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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vc9 | ||||||
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Title | Zinc finger of human CXXC4 in complex with CpG DNA | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / CXXC / DNA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() zygotic specification of dorsal/ventral axis / Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / methyl-CpG binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / PDZ domain binding / Wnt signaling pathway / cytoplasmic vesicle / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, K. / Xu, C. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: DNA Sequence Recognition of Human CXXC Domains and Their Structural Determinants. Authors: Xu, C. / Liu, K. / Lei, M. / Yang, A. / Li, Y. / Hughes, T.R. / Min, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 101.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 74.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 442.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 442.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4nw3C ![]() 4o64C ![]() 4pziC ![]() 4z3cC ![]() 5w9qC ![]() 5w9sC ![]() 6asbC ![]() 6asdC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 3663.392 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Protein/peptide | Mass: 5611.951 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-UNX / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 49.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 30% PEG-1500, 5% MPD, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→27.24 Å / Num. obs: 13389 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 2.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 28017 / Scaling rejects: 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: unpublished model of related protein-DNA complex Resolution: 2.1→27.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 13.841 / SU ML: 0.174 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.196 Details: coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed with phenix.molprobity.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.52 Å2 / Biso mean: 45.818 Å2 / Biso min: 14.09 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→27.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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