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- PDB-1yh3: Crystal structure of human CD38 extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yh3
タイトルCrystal structure of human CD38 extracellular domain
要素ADP-ribosyl cyclase 1
キーワードHYDROLASE / parallel beta sheets / two domains / membrane association / cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / positive regulation of vasoconstriction / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / transferase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Munshi, C. / Lee, H.C. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of human CD38 extracellular domain.
著者: Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Munshi, C. / Lee, H.C. / Hao, Q.
履歴
登録2005年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Prasad G.S., McRee D.E., Stura E.A., Levitt D.G., Lee H.C., Stout C.D. "Crystal structure ...SEQUENCE Prasad G.S., McRee D.E., Stura E.A., Levitt D.G., Lee H.C., Stout C.D. "Crystal structure of Aplysia ADP ribosyl cyclase, a homologue of the bifunctional ectozyme CD38." Nat Struct Biol. 1996 Nov;3(11):957-64 Jackson D.G., Bell J.I. "Isolation of a cDNA encoding the human CD38 (T10) molecule, a cell surface glycoprotein with an unusual discontinuous pattern of expression during lymphocyte differentiation." J. Immunol. 144:2811-2815(1990)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase 1
B: ADP-ribosyl cyclase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2992
ポリマ－59,2992
非ポリマー00
水5,837324
1
A: ADP-ribosyl cyclase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6501
ポリマ－29,6501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosyl cyclase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6501
ポリマ－29,6501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.839, 51.491, 66.439
Angle α, β, γ (deg.)108.27, 90.47, 97.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The active assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / Lymphocyte differentiation antigen CD38 / T10 / ...Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / Lymphocyte differentiation antigen CD38 / T10 / Acute lymphoblastic leukemia cells antigen CD38


分子量: 29649.637 Da / 分子数: 2 / 断片: human CD38 extracellular domain / 変異: N100D, N164A, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月20日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 41065 / Num. obs: 40203 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.383 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25336 1992 5.1 %RANDOM
Rwork0.18849 ---
all0.19174 39418 --
obs0.19174 37426 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.562 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å20.66 Å21.21 Å2
2--1.15 Å22.56 Å2
3---2.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3986 0 0 324 4310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0214102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2641.9335556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3345502
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.21990
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4090.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5391.52496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65924035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.231606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2974.51521
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.958 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 154
Rwork0.254 2617
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7149-1.13220.06060.9474-0.59250.2239-0.0504-0.3318-0.27040.12920.04570.1163-0.01880.01780.00460.274-0.0364-0.04160.23730.02330.30276.5239-16.9153.2326
20.9815-0.6602-0.06161.09950.05470.07280.0498-0.0038-0.1528-0.0035-0.01380.08170.022-0.0323-0.03590.2916-0.0147-0.01640.2397-0.03770.2743-0.3784-6.6536-4.0478
31.0015-0.63530.11141.2881-0.0131-0.17360.05710.0267-0.1240.0163-0.0295-0.0671-0.0511-0.0362-0.02760.293-0.0113-0.01270.2534-0.0210.27788.5322-4.6144-2.735
41.05440.1020.23380.56930.42061.51870.03070.0460.12840.0557-0.0073-0.09880.03290.0915-0.02340.2992-0.0152-0.00290.2442-0.02270.25741.712311.6322-1.2744
51.4284-0.25540.20311.4653-0.56411.31910.0534-0.1560.40410.13130.0448-0.0448-0.20180.0356-0.09820.2846-0.0213-0.00660.2355-0.07210.2356-2.803316.842.8088
62.9104-0.93710.5118-0.6006-2.05233.2073-0.0372-0.07220.40590.10160.1495-0.0422-0.0847-0.0412-0.11230.2984-0.01330.03180.216-0.03380.3099-16.620413.6166-7.9169
75.3329-0.31590.62680.43511.84292.24430.09350.95241.03040.03140.0533-0.4557-0.60210.1799-0.14690.30150.01110.18970.36590.36580.4717-16.066226.165-30.6222
80.9389-0.0257-2.16810.39270.80184.11940.26920.2970.54280.0011-0.1987-0.1247-0.0622-0.5186-0.07060.23290.07570.04280.30680.10850.3611-29.054620.3772-18.4534
90.2979-0.3072-0.10733.78640.28541.45170.19840.36470.0437-0.1717-0.0128-0.1189-0.0902-0.1489-0.18560.24370.13110.0670.58420.17520.1112-19.408310.3727-38.2651
101.9645-0.3624-0.64320.08260.87231.37540.14450.31220.30960.0714-0.054-0.11880.0165-0.1807-0.09050.24310.00390.02470.30520.0560.2724-22.486213.7872-19.4379
111.3353-0.098-0.40322.39340.8051.28540.14130.0207-0.0469-0.1747-0.28380.0530.0759-0.04530.14260.26130.0983-0.00570.45420.05840.087-24.8185-1.6246-39.5095
129.6033-2.7376-5.3451-2.6287-0.818520.55920.72660.5329-0.01130.010.11520.0202-0.2218-1.3543-0.84180.1952-0.0694-0.0520.26010.02530.3783-13.5005-11.9796-8.9371
13-0.004611.5103-12.081924.12828.03615.8059-0.09650.08730.1657-0.17530.12181.6573-0.9721-0.4276-0.02520.28550.01390.00740.2836-0.0080.2851-20.8978.946912.0801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3A161 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4A211 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5A256 - 286
6X-RAY DIFFRACTION6B45 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7B61 - 88
8X-RAY DIFFRACTION8B89 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9B111 - 142
10X-RAY DIFFRACTION10B143 - 192
11X-RAY DIFFRACTION11B193 - 296
12X-RAY DIFFRACTION12A73 - 80
13X-RAY DIFFRACTION13A287 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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