PDB-6app: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody A Complexe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6app

タイトル

Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody A Complexed with Nucleoprotein C-terminal domain

要素

Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody A
Nucleoprotein

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Taylor, A.B. / Garza, J.A.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Unveiling a Drift Resistant Cryptotope withinMarburgvirusNucleoprotein Recognized by Llama Single-Domain Antibodies.
著者: Garza, J.A. / Taylor, A.B. / Sherwood, L.J. / Hart, P.J. / Hayhurst, A.

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6app.cif.gz	60 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6app.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6app.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6app_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6app_full_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示
XML形式データ	6app_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	6app_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6app ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6app	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w2oC 4w2pC 4w2qC 6apoSC 6apqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sl6-4 3v31-d 6gz0-d 4a4p-2 3f65-4 3shv-2 2af0-d 5ltv-7 1e87-1 4u4a-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody A

B: Nucleoprotein

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.552, 46.150, 102.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Anti-Marburgvirus Nucleoprotein Single Domain Antibody A 分子量: 14215.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) 解説: Semi-synthetic single pot library Nomad 1 based upon Lama glama プラスミド: PECAN73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 12238.336 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal domain residues 601-695 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Musoke-80) (ウイルス) 株: Musoke-80 / 遺伝子: NP / プラスミド: pE-NP600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27588
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% polyethylene glycol 6000, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.15 Å / Num. obs: 20487 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_pim(I) all: 0.039 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2902 / R_pim(I) all: 0.281 / R_sym value: 0.64 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6APO

6apo

解像度: 1.75→34.343 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2191	1998	9.78 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1762	20434	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→34.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1437	0	0	321	1758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	2036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.667	562
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.7939	0.3495	140	0.2592	1284	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7939-1.8424	0.2852	138	0.2354	1276	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8424-1.8966	0.2667	137	0.2368	1265	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8966-1.9578	0.3028	139	0.2212	1281	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9578-2.0277	0.2566	141	0.1919	1308	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0277-2.1089	0.2387	139	0.1909	1283	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1089-2.2049	0.2721	142	0.1786	1311	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2049-2.3211	0.2242	141	0.1921	1301	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3211-2.4665	0.2257	144	0.1766	1325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4665-2.6569	0.2214	143	0.1814	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6569-2.9241	0.2272	145	0.1752	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9241-3.3469	0.2152	145	0.1635	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3469-4.2155	0.1795	149	0.1357	1377	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2155-34.3493	0.1677	155	0.142	1432	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)