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Yorodumi- PDB-5h7c: Crystal structure of a repeat protein with two Protein A-DHR14 re... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5h7c | ||||||
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Title | Crystal structure of a repeat protein with two Protein A-DHR14 repeat modules | ||||||
Components | Immunoglobulin G-binding protein A, DHR14 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / DE NOVO PROTEIN / synthetic protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method. Authors: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5h7c.cif.gz | 325.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5h7c.ent.gz | 270.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5h7c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5h75C 5h76C 5h77C 5h78C 5h79C 5h7aC 5h7bC 5h7dC 5x3fC 5xbyC 4zncS 5cwhS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 45366.309 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 215-267,219-267 / Mutation: 10 mutations Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria), (gene. exp.) synthetic construct (others) Gene: spa / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P38507 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 60.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 / Details: 0.1M Tris pH 8.0, 33.75%(w/v) PEG MME 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 30168 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 1.8 % / Net I/σ(I): 15.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 1.7 % / Mean I/σ(I) all: 1.59 / % possible all: 94.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ZNC, 5CWH Resolution: 2.7→29.052 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / Phase error: 29.87
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→29.052 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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