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万見
- PDB-5xby: Crystal structure of the PKA-Protein A fusion protein (end-to-end... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xby
タイトルCrystal structure of the PKA-Protein A fusion protein (end-to-end fusion)
要素cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING / synthetic protein / kinase / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / IgG binding / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / ciliary base ...cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / IgG binding / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / ciliary base / protein kinase A catalytic subunit binding / PKA activation in glucagon signalling / plasma membrane raft / DARPP-32 events / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / focal adhesion / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / YSIRK type signal peptide / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / LPXTG cell wall anchor domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method.
著者: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5224
ポリマ－44,5224
非ポリマー00
水00
1
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2612
ポリマ－22,2612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
2
C: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A
D: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2612
ポリマ－22,2612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.988, 174.147, 103.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLUGLUAA5 - 416 - 42
21ILEILEGLUGLUBB5 - 416 - 42
12ILEILEGLUGLUAA5 - 416 - 42
22ILEILEGLUGLUCC5 - 416 - 42
13ILEILEGLUGLUAA5 - 416 - 42
23ILEILEGLUGLUDD5 - 416 - 42
14ILEILEGLNGLNBB5 - 936 - 94
24ILEILEGLNGLNCC5 - 936 - 94
15TRPTRPGLNGLNBB3 - 934 - 94
25TRPTRPGLNGLNDD3 - 934 - 94
16ILEILEGLNGLNCC5 - 936 - 94
26ILEILEGLNGLNDD5 - 936 - 94

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: 抗体
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit,Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A


分子量: 11130.393 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 5-44,UNP RESIDUES 217-269 / 変異: G240A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of 4 tags, PKA (UNP residues 5-44) and Protein A (UNP residues 217-269)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: PRKAR2A, PKR2, PRKAR2, spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13861, UniProt: P38507

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris pH 8.5, 2.16M Sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 10889 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IZX, 4ZNC

2izx

4znc


解像度: 3.25→43.537 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 75.516 / SU ML: 0.533 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30675 541 5 %RANDOM
Rwork0.25076 ---
obs0.25359 10339 97.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 165.823 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.46 Å2-0 Å20 Å2
2---11.1 Å2-0 Å2
3---7.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.25→43.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2553 0 0 0 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9763538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9655309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18425.57149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30815447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8291518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.8627.5841248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.67611.351553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.0557.7251351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.64610357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.0232599
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded39.61952553
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A21620.16
12B21620.16
21A23220.13
22C23220.13
31A21940.15
32D21940.15
41B52900.17
42C52900.17
51B56760.12
52D56760.12
61C52440.17
62D52440.17
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 33 -
Rwork0.38 605 -
obs--76.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.2426-2.75112.3097.9566-0.04713.38630.40260.62750.9992-0.3539-0.3185-0.789-0.21820.4602-0.08410.3121-0.06010.05740.31210.00780.1326-74.2433182.39516.1327
23.89525.1229-1.933910.8447-0.64563.3859-0.0085-0.3880.26570.525-0.30211.73710.3027-0.76910.31060.51580.16910.07310.85870.13390.5372-88.0638168.43711.6855
32.06950.40090.59990.82020.05890.1961-0.33170.89680.4195-0.20570.2149-0.6321-0.07040.36160.11681.23-0.08640.09221.0745-0.12541.0676-67.4827205.7928-9.9174
47.5923-4.5248-2.37873.34151.80520.9849-0.2058-0.96840.48450.0530.04990.3673-0.0202-0.0590.15591.6240.21350.13161.11940.02241.2831-95.4281207.03498.6409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 23
2X-RAY DIFFRACTION1A24 - 42
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 27
4X-RAY DIFFRACTION2B28 - 56
5X-RAY DIFFRACTION2B57 - 94
6X-RAY DIFFRACTION3C5 - 56
7X-RAY DIFFRACTION3C57 - 94
8X-RAY DIFFRACTION4D3 - 27
9X-RAY DIFFRACTION4D28 - 94

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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