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- PDB-6asd: Zinc finger region of human TET1 in complex with CpG DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6asd
タイトルZinc finger region of human TET1 in complex with CpG DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methylcytosine dioxygenase TET1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / zinc finger / dna-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / epigenetic programing of male pronucleus / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation pathway / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / inner cell mass cell differentiation / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation ...: / epigenetic programing of male pronucleus / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation pathway / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / inner cell mass cell differentiation / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation / methyl-CpG binding / dendrite morphogenesis / stem cell population maintenance / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell migration / cellular response to reactive oxygen species / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / chromatin remodeling / iron ion binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / : / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2017年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
C: Methylcytosine dioxygenase TET1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,96422
ポリマ－12,8333
非ポリマー13119
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.502, 31.951, 65.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3664.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド Methylcytosine dioxygenase TET1 / CXXC-type zinc finger protein 6 / Leukemia-associated protein with a CXXC domain / Ten-eleven ...CXXC-type zinc finger protein 6 / Leukemia-associated protein with a CXXC domain / Ten-eleven translocation 1 gene protein


分子量: 5504.574 Da / 分子数: 1 / Fragment: Zinc finger region (UNP residues 587-632) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TET1, CXXC6, KIAA1676, LCX / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2
参照: UniProt: Q8NFU7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q8NFU7, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 17 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG-3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→36.72 Å / Num. obs: 11082 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 22.1 / Num. measured all: 40255 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.893.80.42325756760.8720.2520.4943.295.7
9.06-36.7230.0293041020.9980.0190.03553.891.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4hp3

4hp3


解像度: 1.85→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.58 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131
詳細: coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed on the molprobity server.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 539 4.9 %
Rwork0.2016 --
obs0.2033 10543 98.13 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.8 Å2 / Biso mean: 36.226 Å2 / Biso min: 22.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å20.3 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数348 486 19 58 911
Biso mean--35.78 39.37 -
残基数----69
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.014913
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.461322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3363.0111447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.799548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.54823.33315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4921584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.978154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1882.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1872.207181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.743.305227
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 44 -
Rwork0.241 765 -
all-809 -
obs--96.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7973-2.0198-0.7141.8113-0.54340.6956-0.144-0.1623-0.189-0.0040.2018-0.02080.0541-0.0592-0.05780.06530.058-0.00120.1101-0.00710.0898-65.544228.723411.3996
27.5508-3.0152-1.3143.41030.07491.2032-0.050.2297-0.2054-0.08350.01460.0660.0214-0.01340.03540.0510.05-0.01040.11340.0080.0436-65.108829.63239.9697
33.83972.4037-0.97876.8408-1.41684.810.0258-0.17840.06320.63480.1264-0.1477-0.2363-0.0045-0.15220.1420.0975-0.01050.0947-0.00470.0142-64.846839.164518.8573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3C586 - 630

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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