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Yorodumi- PDB-5h7a: Crystal structure of a repeat protein with four Protein A repeat ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5h7a | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of a repeat protein with four Protein A repeat module | ||||||
Components | Immunoglobulin G-binding protein A | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / synthetic protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017Title: Construction of novel repeat proteins with rigid and predictable structures using a shared helix method. Authors: Youn, S.J. / Kwon, N.Y. / Lee, J.H. / Kim, J.H. / Choi, J. / Lee, H. / Lee, J.O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5h7a.cif.gz | 884.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5h7a.ent.gz | 745.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5h7a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/5h7a | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5h75C ![]() 5h76C ![]() 5h77C ![]() 5h78C ![]() 5h79C ![]() 5h7bC ![]() 5h7cC ![]() 5h7dC ![]() 5x3fC ![]() 5xbyC ![]() 4zncS ![]() 5cocS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Antibody | Mass: 21839.090 Da / Num. of mol.: 12 / Fragment: UNP RESIDUES 215-263, 219-263, 219-263, 219-267 / Mutation: G59A, G104A, G149A, G194A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 / Details: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 43.2% (w/v) PEG 1000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 65235 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 1.9 % / Net I/σ(I): 8.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 94.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4ZNC, 5COC Resolution: 2.7→34.297 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 36.07
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→34.297 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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