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- PDB-5vz4: Receptor-growth factor crystal structure at 2.20 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vz4
タイトルReceptor-growth factor crystal structure at 2.20 Angstrom resolution
要素
  • GDNF family receptor alpha-like
  • Growth/differentiation factor 15
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / Receptor / growth factor / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metformin / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to chemical stress / stress-activated protein kinase signaling cascade ...response to metformin / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / reduction of food intake in response to dietary excess / GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to chemical stress / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of multicellular organism growth / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / hormone activity / receptor tyrosine kinase binding / nervous system development / cell-cell signaling / signaling receptor activity / actin cytoskeleton / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / external side of plasma membrane / focal adhesion / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / GDNF family receptor alpha-like / Growth/differentiation factor 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Suto, R.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Non-homeostatic body weight regulation through a brainstem-restricted receptor for GDF15.
著者: Hsu, J.Y. / Crawley, S. / Chen, M. / Ayupova, D.A. / Lindhout, D.A. / Higbee, J. / Kutach, A. / Joo, W. / Gao, Z. / Fu, D. / To, C. / Mondal, K. / Li, B. / Kekatpure, A. / Wang, M. / Laird, T. ...著者: Hsu, J.Y. / Crawley, S. / Chen, M. / Ayupova, D.A. / Lindhout, D.A. / Higbee, J. / Kutach, A. / Joo, W. / Gao, Z. / Fu, D. / To, C. / Mondal, K. / Li, B. / Kekatpure, A. / Wang, M. / Laird, T. / Horner, G. / Chan, J. / McEntee, M. / Lopez, M. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Wang, S.P. / Yao, J. / Yie, J. / Matern, H. / Solloway, M. / Haldankar, R. / Parsons, T. / Tang, J. / Shen, W.D. / Alice Chen, Y. / Tian, H. / Allan, B.B.
履歴
登録2017年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 15
B: GDNF family receptor alpha-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5079
ポリマ－39,9692
非ポリマー5387
水2,594144
1
A: Growth/differentiation factor 15
B: GDNF family receptor alpha-like
ヘテロ分子

A: Growth/differentiation factor 15
B: GDNF family receptor alpha-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,01418
ポリマ－79,9384
非ポリマー1,07614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area30330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.352, 88.768, 121.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 15 / GDF-15 / Macrophage inhibitory cytokine 1 / MIC-1 / NSAID-activated gene 1 protein / NAG-1 / NSAID- ...GDF-15 / Macrophage inhibitory cytokine 1 / MIC-1 / NSAID-activated gene 1 protein / NAG-1 / NSAID-regulated gene 1 protein / NRG-1 / Placental TGF-beta / Placental bone morphogenetic protein / Prostate differentiation factor


分子量: 12303.248 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 197-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF15, MIC1, PDF, PLAB, PTGFB / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99988
#2: タンパク質 GDNF family receptor alpha-like


分子量: 27665.693 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRAL, C6orf144, UNQ9356/PRO34128 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6UXV0

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非ポリマー , 4種, 151分子

#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 1.5 M ammonium sulfate, 10% w/v ethylene glycol, 30-minute soak in 0.5 M sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月18日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→71.63 Å / Num. obs: 20379 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 118710
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.284.90.57717830.8520.280.6441.04585.4
2.28-2.375.30.48618830.9060.2280.5391.0392.7
2.37-2.485.80.46520580.9410.2090.5111.02598.9
2.48-2.616.20.34320610.9740.1490.3751.03100
2.61-2.776.20.25720720.9830.1120.2811.006100
2.77-2.996.20.17920690.9880.0780.1951.041100
2.99-3.296.20.12120810.990.0540.1331.02699.9
3.29-3.766.10.07321010.9960.0330.081.01199.9
3.76-4.745.90.05521020.9970.0260.0611.05299.4
4.74-505.50.04521690.9970.0220.0511.06797.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5VZ3 & 2GH0

5vz3

2gh0


解像度: 2.2→71.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2704 / WRfactor Rwork: 0.1981 / FOM work R set: 0.7398 / SU B: 8.06 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.2206 / SU Rfree: 0.2055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 1048 5.1 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1946 19330 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.24 Å2 / Biso mean: 56.934 Å2 / Biso min: 29.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.22 Å20 Å20 Å2
2--6.09 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→71.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2295 0 24 144 2463
Biso mean--72.71 57.55 -
残基数----298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.9483221
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05135071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.6324.314102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06315398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02531
LS精密化 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 76 -
Rwork0.335 1187 -
all-1263 -
obs--82.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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