PDB-1yh3: Crystal structure of human CD38 extracellular domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yh3

タイトル

Crystal structure of human CD38 extracellular domain

要素

ADP-ribosyl cyclase 1

環状アデノシン二リン酸リボース

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / parallel beta sheets / two domains / membrane association /

cell surface receptor (細胞表面受容体)

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction /

ニコチン酸 /

NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Munshi, C. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of human CD38 extracellular domain.
著者: Liu, Q. / Kriksunov, I.A. / Graeff, R. / Munshi, C. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2005年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 999

SEQUENCE Prasad G.S., McRee D.E., Stura E.A., Levitt D.G., Lee H.C., Stout C.D. "Crystal structure ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yh3.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yh3.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2i67-1 2o3q-1 3rom-1 2i65-2 2o3r-2 3dzi-1 6z31-d 4ogw-d 3i9m-2 4f46-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase 1

B: ADP-ribosyl cyclase 1

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosyl cyclase 1

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosyl cyclase 1

登録者が定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.839, 51.491, 66.439
Angle α, β, γ (deg.)	108.27, 90.47, 97.29
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The active assembly is a monomer

#1: タンパク質	ADP-ribosyl cyclase 1 / 環状アデノシン二リン酸リボース / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / Lymphocyte differentiation antigen CD38 / T10 / ...Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / Lymphocyte differentiation antigen CD38 / T10 / Acute lymphoblastic leukemia cells antigen CD38 分子量: 29649.637 Da / 分子数: 2 / 断片: human CD38 extracellular domain / 変異: N100D, N164A, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ヌクレオシダーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ADP-ribosyl cyclase 1 /

環状アデノシン二リン酸リボース / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / Lymphocyte differentiation antigen CD38 / T10 / ...

分子量: 29649.637 Da / 分子数: 2 / 断片: human CD38 extracellular domain / 変異: N100D, N164A, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P28907,

NAD+ヌクレオシダーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MES, PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月20日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 41065 / Num. obs: 40203 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 4.383 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25336	1992	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18849	-	-	-
all	0.19174	39418	-	-
obs	0.19174	37426	98.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.17 Å²	0.66 Å²	1.21 Å²
2-	-	1.15 Å²	2.56 Å²
3-	-	-	2.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3986	0	0	324	4310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.021	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.264	1.933	5556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.334	5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.263	0.2	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.409	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.539	1.5	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.659	2	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.2	3	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.297	4.5	1521

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.958 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.296	154
R_work	0.254	2617

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7149	-1.1322	0.0606	0.9474	-0.5925	0.2239	-0.0504	-0.3318	-0.2704	0.1292	0.0457	0.1163	-0.0188	0.0178	0.0046	0.274	-0.0364	-0.0416	0.2373	0.0233	0.3027	6.5239	-16.915	3.2326
2	0.9815	-0.6602	-0.0616	1.0995	0.0547	0.0728	0.0498	-0.0038	-0.1528	-0.0035	-0.0138	0.0817	0.022	-0.0323	-0.0359	0.2916	-0.0147	-0.0164	0.2397	-0.0377	0.2743	-0.3784	-6.6536	-4.0478
3	1.0015	-0.6353	0.1114	1.2881	-0.0131	-0.1736	0.0571	0.0267	-0.124	0.0163	-0.0295	-0.0671	-0.0511	-0.0362	-0.0276	0.293	-0.0113	-0.0127	0.2534	-0.021	0.2778	8.5322	-4.6144	-2.735
4	1.0544	0.102	0.2338	0.5693	0.4206	1.5187	0.0307	0.046	0.1284	0.0557	-0.0073	-0.0988	0.0329	0.0915	-0.0234	0.2992	-0.0152	-0.0029	0.2442	-0.0227	0.2574	1.7123	11.6322	-1.2744
5	1.4284	-0.2554	0.2031	1.4653	-0.5641	1.3191	0.0534	-0.156	0.4041	0.1313	0.0448	-0.0448	-0.2018	0.0356	-0.0982	0.2846	-0.0213	-0.0066	0.2355	-0.0721	0.2356	-2.8033	16.84	2.8088
6	2.9104	-0.9371	0.5118	-0.6006	-2.0523	3.2073	-0.0372	-0.0722	0.4059	0.1016	0.1495	-0.0422	-0.0847	-0.0412	-0.1123	0.2984	-0.0133	0.0318	0.216	-0.0338	0.3099	-16.6204	13.6166	-7.9169
7	5.3329	-0.3159	0.6268	0.4351	1.8429	2.2443	0.0935	0.9524	1.0304	0.0314	0.0533	-0.4557	-0.6021	0.1799	-0.1469	0.3015	0.0111	0.1897	0.3659	0.3658	0.4717	-16.0662	26.165	-30.6222
8	0.9389	-0.0257	-2.1681	0.3927	0.8018	4.1194	0.2692	0.297	0.5428	0.0011	-0.1987	-0.1247	-0.0622	-0.5186	-0.0706	0.2329	0.0757	0.0428	0.3068	0.1085	0.3611	-29.0546	20.3772	-18.4534
9	0.2979	-0.3072	-0.1073	3.7864	0.2854	1.4517	0.1984	0.3647	0.0437	-0.1717	-0.0128	-0.1189	-0.0902	-0.1489	-0.1856	0.2437	0.1311	0.067	0.5842	0.1752	0.1112	-19.4083	10.3727	-38.2651
10	1.9645	-0.3624	-0.6432	0.0826	0.8723	1.3754	0.1445	0.3122	0.3096	0.0714	-0.054	-0.1188	0.0165	-0.1807	-0.0905	0.2431	0.0039	0.0247	0.3052	0.056	0.2724	-22.4862	13.7872	-19.4379
11	1.3353	-0.098	-0.4032	2.3934	0.805	1.2854	0.1413	0.0207	-0.0469	-0.1747	-0.2838	0.053	0.0759	-0.0453	0.1426	0.2613	0.0983	-0.0057	0.4542	0.0584	0.087	-24.8185	-1.6246	-39.5095
12	9.6033	-2.7376	-5.3451	-2.6287	-0.8185	20.5592	0.7266	0.5329	-0.0113	0.01	0.1152	0.0202	-0.2218	-1.3543	-0.8418	0.1952	-0.0694	-0.052	0.2601	0.0253	0.3783	-13.5005	-11.9796	-8.9371
13	-0.0046	11.5103	-12.0819	24.1282	8.036	15.8059	-0.0965	0.0873	0.1657	-0.1753	0.1218	1.6573	-0.9721	-0.4276	-0.0252	0.2855	0.0139	0.0074	0.2836	-0.008	0.2851	-20.897	8.9469	12.0801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	161 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	256 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	45 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	61 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	89 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	111 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	143 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	193 - 296
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	73 - 80
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	287 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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