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Yorodumi- PDB-5h79: Crystal structure of a repeat protein with three Protein A repeat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5h79 | ||||||
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Title | Crystal structure of a repeat protein with three Protein A repeat module | ||||||
Components | Immunoglobulin G-binding protein A | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / synthetic protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method. Authors: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5h79.cif.gz | 128.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5h79.ent.gz | 101.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5h79.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5h79_validation.pdf.gz | 433.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5h79_full_validation.pdf.gz | 438.6 KB | Display | |
Data in XML | 5h79_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5h79_validation.cif.gz | 15 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h79 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5h75C 5h76C 5h77C 5h78C 5h7aC 5h7bC 5h7cC 5h7dC 5x3fC 5xbyC 4zncS 5cocS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 16532.178 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: UNP RESIDUES 217-263,UNP RESIDUES 219-263,UNP RESIDUES 219-268 Mutation: G59A, N131A, G149A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: spa / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P38507 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 / Details: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 13.5%(w/v) PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 10513 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.3 % / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ZNC, 5COC Resolution: 2.7→28.018 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 33.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→28.018 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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