PDB-5xli: Structure of anti-Angiotensin II type2 receptor antibody (D5711-4A03)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xli

タイトル

Structure of anti-Angiotensin II type2 receptor antibody (D5711-4A03)

要素

FabH
FabL

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antigbody / IgG / Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.696 Å

データ登録者

Asada, H. / Horita, S. / Iwata, S. / Hirata, K.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Agency for Medical Research and Development	A19170600003	日本
Japan Society for the Promotion of Science	15J04343	日本
Japan Society for the Promotion of Science	22590270	日本

引用

ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the human angiotensin II type 2 receptor bound to an angiotensin II analog.
著者: Asada, H. / Horita, S. / Hirata, K. / Shiroishi, M. / Shiimura, Y. / Iwanari, H. / Hamakubo, T. / Shimamura, T. / Nomura, N. / Kusano-Arai, O. / Uemura, T. / Suno, C. / Kobayashi, T. / Iwata, S.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xli.cif.gz	358.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xli.ent.gz	293.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5xli_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xli_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	5xli_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	5xli_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/5xli	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5xjmC 1bafS 1mreS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1cbv-d 3ifn-d 2ojz-1 1xf2-2 4evn-5 6ev2-1 1bog-d 6al4-1 6vl8-4 1i8m-2 6uoe-d 1jfq-d 1dfb-d 4uim-1 3ifp-3 35c8-d 3kym-8 4uil-d 1cfq-d 2a1w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

a: FabL

b: FabL

c: FabH

d: FabH

93.5 kDa, 4 ポリマー
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1

a: FabL

c: FabH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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2

b: FabL

d: FabH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.654, 150.498, 75.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	FabL 分子量: 23365.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	FabH 分子量: 23371.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM KH2PO4, 20% PEG 8000, 10% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→19.771 Å / Num. obs: 101148 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.801 % / B_iso Wilson estimate: 25.67 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 9.02 / Num. measured all: 687903

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.8	6.865	1.203	1.49	107222	16477	15619	0.633	1.301	94.8
1.8-1.92	6.948	0.773	2.63	107201	15431	15428	0.822	0.836	100
1.92-2.08	6.905	0.459	4.75	99561	14425	14418	0.938	0.497	100
2.08-2.27	6.737	0.297	7.35	89179	13241	13237	0.968	0.323	100
2.27-2.54	6.356	0.216	9.77	76129	11991	11977	0.98	0.236	99.9
2.54-2.93	6.6	0.147	14.01	69943	10600	10598	0.989	0.16	100
2.93-3.59	7.157	0.101	19.13	64303	8986	8985	0.994	0.11	100
3.59-5.06	6.988	0.086	22.43	48648	6961	6962	0.993	0.093	100
5.06-19.771	6.554	0.085	22.84	25717	3936	3924	0.992	0.092	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MRE, 1BAF

1mre

1baf

解像度: 1.696→19.771 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	5135	5.08 %
R_work	0.1795	95903	-
obs	0.1814	101038	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.86 Å² / B_iso mean: 37.5325 Å² / B_iso min: 14.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.696→19.771 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	0	822	7372
B_iso mean	-	-	-	42.43	-
残基数	-	-	-	-	866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	9315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.817	4083

