	-0.0479	-0.1765	-0.2191	-0.4035	0.2238	0.0478	-0.0902	0	0.5754	-0.0105	0.1616	0.3741	-0.0415	0.3263	-64.6595	12.2874	-30.4177
4	-0.0243	0.0023	0.0319	0.1444	-0.0825	0.0889	-0.06	-0.144	-0.4419	-0.0863	0.2464	-0.5556	-0.1012	-0.15	-0	0.2322	0.0397	-0.0449	0.3543	-0.0321	0.4433	-49.5846	-18.5209	-1.3792
5	0.0078	0.0063	-0.006	0.0152	-0.0252	-0.0021	-0.1471	0.0914	-0.224	0.1391	-0.0136	-0.2358	-0.048	-0.0625	-0	0.292	-0.0009	0.1067	0.4193	-0.0807	0.5251	-59.0685	-24.2265	5.7722
6	0.0095	-0.0029	0.0277	0.0064	0.0205	-0.0176	-0.2602	-0.2791	-0.083	-0.1077	-0.2115	0.0009	0.1329	-0.0225	-0	0.4649	0.0231	-0.0383	0.6676	-0.0075	0.6206	-47.6846	-27.2247	0.1945
7	-0.3142	-0.1882	0.2683	0.0499	0.0725	-0.0752	-0.5106	-0.5011	0.0132	-0.7011	-0.0412	-0.0858	0.1867	-0.0771	-0	0.2493	-0.0299	-0.1088	0.4197	-0.0031	0.3415	-53.1753	-16.3527	-6.2771
8	0.0945	0.024	0.0217	0.0169	0.0211	0.0675	0.3129	0.5053	0.0401	0.1554	-0.0979	0.0336	0.2057	0.1674	0	0.6051	-0.0588	-0.1069	0.4146	0.1062	0.472	-50.0816	3.4913	-29.6837
9	0.0017	0.008	-0.0321	0.051	0.0767	-0.0111	-0.0051	-0.0765	-0.3433	-0.1235	0.0298	0.501	0.0002	0.6487	-0	0.7	-0.1196	-0.0427	0.4187	0.1187	0.6521	-49.6695	-2.1428	-23.9934
10	0.0532	-0.052	-0.0574	-0.0031	0.0369	-0.0041	-0.153	0.3519	-0.2598	0.0422	0.4482	-0.2922	0.0203	-0.0221	0	0.4658	0.0675	0.0992	0.5462	-0.1104	0.4563	-44.764	2.0775	-32.1424
11	-0.1153	-0.1177	0.0584	0.0773	-0.0195	0.0485	0.1949	0.0564	-0.1581	0.1473	-0.1452	0.0365	0.0303	0.0788	0	0.5935	0.0233	0.1289	0.4606	0.0636	0.4548	-53.7869	-43.5779	-60.1284
12	-0.0257	-0.0214	0.059	0.1201	0.0025	0.0622	-0.0656	0.0223	0.0088	-0.0514	-0.033	0.1146	0.0667	0.1798	-0	0.5017	0.027	0.1537	0.4483	0.0654	0.3144	-52.0754	-45.3775	-56.7486
13	-0.2311	0.0554	0.039	0.152	-0.0594	0.1085	-0.0349	-0.0337	0.04	-0.3244	-0.0604	0.0154	-0.1319	-0.0225	-0	0.3927	-0.0687	0.1286	0.3758	0.028	0.4847	-61.5705	-52.971	-22.2165
14	-0.6164	0.1794	-0.1762	-0.0123	0.0461	0.031	-1.0388	0.4321	0.2292	1.7938	0.11	-0.2317	-0.0823	-0.0685	0	-1.0696	-0.0046	-0.1762	0.2732	0.06	0.4569	-52.5972	-24.0623	-48.3772
15	0.047	0.1034	0.3165	0.1911	0.0756	-0.1414	-0.0241	-0.1078	0.174	-0.0368	-0.0068	0.0223	0.2185	0.1696	-0	0.4569	0.0307	-0.0068	0.3651	0.0178	0.5607	-47.8243	-44.541	-20.8064
16	0.0043	-0.0753	0.0265	0.0496	0.0393	0.1037	-0.2213	-0.3607	0.3009	-0.0422	0.3379	0.2956	-0.3445	-0.0749	-0	0.6282	0.1541	-0.0134	0.5693	0.0254	0.3811	-57.7117	1.6811	11.4469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 103 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 104 through 177 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 214 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 48 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 49 through 61 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 62 through 75 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 76 through 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 114 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 151 through 171 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 172 through 209 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 1 through 59 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 60 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 120 through 214 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 1 through 113 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 114 through 209 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 1 through 33 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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