PDB-6bk7: 1.83 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bk7

タイトル

1.83 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment (residues 1-404) of Elongation Factor G from Enterococcus faecalis

要素

Elongation factor G

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Elongation factor G

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Cardona-Correa, A. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2017年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bk7.cif.gz	327 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bk7.ent.gz	267.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bk7_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bk7_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	6bk7_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	6bk7_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/6bk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/6bk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umeC 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5wp0C 6aonC 6aooC 6aziC 6b5fC 6b8dC 6blbC 6c8qC 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 5vh6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f87-3 6s1j-d 6hqi-d 5a4q-2 3d7l-3 5vh6-d 4mq2-3 2evg-d 4dif-1 6ej4-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07555

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (20) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Elongation factor G

B: Elongation factor G

ヘテロ分子

90.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Elongation factor G

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Elongation factor G

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.450, 86.425, 75.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Elongation factor G / EF-G 分子量: 45440.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌) 株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: fusA, EF_0200 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q839G9
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 12.5 mg/mL protein in 0.5 sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3 against screen PEGs II (G6), 15% w/v PEG6000, 5% w/v glycerol, cryoprotectant: reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月2日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→30 Å / Num. obs: 69321 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.052 / R_sym value: 0.046 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 3419 / CC_1/2: 0.774 / R_pim(I) all: 0.423 / R_rim(I) all: 0.9 / R_sym value: 0.793 / Χ²: 1.006 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5VH6

5vh6

解像度: 1.83→28.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 8.395 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21734	3436	5 %	RANDOM
R_work	0.19145	-	-	-
obs	0.19278	65859	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.832 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	-0.42 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.83→28.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5950	0	2	378	6330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.967	8452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	13537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.873	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.788	25	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.891	15	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.115	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.021	0.02	6982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.523	2.896	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.522	2.895	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.393	4.329	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.393	4.331	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.859	3.171	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.858	3.168	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.984	4.664	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.183	35.017	6810
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.151	34.651	6740
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	266	-
R_work	0.301	4711	-
obs	-	-	98.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6654	-2.9892	-0.9849	3.4307	-0.3667	2.8674	0.2374	-0.6501	1.0247	-0.0207	0.1108	-0.4887	-0.2461	0.3155	-0.3482	0.0976	-0.0858	0.0648	0.1641	-0.1791	0.2616	15.9162	5.611	39.0606
2	2.7755	-0.1541	-0.5707	1.3903	0.2661	3.0319	0.0388	0.3445	0.1556	-0.1247	-0.089	0.188	-0.2344	-0.1485	0.0502	0.0912	0.0019	-0.0086	0.0797	-0.0336	0.0935	3.6127	-0.2671	27.9464
3	3.277	-0.5503	-0.9415	2.2978	0.5834	2.416	-0.0472	-0.3975	-0.0072	0.259	-0.0588	0.4618	-0.1498	-0.3557	0.106	0.0784	0.0199	0.0776	0.1799	-0.0737	0.1683	-6.8081	-0.6778	45.5952
4	4.8133	-1.3188	-1.8129	1.5344	0.6698	1.6345	-0.0937	-0.5183	0.0661	0.0824	0.0706	-0.0586	0.0012	0.2454	0.0232	0.0797	-0.0072	0.0046	0.0909	-0.0204	0.0195	16.4291	-5.3199	37.5693
5	4.8636	-0.3265	-2.1151	1.325	0.4837	1.843	0.1099	-0.3322	0.7278	-0.0385	0.1301	-0.2484	-0.05	0.4897	-0.24	0.0791	-0.0385	-0.0003	0.2119	-0.0664	0.2372	32.9237	-2.397	30.9329
6	4.5068	-2.8104	1.2689	3.105	0.3109	2.7346	0.2302	-0.6276	-0.9933	-0.014	0.1019	0.4861	0.2528	-0.333	-0.3321	0.1189	-0.093	-0.0588	0.1695	0.1745	0.267	14.5521	22.0721	76.8214
7	2.7587	-0.0846	0.5671	1.4231	-0.4575	2.9947	0.0509	0.3643	-0.1529	-0.1333	-0.0926	-0.1996	0.246	0.1721	0.0417	0.0962	-0.0016	0.012	0.0895	0.0339	0.0975	26.8519	27.9281	65.6935
8	3.4039	-0.6052	0.9176	2.4926	-0.561	2.3439	-0.0424	-0.3953	-0.0303	0.2541	-0.0568	-0.4329	0.1511	0.3366	0.0991	0.0646	0.0115	-0.0743	0.1686	0.0748	0.1406	37.1668	27.9812	83.311
9	4.8044	-1.3133	1.7652	1.4654	-0.6506	1.5867	-0.0926	-0.5329	-0.0533	0.0803	0.0655	0.0493	-0.0039	-0.2334	0.0271	0.0801	-0.0068	-0.0058	0.0941	0.0203	0.0195	14.339	33.173	75.3979
10	5.0768	-0.3757	2.0263	1.4474	-0.4862	2.0874	0.1366	-0.3324	-0.74	-0.0626	0.0963	0.2514	0.0337	-0.5104	-0.2329	0.0626	-0.038	-0.0063	0.195	0.0615	0.2253	-2.4514	30.0314	68.6655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	83 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	154 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	231 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	336 - 404
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 82
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	83 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	154 - 229
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	230 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	336 - 404

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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