PDB-3rop: Crystal structure of human CD38 in complex with compound CZ-50b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rop

タイトル

Crystal structure of human CD38 in complex with compound CZ-50b

要素

ADP-ribosyl cyclase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / X-crystallography / Calcium signaling / inhibitory compound / covalent intermediate / CZ-50b / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Catalysis-based inhibitors of the calcium signaling function of CD38.
著者: Kwong, A.K. / Chen, Z. / Zhang, H. / Leung, F.P. / Lam, C.M. / Ting, K.Y. / Zhang, L. / Hao, Q. / Zhang, L.H. / Lee, H.C.

履歴

登録	2011年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rop.cif.gz	224 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rop.ent.gz	180.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rokC 3romC 3roqC 1yh3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pgl-1 3dzg-1 3dzf-1 3dzj-1 3u4i-1 4f46-2 1yh3-2 6c28-2 3dzg-2 5d10-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase 1

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.817, 53.630, 63.540
Angle α, β, γ (deg.)	109.72, 91.19, 94.81
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10

分子量: 29539.479 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP residues 45-296) / 変異: N100D, N164D, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase

#2: 糖

ChemComp-50A / 2-deoxy-2-fluoro-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / Inhibitor CZ-50b arabinosyl-2-fluoro-2-deoxynicotinamide mononucleotide, bound form / 2-deoxy-2-fluoro-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 2-deoxy-2-fluoro-5-O-phosphono-D-ribose / 2-deoxy-2-fluoro-5-O-phosphono-ribose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 232.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀FO₇P

#3: 化合物

ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド

分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

非ポリマーの詳細

THE REAL LEAVING GROUP NICOTINAMIDE OF LIGAND 50A CAN NOT BE SEEN IN THE STRUCTURE

配列の詳細

Q -> T AT THIS POSITION IN GENBANK AAA68482

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.56 % / Mosaicity: 0.798 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M sodium acetate pH4.0, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, 15% PEG 10000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97908 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97908 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 37381 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.428 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.94-2.02	3.7	0.339	3686	0.827	1	96.6
2.02-2.1	3.7	0.256	3740	0.871	1	96.8
2.1-2.2	3.7	0.207	3733	0.98	1	97.4
2.2-2.31	3.7	0.166	3702	1.132	1	97.4
2.31-2.46	3.7	0.138	3757	1.097	1	97.7
2.46-2.65	3.7	0.113	3748	1.327	1	98.1
2.65-2.91	3.8	0.099	3736	1.477	1	98.3
2.91-3.33	3.7	0.087	3790	1.912	1	98.6
3.33-4.2	3.6	0.074	3792	2.294	1	98.8
4.2-50	3.5	0.068	3697	2.417	1	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3

解像度: 1.94→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.1801 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8758 / SU B: 7.537 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1707 / SU R_free: 0.1465 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20834	1891	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17284	-	-	-
obs	0.17462	35482	96.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.64 Å² / B_iso mean: 34.627 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	0.07 Å²	0.51 Å²
2-	-	2.38 Å²	0.33 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4086	0	44	266	4396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.945	5756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.53	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.264	24.175	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.398	15	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.672	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.538	1.5	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.136	1.5	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.084	2	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.815	3	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.912	4.5	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.935→1.985 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	111	-
R_work	0.211	2358	-
obs	-	-	84.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	55.5756	-50.3099	68.4052	45.5565	-61.9288	84.2069	1.1487	0.7391	-0.2822	-1.0707	-0.7714	0.1474	1.5203	0.9941	-0.3774	0.4741	0.2811	-0.1995	0.702	0.2551	0.9122	11.065	-9.492	60.308
2	17.2127	-2.1235	4.7999	6.9613	-1.9687	4.2901	0.6293	-0.1683	-1.5523	-0.1594	0.0061	0.6634	0.4801	-0.5322	-0.6354	0.1743	-0.0228	-0.0404	0.1316	-0.0158	0.4619	-16.697	-9.116	50.812
3	5.0721	-2.405	0.5607	3.5655	0.1047	0.6887	0.3864	1.0063	-1.1222	-0.4442	-0.2176	0.226	0.1603	0.1613	-0.1688	0.1753	0.0712	-0.044	0.2867	-0.1993	0.3419	-7.657	-3.108	43.378
4	13.4623	4.914	-3.7454	8.5097	-1.5164	5.218	0.2481	-0.3635	-0.1654	0.5494	-0.1405	0.541	0.2784	-0.1862	-0.1075	0.193	0.0522	0.0459	0.1098	0.0164	0.0681	-17.459	8.734	58.265
5	6.63	-2.5464	1.284	3.8795	-1.2805	1.6088	0.1392	0.0725	-0.723	-0.0259	-0.1428	-0.1694	0.081	0.2623	0.0036	0.097	0.0029	-0.0163	0.0784	-0.0137	0.1725	-2.879	-0.419	50.299
6	3.5293	-0.05	-1.4598	2.463	0.5242	3.0876	0.0465	-0.3945	0.186	0.3163	0.0405	0.073	-0.1569	0.0927	-0.0871	0.1364	0.02	-0.0134	0.0982	0.0062	0.0676	-13.185	20.941	57.319
7	2.1746	0.1645	-0.8662	3.8406	-4.0976	10.0173	-0.0192	-0.1816	0.0497	0.1265	-0.2054	-0.2363	-0.4009	0.5839	0.2245	0.0419	-0.0004	-0.0311	0.063	0.0012	0.088	16.997	24.493	35.495
8	3.0707	1.5728	-3.2819	2.7689	-2.8806	8.8022	0.1208	0.2363	0.2977	-0.0888	0.0283	0.0804	-0.3549	-0.2709	-0.149	0.1157	0.0668	-0.0018	0.0545	0.0359	0.1088	5.75	29.603	29.081
9	10.3931	-0.3228	0.3049	6.3825	-1.2559	4.1561	-0.2574	0.504	0.0777	-0.2209	0.0324	-0.5584	0.1224	0.4144	0.225	0.1877	-0.0316	0.0208	0.1385	-0.0618	0.1328	14.534	13.388	15.254
10	3.9998	1.1795	-0.8016	1.3265	-0.9528	6.6225	-0.0191	-0.2939	-0.2269	-0.0143	-0.0813	0.0239	0.0994	-0.0982	0.1004	0.0423	0.0183	-0.0157	0.0361	0.0127	0.0656	9.019	19.978	35.441
11	4.9459	-1.1351	0.0177	5.5008	-0.0642	5.8833	-0.3355	-0.0861	-0.2082	0.1478	0.2402	0.2307	0.2388	-0.4449	0.0953	0.1425	-0.0911	0.0192	0.1131	-0.0199	0.0988	3.207	8.947	18.777
12	6.4681	-2.3675	0.5261	3.3713	0.3518	1.482	-0.0604	0.3459	-0.1393	-0.17	0.0165	-0.1875	0.2117	0.129	0.044	0.3327	-0.0185	0.0429	0.1527	-0.0608	0.2157	12.296	-0.39	12.529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	125 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	144 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	204 - 296
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	45 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	76 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	117 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	145 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	193 - 237
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	238 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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