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- PDB-6asb: CXXC and PHD-type zinc finger regions of FBXL19 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6asb
タイトルCXXC and PHD-type zinc finger regions of FBXL19 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • F-box/LRR-repeat protein 19
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CXXC zinc finger / PHD zinc finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


unmethylated CpG binding / SCF ubiquitin ligase complex / histone demethylase activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription coregulator activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding ...unmethylated CpG binding / SCF ubiquitin ligase complex / histone demethylase activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription coregulator activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PHD-finger / : / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain ...PHD-finger / : / A Receptor for Ubiquitination Targets / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / F-box/LRR-repeat protein 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Liu, K. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2017年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: F-box/LRR-repeat protein 19
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: F-box/LRR-repeat protein 19
G: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
I: F-box/LRR-repeat protein 19
J: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
L: F-box/LRR-repeat protein 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,34228
ポリマ－84,29612
非ポリマー1,04716
水00
1
A: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: F-box/LRR-repeat protein 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3367
ポリマ－21,0743
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: F-box/LRR-repeat protein 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3367
ポリマ－21,0743
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
I: F-box/LRR-repeat protein 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3367
ポリマ－21,0743
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
L: F-box/LRR-repeat protein 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3367
ポリマ－21,0743
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.729, 64.282, 67.324
Angle α, β, γ (deg.)103.530, 104.660, 99.400
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.998246, 0.038379, 0.045084), (-0.03712, 0.998906, -0.028451), (-0.046127, 0.026727, 0.998578)-14.32414, 17.88999, 26.630171
3given(0.998295, -0.034811, 0.046846), (-0.035055, -0.999376, 0.004406), (0.046663, -0.006041, -0.998892)15.76452, 159.675964, -89.212349
4given(0.988613, -0.142701, -0.047748), (-0.137974, -0.986261, 0.090847), (-0.060056, -0.083224, -0.99472)8.42002, 176.291672, -57.627838
5given(1), (1), (1)
6given(0.99734, 0.018558, 0.070488), (-0.016446, 0.999402, -0.030433), (-0.071011, 0.029193, 0.997048)-11.59123, 19.090219, 24.87421
7given(0.999515, 0.02694, 0.015609), (0.027367, -0.999239, -0.027809), (0.014848, 0.028223, -0.999491)8.7529, 163.202515, -94.773323
8given(0.988396, -0.137892, -0.063713), (-0.131994, -0.987247, 0.088999), (-0.075173, -0.079557, -0.993992)7.5737, 176.664551, -59.278172
9given(1), (1), (1)
10given(0.979121, 0.174993, 0.103439), (-0.179512, 0.983095, 0.036059), (-0.09538, -0.053874, 0.993982)4.72394, 10.72021, 27.33926
11given(0.989746, -0.134362, -0.048465), (-0.136246, -0.989949, -0.037914), (-0.042883, 0.044128, -0.998105)-6.58876, 151.730301, -98.347038
12given(0.976257, -0.199452, -0.084501), (-0.203812, -0.977906, -0.046475), (-0.073365, 0.062594, -0.995339)16.35952, 166.356155, -72.735184
13given(1), (1), (1)
14given(0.958841, 0.252496, -0.129884), (-0.237521, 0.963894, 0.120379), (0.15559, -0.084575, 0.984195)-19.236099, 12.18414, 54.788712
15given(0.949345, -0.311353, -0.042472), (-0.313461, -0.947802, -0.058426), (-0.022064, 0.068779, -0.997388)24.12645, 153.941757, -68.048042
16given(0.99375, -0.111441, -0.006404), (-0.111595, -0.993172, -0.034005), (-0.002571, 0.034507, -0.999401)-4.94064, 154.016708, -95.128387

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
F-box/LRR-repeat protein 19 / F-box and leucine-rich repeat protein 19


分子量: 13747.133 Da / 分子数: 4
Fragment: CXXC and PHD-type zinc finger regions (UNP residues 31-153)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL19, FBL19 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q6PCT2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 28% PEG2000-MME, 0.1 M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2831 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2831 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47.91 Å / Num. obs: 19440 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 84.61 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 71758 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-33.80.6551086428710.8430.3920.7642.197.5
9.01-47.913.60.06421686000.9810.040.07631.794.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: coordinates related to pdb entries 4HP3, 4O64

