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- PDB-3ofs: Dynamic conformations of the CD38-mediated NAD cyclization captur... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ofs | ||||||
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Title | Dynamic conformations of the CD38-mediated NAD cyclization captured using multi-copy crystallography | ||||||
![]() | ADP-ribosyl cyclase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / CD38 / cyclization / hydrolysis / cADPR / ADPR / ara-2'F-NAD / ara-2'F-ADPR | ||||||
Function / homology | ![]() 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dynamic Conformations of the CD38-Mediated NAD Cyclization Captured in a Single Crystal Authors: Zhang, H. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 593.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 492.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 75.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1yh3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29754.703 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: extracellular domain, residues 46-300 / Mutation: Q49T, N100D, E146A, N164D, N209D, N219D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-AVU / [( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.68 % / Mosaicity: 0.516 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97623 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→100 Å / Num. obs: 79445 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 12.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1YH3 Resolution: 2.2→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2579 / WRfactor Rwork: 0.2077 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8284 / SU B: 14.383 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.3024 / SU Rfree: 0.2246 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.225 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.13 Å2 / Biso mean: 47.9 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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