PDB-6b8d: 1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b8d

タイトル

1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Fragment (residues 1-405) of Elongation Factor G from Haemophilus influenzae

要素

Elongation factor G

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Elongation factor G

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2017年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b8d.cif.gz	173 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b8d.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b8d_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b8d_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	6b8d_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	6b8d_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umeC 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5wp0C 6aonC 6aooC 6aziC 6b5fC 6bk7C 6blbC 6c8qC 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 9bznC 9bzqC 9bzrC 5tv2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kbe-d 5vh6-d 5f87-1 2ggo-d 5kbh-d 3m8w-1 3un5-2 6wg9-2 3vcc-1 1gha-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07537

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (20) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Elongation factor G

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.823, 88.487, 130.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Elongation factor G / EF-G 分子量: 45178.871 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-405) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: fusA, fus, HI_0579 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: P43925
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 11.0 mg/mL protein in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3 against screen: Classics II (F6), 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月8日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 47575 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.018 / R_sym value: 0.043 / Χ²: 1.011 / Net I/σ(I): 38.4
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2388 / CC_1/2: 0.832 / R_pim(I) all: 0.325 / R_sym value: 0.797 / Χ²: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5TV2

5tv2

解像度: 1.78→29.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.841 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21366	2357	5 %	RANDOM
R_work	0.17257	-	-	-
obs	0.17457	44829	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.177 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.78→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2941	0	1	290	3232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.953	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.864	3	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.988	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.006	24.653	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.898	15	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.541	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.021	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.234	2.649	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.232	2.648	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.987	3.954	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.986	3.955	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.532	2.899	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.532	2.898	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.515	4.267	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.598	32.873	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.389	32.084	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	156	-
R_work	0.233	3276	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6352	-0.4248	-0.2949	1.2186	-0.9142	2.4439	0.0178	0.1953	-0.3518	-0.1305	0.0145	-0.0274	0.2842	0.1033	-0.0323	0.0665	0.0081	0.0183	0.037	-0.0519	0.09	12.2274	13.8889	24.4959
2	2.6043	0.3249	-1.38	0.6514	-0.0234	4.8231	-0.0793	0.2261	-0.171	-0.0912	0.072	-0.0758	0.1779	0.3236	0.0073	0.0343	0.0036	0.0369	0.0735	-0.0309	0.0696	13.6323	17.0947	19.2056
3	3.7856	-1.1433	1.7525	2.486	-1.4912	4.3982	0.017	0.3311	0.1386	-0.2324	-0.1605	-0.5903	0.0358	0.9141	0.1435	0.0336	-0.0081	0.0765	0.2237	-0.006	0.1795	28.0575	21.3875	24.2107
4	1.7594	-0.2447	-0.427	1.8226	0.0071	1.604	0.0272	-0.2563	0.0769	0.1616	0.0355	-0.2428	-0.0894	0.4472	-0.0627	0.0458	-0.0383	0.0037	0.1493	-0.0223	0.0883	19.6047	25.5048	36.5786
5	1.5453	0.1741	0.4342	2.0697	0.3188	4.014	-0.0952	0.6946	-0.0836	-0.4256	0.1436	-0.0389	-0.0512	-0.1177	-0.0484	0.131	-0.0578	0.0393	0.3426	-0.0368	0.0248	7.4765	18.5898	3.013
6	1.7434	0.0906	0.2086	3.646	-0.1091	4.3553	-0.0184	0.6104	-0.1896	-0.4586	0.0556	0.0272	0.138	-0.1917	-0.0372	0.1115	-0.048	0.0157	0.2902	-0.0675	0.0301	6.2696	16.4429	3.9283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	150 - 295
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	296 - 367
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	368 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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