+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rom | ||||||
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Title | Crystal structure of human CD38 in complex with compound CZ-48 | ||||||
Components | ADP-ribosyl cyclase 1Cyclic ADP-ribose | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / X-crystallography / Calcium signaling / inhibitory compound / covalent intermediate / CZ-48 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Catalysis-based inhibitors of the calcium signaling function of CD38. Authors: Kwong, A.K. / Chen, Z. / Zhang, H. / Leung, F.P. / Lam, C.M. / Ting, K.Y. / Zhang, L. / Hao, Q. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rom.cif.gz | 224.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rom.ent.gz | 180 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rom.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rom | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rokC 3ropC 3roqC 1yh3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29539.479 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ectodomain (UNP residues 45-296) / Mutation: N100D, N164D, N219D, N209D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD38 / Plasmid: pPICZalpha / Production host: Pichia pastoris (fungus) / Strain (production host): X33 / References: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase #2: Sugar | #3: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | THE REAL LEAVING GROUP NICOTINAMI | Sequence details | Q -> T AT THIS POSITION IN GENBANK AAA68482 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.68 % / Mosaicity: 1.101 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 0.1M sodium acetate pH4.0, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, 15% PEG 10000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97908 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: May 8, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97908 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.04→50 Å / Num. obs: 31537 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.399 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1YH3 Resolution: 2.04→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2306 / WRfactor Rwork: 0.1854 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8529 / SU B: 10.363 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.2258 / SU Rfree: 0.1816 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.182 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 52.69 Å2 / Biso mean: 38.506 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.039→2.092 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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