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万見
- PDB-5vz3: Growth Factor Crystal Structure at 1.97 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vz3
タイトルGrowth Factor Crystal Structure at 1.97 Angstrom Resolution
要素Growth/differentiation factor 15
キーワードSIGNALING PROTEIN / Growth Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metformin / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to chemical stress / negative regulation of multicellular organism growth / positive regulation of myoblast fusion ...response to metformin / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to chemical stress / negative regulation of multicellular organism growth / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of SMAD protein signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / hormone activity / cell-cell signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Suto, R.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Non-homeostatic body weight regulation through a brainstem-restricted receptor for GDF15.
著者: Hsu, J.Y. / Crawley, S. / Chen, M. / Ayupova, D.A. / Lindhout, D.A. / Higbee, J. / Kutach, A. / Joo, W. / Gao, Z. / Fu, D. / To, C. / Mondal, K. / Li, B. / Kekatpure, A. / Wang, M. / Laird, T. ...著者: Hsu, J.Y. / Crawley, S. / Chen, M. / Ayupova, D.A. / Lindhout, D.A. / Higbee, J. / Kutach, A. / Joo, W. / Gao, Z. / Fu, D. / To, C. / Mondal, K. / Li, B. / Kekatpure, A. / Wang, M. / Laird, T. / Horner, G. / Chan, J. / McEntee, M. / Lopez, M. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Wang, S.P. / Yao, J. / Yie, J. / Matern, H. / Solloway, M. / Haldankar, R. / Parsons, T. / Tang, J. / Shen, W.D. / Alice Chen, Y. / Tian, H. / Allan, B.B.
履歴
登録2017年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3031
ポリマ－12,3031
非ポリマー00
水1,11762
1
A: Growth/differentiation factor 15

A: Growth/differentiation factor 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6062
ポリマ－24,6062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.964, 123.020, 41.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 15 / GDF-15 / Macrophage inhibitory cytokine 1 / MIC-1 / NSAID-activated gene 1 protein / NAG-1 / NSAID- ...GDF-15 / Macrophage inhibitory cytokine 1 / MIC-1 / NSAID-activated gene 1 protein / NAG-1 / NSAID-regulated gene 1 protein / NRG-1 / Placental TGF-beta / Placental bone morphogenetic protein / Prostate differentiation factor


分子量: 12303.248 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 197-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF15, MIC1, PDF, PLAB, PTGFB / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99988
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 25% v/v MPD, 0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 10 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.743 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月18日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.743 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 9013 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 42.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 384897
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.97-2.048.50.3716561.094172
2.04-2.1221.60.4847881.091184.5
2.12-2.2232.50.3838970.982196.2
2.22-2.3442.30.3059121.006199.6
2.34-2.4849.50.2219471.0671100
2.48-2.6752.40.1669341.0681100
2.67-2.9452.50.1179491.0461100
2.94-3.3752.40.0969401.0581100
3.37-4.2450.70.0749711.0071100
4.24-5049.40.0610191.067199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
SHELX位相決定
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→41.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2563 / WRfactor Rwork: 0.2091 / FOM work R set: 0.8017 / SU B: 4.621 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1675 / SU Rfree: 0.1638 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 437 4.8 %RANDOM
Rwork0.1935 ---
obs0.1961 8576 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.06 Å2 / Biso mean: 52.468 Å2 / Biso min: 27.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 0 0 62 888
Biso mean---55.41 -
残基数----108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.019864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.9571183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0231876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8575111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68123.33333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52315139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.531156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02185
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 28 -
Rwork0.281 444 -
all-472 -
obs--69.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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