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Yorodumi- PDB-3f65: The F4 fimbrial chaperone FaeE does not self-cap its interactive ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f65 | ||||||
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Title | The F4 fimbrial chaperone FaeE does not self-cap its interactive surfaces | ||||||
Components | Chaperone protein faeE | ||||||
Keywords | CHAPERONE / immunoglobulin-like fold / Cell projection / Fimbrium / Immunoglobulin domain / Periplasm / Plasmid | ||||||
Function / homology | Function and homology information chaperone-mediated protein folding / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | ||||||
Authors | Van Molle, I. / Moonens, K. / Buts, L. / Garcia-Pino, A. / Wyns, L. / De Greve, H. / Bouckaert, J. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2009 Title: The F4 fimbrial chaperone FaeE is stable as a monomer that does not require self-capping of its pilin-interactive surfaces Authors: Van Molle, I. / Moonens, K. / Buts, L. / Garcia-Pino, A. / Panjikar, S. / Wyns, L. / De Greve, H. / Bouckaert, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3f65.cif.gz | 573.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3f65.ent.gz | 474.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3f65.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/3f65 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3f6iSC 3f6lC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24801.221 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: K15E Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: araBAD promotor was replaced by T7 promotor / Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: faeE / Plasmid: pHD163 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C43(DE3) / References: UniProt: P25401 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.933 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2004 |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.29→49.8532 Å / Num. all: 122618 / Num. obs: 122618 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 50.375 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.56 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 11697 / % possible all: 95.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3F6I Resolution: 2.29→49.853 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.816 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 69.285 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 201.59 Å2 / Biso mean: 64.938 Å2 / Biso min: 20 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→49.853 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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