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6964-1.7157	0.3355	119	0.2876	2425	2544	75
1.7157-1.7359	0.2874	189	0.2681	3251	3440	100
1.7359-1.757	0.2845	179	0.2583	3173	3352	100
1.757-1.7793	0.299	181	0.2474	3172	3353	100
1.7793-1.8027	0.2852	209	0.2336	3211	3420	100
1.8027-1.8273	0.2666	191	0.234	3205	3396	100
1.8273-1.8534	0.246	167	0.2199	3175	3342	100
1.8534-1.8811	0.2524	195	0.2241	3253	3448	100
1.8811-1.9104	0.2844	162	0.2304	3205	3367	100
1.9104-1.9417	0.278	156	0.2137	3191	3347	100
1.9417-1.9752	0.2367	161	0.2052	3295	3456	100
1.9752-2.0111	0.2132	165	0.1926	3179	3344	100
2.0111-2.0497	0.2371	163	0.1922	3253	3416	100
2.0497-2.0915	0.2119	176	0.2011	3246	3422	100
2.0915-2.1369	0.2777	152	0.2001	3164	3316	100
2.1369-2.1866	0.2385	174	0.193	3273	3447	100
2.1866-2.2412	0.2372	143	0.1901	3201	3344	100
2.2412-2.3017	0.2545	147	0.1944	3295	3442	100
2.3017-2.3693	0.2392	172	0.1905	3181	3353	100
2.3693-2.4457	0.2478	167	0.1971	3274	3441	100
2.4457-2.5329	0.2264	188	0.1855	3155	3343	100
2.5329-2.6341	0.2348	161	0.1899	3251	3412	100
2.6341-2.7537	0.2188	153	0.1858	3266	3419	100
2.7537-2.8984	0.2139	183	0.1817	3189	3372	100
2.8984-3.0794	0.2428	148	0.1875	3235	3383	100
3.0794-3.3161	0.209	187	0.1819	3234	3421	100
3.3161-3.648	0.209	191	0.1663	3219	3410	100
3.648-4.1715	0.1898	200	0.1581	3238	3438	100
4.1715-5.2395	0.1509	181	0.1336	3230	3411	100
5.2395-19.7725	0.1897	175	0.149	3264	3439	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0234	0.7563	-0.0387	3.7014	0.5264	3.5388	-0.0348	-0.008	0.0305	0.8686	0.271	-0.9676	0.2278	0.4558	-0.1414	0.4518	0.103	-0.1942	0.3009	-0.0734	0.3686	24.6316	-13.8699	44.1854
2	1.8555	-0.1815	-0.5896	1.9671	-0.2102	3.3782	0.1762	-0.1226	0.1982	-0.0079	0.0082	-0.0635	-0.324	0.1903	-0.1595	0.1309	-0.0333	0.033	0.1858	-0.0387	0.259	13.7814	26.1754	-13.1741
3	-0.6212	-0.4462	0.0679	4.2799	0.7481	0.1571	0.0349	-0.0591	-0.1502	-0.4727	0.0042	-0.3945	-0.1511	-0.0204	-0.0069	0.2725	-0.0052	0.0167	0.247	-0.0236	0.2934	6.9058	50.7273	0.863
4	2.8991	-0.303	-1.2943	6.9039	1.7073	4.9435	-0.15	-0.1594	-0.04	-0.0114	0.1648	-0.6056	0.2253	0.2302	0.02	0.3227	-0.0021	-0.0305	0.1787	0.041	0.2315	6.0547	59.3688	4.6144
5	3.4496	-4.1183	-3.08	7.3422	1.2554	5.6484	-0.4288	0.1849	-0.2451	-0.2322	0.0544	0.4749	0.4525	-0.365	0.3618	0.3535	-0.0784	-0.0001	0.2166	-0.084	0.3359	15.6678	4.9246	15.9239
6	4.4586	0.3788	-1.4681	2.3379	0.6581	2.9553	-0.0531	-0.0256	0.1376	-0.0891	-0.0482	0.0405	0.1968	-0.0966	0.0905	0.2808	0.0098	-0.0253	0.1768	-0.0075	0.1754	21.5227	13.783	17.3333
7	4.3745	-1.7256	-1.9527	8.3126	1.5935	4.4451	-0.331	-0.176	-0.0506	0.145	0.0976	-0.2407	0.4597	0.1374	0.2575	0.2671	-0.0151	-0.0348	0.2359	0.0031	0.1755	22.7285	8.089	19.3572
8	0.1918	-0.4981	0.3642	6.1312	-0.5072	0.7085	0.0456	-0.0992	0.035	0.0635	-0.0769	-0.0503	0.1359	-0.0651	-0.0128	0.2001	-0.0263	0.005	0.2688	-0.003	0.216	16.9228	-7.5334	31.3663
9	3.1299	0.6948	-2.1862	6.4427	-1.672	5.3883	-0.0316	-0.1067	-0.1031	0.1077	0.0694	0.6901	0.0174	-0.253	-0.0656	0.2278	0.014	0.0005	0.2177	0.0067	0.2323	12.6787	-22.206	33.7949
