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- PDB-4u4a: Complex Structure of BRCA1 BRCT with singly phospho Abraxas -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u4a
タイトルComplex Structure of BRCA1 BRCT with singly phospho Abraxas
要素
  • BRCA1-A complex subunit Abraxas
  • Breast cancer type 1 susceptibility protein
キーワードANTITUMOR PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / complex / phosphospecific / ANTITUMOR PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation ...histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / negative regulation of centriole replication / sex-chromosome dosage compensation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / random inactivation of X chromosome / nuclear ubiquitin ligase complex / ubiquitin-modified histone reader activity / chordate embryonic development / cellular response to indole-3-methanol / gamma-tubulin ring complex / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / homologous recombination / lateral element / protein K6-linked ubiquitination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / regulation of DNA damage checkpoint / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / centrosome cycle / RNA polymerase binding / postreplication repair / DNA repair complex / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / intracellular membraneless organelle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / response to ionizing radiation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / polyubiquitin modification-dependent protein binding / mitotic spindle assembly / ubiquitin ligase complex / regulation of DNA repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein autoubiquitination / Meiotic synapsis / tubulin binding / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA repair / cellular response to ionizing radiation / chromosome segregation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / negative regulation of cell growth / RING-type E3 ubiquitin transferase / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Metalloprotease DUBs / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of angiogenesis / fatty acid biosynthetic process / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to tumor necrosis factor / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / Neddylation / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / microtubule binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / nuclear body / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
FAM175 family, BRCA1-A complex, Abraxas 1 subunit / FAM175 family / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / BRCT domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...FAM175 family, BRCA1-A complex, Abraxas 1 subunit / FAM175 family / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / BRCT domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / MPN domain / MPN domain profile. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 1 susceptibility protein / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Badgujar, D. / Hosur, M.V. / Varma, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of BiotechnologyBT/PR12565/BID/07/303/2009 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complex Structure of BRCA1 BRCT with singly phospho Abraxas
著者: Badgujar, D. / Hosur, M.V. / Varma, A.K.
履歴
登録2014年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
B: Breast cancer type 1 susceptibility protein
C: Breast cancer type 1 susceptibility protein
D: BRCA1-A complex subunit Abraxas
E: BRCA1-A complex subunit Abraxas
F: BRCA1-A complex subunit Abraxas


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5796
ポリマ－77,5796
非ポリマー00
水00
1
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein
D: BRCA1-A complex subunit Abraxas


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8602
ポリマ－25,8602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11840 Å2
手法PISA
2
B: Breast cancer type 1 susceptibility protein
E: BRCA1-A complex subunit Abraxas


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8602
ポリマ－25,8602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
3
C: Breast cancer type 1 susceptibility protein
F: BRCA1-A complex subunit Abraxas


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8602
ポリマ－25,8602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.500, 187.500, 85.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Breast cancer type 1 susceptibility protein / RING finger protein 53


分子量: 24531.234 Da / 分子数: 3 / 断片: BRCT (UNP RESIDUES 1646-1859) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRCA1, RNF53 / プラスミド: GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P38398, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド BRCA1-A complex subunit Abraxas / Coiled-coil domain-containing protein 98 / Protein FAM175A


分子量: 1328.301 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 399-409 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UWZ7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01M Cobalt Chloride, 0.1 M(MES), pH 6.5, 30% PEG Mono Methyl Ether (MME) 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→59.89 Å / Num. obs: 15491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 9.5

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.51→59.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.808 / SU B: 105.472 / SU ML: 0.757 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.876 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3618 754 5.1 %RANDOM
Rwork0.3009 14041 --
obs0.3042 14795 75.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 245.24 Å2 / Biso mean: 57.2 Å2 / Biso min: 19.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.45 Å20 Å2
3---14.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→59.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5332 0 0 0 5332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4691.9447424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.046311883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0745661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.77123.454249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79715931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1941536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021299
LS精密化 シェル解像度: 3.513→3.604 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 17 -
Rwork0.391 261 -
all-278 -
obs--19.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4194-0.4856-0.0039.8042-3.17134.48130.5471-0.3096-0.59830.02890.04070.440.0591-0.0898-0.58780.7349-0.0793-0.23371.10150.29670.252868.8336164.827916.7168
28.96811.88360.52827.543-0.33421.91620.024-0.21740.28590.40050.5592.3655-0.19590.0546-0.5831.27550.12380.47971.12990.53411.038747.0771191.553114.5838
32.41170.07270.38010.31090.21975.66950.26481.1629-1.1609-0.43560.1398-0.14810.3346-0.1781-0.40451.8234-0.0982-0.4731.7871-0.31660.882966.6048142.3219-10.232
416.15342.4424-3.15930.4964-0.74681.4484-0.9117-1.04171.0392-0.39550.1223-0.08590.6308-0.13640.78941.2984-0.05270.29941.2904-0.12741.392243.2151209.509716.6616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1646 - 1859
2X-RAY DIFFRACTION2B1646 - 1859
3X-RAY DIFFRACTION3C1648 - 1859
4X-RAY DIFFRACTION4E399 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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