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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3rom | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CD38 in complex with compound CZ-48 | ||||||
要素 | ADP-ribosyl cyclase 1環状アデノシン二リン酸リボース | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CD38 (CD38) / ADP-ribosyl cyclase (NAD(P)+ヌクレオシダーゼ) / cyclic ADP-ribose (環状アデノシン二リン酸リボース) / X-crystallography / Calcium signaling (カルシウムシグナリング) / inhibitory compound / covalent intermediate / CZ-48 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / ニコチン酸 / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Catalysis-based inhibitors of the calcium signaling function of CD38. 著者: Kwong, A.K. / Chen, Z. / Zhang, H. / Leung, F.P. / Lam, C.M. / Ting, K.Y. / Zhang, L. / Hao, Q. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3rom.cif.gz | 224.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3rom.ent.gz | 180 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3rom.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/3rom | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29539.479 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP residues 45-296) / 変異: N100D, N164D, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ヌクレオシダーゼ #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE REAL LEAVING GROUP NICOTINAMI | 配列の詳細 | Q -> T AT THIS POSITION IN GENBANK AAA68482 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % / Mosaicity: 1.101 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M sodium acetate pH4.0, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, 15% PEG 10000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97908 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97908 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 31537 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.399 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1YH3 解像度: 2.04→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2306 / WRfactor Rwork: 0.1854 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8529 / SU B: 10.363 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.2258 / SU Rfree: 0.1816 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.69 Å2 / Biso mean: 38.506 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.039→2.092 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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