4hp3

4o64


解像度: 2.85→47.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.453 / SU Rfree Blow DPI: 0.352
詳細: chainsaw was used to modify the amino acid sequences of models during molecular replacement and refinement. arp/warp was used for the improvement of electron density maps. FBXL19 backbone ...詳細: chainsaw was used to modify the amino acid sequences of models during molecular replacement and refinement. arp/warp was used for the improvement of electron density maps. FBXL19 backbone geometry was restrained to coordinates from PDB entry 4O64. phenix and refmac were used during intermediate refinement stages. restraints for the refinement of metal ion sites were derived from MOGUL queries of CSD structures. coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed on the molprobity server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 984 5.06 %thin resolution shells (sftools)
Rwork0.213 ---
obs0.215 19437 97.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 212.3 Å2 / Biso mean: 70.64 Å2 / Biso min: 22.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.5687 Å27.8802 Å29.9807 Å2
2---18.4476 Å214.6191 Å2
3---5.8789 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→47.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2950 1944 16 0 4910
Biso mean--100.31 --
残基数----530
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1453SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes43HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes570HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion703SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance63HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5099SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5167HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7375HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.43
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 162 5.65 %
Rwork0.238 2705 -
all-2867 -
obs--97.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2368-0.5743-3.3985-0.219-1.47236.0390.0502-0.16320.1145-0.3581-0.0355-0.2313-0.0704-0.0941-0.01470.19030.23360.2191-0.2305-0.0828-0.1812-74.194877.9578-33.8882
24.4098-1.2394-1.01274.13422.46547.0406-0.019-0.19310.3651-0.11550.0074-0.4950.05820.2350.01160.11730.11060.2733-0.2797-0.0069-0.1397-75.197377.1962-33.773
37.2165-1.48921.27671.8508-0.3453.4506-0.2234-0.7909-0.0437-0.0660.16320.0981-0.0063-0.53490.06020.08260.10410.1547-0.1108-0.0269-0.2202-91.045974.3665-30.0055
45.40090.9619-3.27651.52771.51222.85860.21630.6730.1482-0.4287-0.0818-0.1579-0.2097-0.0688-0.13460.33280.17330.261-0.2371-0.0904-0.3128-58.989756.0436-64.7992
56.4606-2.2953-2.7327-0.55231.22846.02080.09890.84750.18440.05960.0846-0.2938-0.4071-0.2324-0.18350.3480.12140.3195-0.294-0.0845-0.2823-60.0755.1233-64.6837
66.82011.1674-1.17382.9403-1.88867.98870.12150.25310.1061-0.62570.22170.41130.1104-0.8505-0.34320.17840.08960.0674-0.283-0.0679-0.3281-69.305749.8699-59.5449
74.04520.05741.92961.6002-1.18265.33520.05160.3425-0.2920.00010.2044-0.61340.3769-0.2604-0.2560.0925-0.24420.11050.0764-0.263-0.2534-84.246583.1709-59.6491
85.27313.60194.3371.68560.02267.1214-0.05910.3862-0.07770.13520.0068-0.1982-0.170.10390.05230.2269-0.10040.1747-0.0873-0.174-0.3182-85.203684.0706-59.7756
95.1794-0.25760.7361.47170.89972.3139-0.58060.79840.4798-0.23860.44880.1966-0.27940.14610.13180.077-0.07880.0684-0.05470.0687-0.2198-100.003987.2106-62.0443
105.17240.54410.73551.40030.92855.7360.1902-0.7761-0.12250.5293-0.0904-0.383-0.16070.2036-0.09980.2743-0.08560.0876-0.1692-0.0536-0.3173-69.5383105.4334-28.429
116.4442.09581.7918-0.4311.690413.40980.345-0.5146-0.40870.1825-0.1888-0.0207-0.31830.3915-0.15620.28560.02360.0901-0.2899-0.065-0.2834-70.7093106.3461-28.7828
121.7946-3.1205-0.94363.61960.38576.1352-0.14770.131-0.43440.51780.17830.7108-0.2021-0.7797-0.03050.13820.06080.2756-0.21760.045-0.1732-83.2626113.0498-32.4239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C35 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F35 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G1 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I33 - 153
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J1 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }K1 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }L33 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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