10	1.4601	-0.4103	-0.6894	3.4489	1.099	2.9379	0.0327	0.0269	-0.024	0.0564	0.0385	-0.0002	-0.0007	-0.0268	-0.0676	0.0867	-0.0142	-0.0121	0.1731	0.0026	0.1912	-5.153	17.3802	-0.2906
11	6.7028	0.792	0.2772	3.0103	4.7589	8.4848	0.174	0.784	-0.4549	0.0646	0.047	-0.567	0.4427	-0.2068	-0.1419	0.21	-0.0425	0.0144	0.193	0.0138	0.3031	0.8729	16.4263	-9.403
12	0.5388	-0.5911	-0.2679	4.136	1.0057	1.2811	-0.0391	0.0345	0.0773	0.0617	-0.1099	0.1471	-0.3572	-0.0328	0.1401	0.2462	-0.0174	-0.0728	0.2138	0.0277	0.1973	-6.5535	48.0398	1.2146
13	2.9278	0.1312	-0.5773	1.273	1.4061	1.7358	-0.0219	0.4825	0.0082	-0.9371	0.0734	0.1516	0.5497	-0.3398	-0.1045	0.7481	-0.1458	-0.1432	0.3463	0.0098	0.3485	-7.9508	50.7774	-5.5768
14	4.7971	0.0695	-0.3114	5.262	-2.8503	5.4465	-0.5371	0.1563	0.2714	-0.8506	0.579	0.7763	0.0198	-0.8123	-0.0307	0.5421	-0.1015	-0.2014	0.3698	0.0128	0.3362	-10.0979	54.7687	-0.5303
15	2.2586	0.5861	-1.5741	3.9822	-0.0745	3.8273	-0.1107	-0.073	0.0624	-0.1323	0.112	-0.1912	0.0024	0.3576	0.0009	0.1662	-0.0054	-0.0475	0.2413	-0.0487	0.1688	17.8829	19.4975	39.7164
16	7.8484	-2.4014	2.7021	8.0049	4.6186	6.4795	-0.6611	0.2275	1.234	-0.8947	-0.1815	-0.8048	-1.7358	0.9141	0.6246	0.5138	-0.1381	-0.1115	0.4914	-0.0412	0.4181	25.6726	21.4064	28.8402
17	1.5936	-0.1652	-0.5772	4.9298	-0.3889	1.0832	-0.1425	-0.0088	-0.3567	0.6448	0.1385	0.1603	0.5009	-0.0091	-0.0075	0.5339	0.0446	-0.1059	0.2775	-0.0392	0.1856	18.3811	-13.0962	45.7904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'd' and (resid 142 through 220 )	d	142 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'a' and (resid 1 through 90 )	a	1 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'a' and (resid 91 through 154 )	a	91 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'a' and (resid 155 through 213 )	a	155 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'b' and (resid 1 through 18 )	b	1 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'b' and (resid 19 through 74 )	b	19 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'b' and (resid 75 through 90 )	b	75 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'b' and (resid 91 through 127 )	b	91 - 127
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'b' and (resid 128 through 213 )	b	128 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'c' and (resid 1 through 91 )	c	1 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'c' and (resid 92 through 107 )	c	92 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'c' and (resid 108 through 152 )	c	108 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'c' and (resid 153 through 173 )	c	153 - 173
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'c' and (resid 174 through 220 )	c	174 - 220
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'd' and (resid 1 through 98 )	d	1 - 98
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'd' and (resid 99 through 113 )	d	99 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'd' and (resid 114 through 141 )	d	114 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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