PDB-6aoo: 2.15 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Dehydrogenas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aoo

タイトル

2.15 Angstrom Resolution Crystal Structure of Malate Dehydrogenase from Haemophilus influenzae

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Malate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming) / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2017年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aoo.cif.gz	250.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aoo.ent.gz	202.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aoo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aoo_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aoo_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	6aoo_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	6aoo_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6aoo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6aoo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umeC 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5wp0C 6aonC 6aziC 6b5fC 6b8dC 6bk7C 6blbC 6c8qC 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 9bznC 9bzqC 9bzrC 3hhpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lea-d 6itl-1 2qx3-d 2hjr-14 1b8p-1 1hyg-d 6vdi-d 3rzl-d 2uzl-1 6um4-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07201

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (10) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, 3HHP

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.688, 94.119, 73.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 35318.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: mdh, HI_1210 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: P44427, (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20.0 mg/mL protein in 0.3 M sodium chloride, 0.01 M HEPES, pH 7.5, screen: 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG3350, 0.25 mM D-Malic acid, cryoprotectant: paratone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07822 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日 / 詳細: Si(111)
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07822 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 33055 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 34.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.039 / R_sym value: 0.122 / Χ²: 1.026 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1664 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.229 / R_sym value: 0.749 / Χ²: 1.022 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3HHP

3hhp

解像度: 2.15→29.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 15.399 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23732	1660	5 %	RANDOM
R_work	0.18236	-	-	-
obs	0.18516	31307	97.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.215 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.85 Å²	0 Å²	2.49 Å²
2-	-	-3.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4662	0	30	359	5051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.993	6459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	3	10738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.192	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.656	25.146	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.844	15	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.18	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.021	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.903	3.497	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.9	3.496	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.963	5.236	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.963	5.237	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.014	3.754	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.001	3.731	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.228	5.478	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.704	44.413	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.637	43.9	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	121	-
R_work	0.281	2339	-
obs	-	-	99.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5615	0.4272	0.1982	0.9297	-1.2778	2.2505	0.0055	0.0725	-0.0466	-0.1233	-0.0441	-0.0019	0.178	0.0723	0.0386	0.0515	-0.0019	-0.065	0.1487	-0.0041	0.1293	20.0511	9.6738	43.5549
2	1.2781	-1.6293	-2.6208	2.1475	3.2641	5.4707	-0.1087	0.1162	-0.0088	0.2037	-0.1008	-0.131	0.1651	-0.2571	0.2095	0.1285	0.0045	-0.117	0.1907	0.0161	0.3939	21.4724	20.1893	67.1716
3	0.7682	0.3828	-0.1603	0.9623	-0.1121	0.3216	-0.04	-0.1625	0.0274	0.0639	0.045	-0.0545	0.0075	0.1035	-0.005	0.0513	0.0162	-0.0745	0.1673	-0.0035	0.1147	34.7956	16.4204	56.9714
4	6.1994	-5.5728	-3.2863	8.5407	4.6512	3.8162	-0.1091	-0.0725	-0.0504	0.1723	-0.1019	0.1934	0.0878	0.0366	0.211	0.0307	-0.0098	-0.0295	0.0546	0.0019	0.0583	29.0638	18.4423	48.5358
5	1.4775	-0.0442	-0.272	1.2405	0.2535	0.5484	-0.1698	-0.2729	-0.1945	0.0354	0.0168	-0.273	-0.0274	0.2769	0.153	0.0655	0.0424	-0.0516	0.2282	0.0659	0.2051	41.8098	9.5686	58.6378
6	1.4867	-1.208	0.7963	1.7007	-0.4422	1.2796	-0.0158	0.0103	0.056	0.0238	0.0089	-0.1388	-0.1825	0.0674	0.0068	0.0829	0.0031	-0.0817	0.1578	-0.0057	0.1628	23.2729	37.3524	44.0233
7	0.3886	1.4079	-0.4614	7.0708	0.4542	2.8431	0.0177	0.0368	0.0209	0.0709	0.2834	-0.1788	-0.012	0.1053	-0.301	0.0226	-0.0351	-0.0592	0.1474	0.0671	0.2001	-2.861	30.2873	43.6297
8	0.3432	0.1198	0.2359	1.9036	0.5791	0.4441	0.056	0.0415	-0.0265	-0.1232	-0.0406	0.1171	-0.032	-0.138	-0.0155	0.0691	0.0375	-0.0896	0.1756	0.0311	0.1801	9.0832	29.8615	29.1603
9	0.6676	1.2742	-1.7526	7.0195	-2.9246	4.6873	0.0051	0.2396	0.0345	0.1886	0.1258	-0.0951	-0.0164	-0.6077	-0.1308	0.0357	-0.0225	-0.0492	0.1652	-0.0016	0.1126	16.4658	27.4076	35.9512
10	0.8093	0.6537	0.1351	2.0404	0.3751	2.0157	0.057	0.1482	0.0228	-0.1695	-0.0352	0.1523	-0.1891	-0.1248	-0.0219	0.0751	0.0383	-0.0762	0.1153	0.0204	0.1635	7.797	36.7409	22.6652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	82 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	219 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	240 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-7 - 79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	80 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	94 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	219 - 238
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	239 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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