PDB-5wca: Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wca

タイトル

Crystal structure of the broadly neutralizing Influenza A antibody VRC 315 27-1C08 Fab.

要素

VRC315 27-1C08 Fab Heavy chain
VRC315 27-1C08 Fab Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / influenza / human vaccine trial

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.369 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Andrews, S.F. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017
タイトル: Preferential induction of cross-group influenza A hemagglutinin stem-specific memory B cells after H7N9 immunization in humans.
著者: Andrews, S.F. / Joyce, M.G. / Chambers, M.J. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Leung, K. / Yang, E.S. / Tsybovsky, Y. / Wheatley, A.K. / Crank, M.C. / Boyington, J.C. / Prabhakaran, M.S. / ...

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wca.cif.gz	264.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wca.ent.gz	214.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wca_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wca_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	5wca_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	5wca_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/5wca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ty6SC 5u4rC 5wccC 5wcdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qhk-1 6p60-4 6meg-d 5kg9-2 1mcd-d 4yo0-1 6w5d-1 6nfn-4 4yhy-1 4trp-d 5y9k-d 6y1m-d 3mme-3 6x1u-2 2vq1-2 4r7n-6 3sgd-2 1uz8-1 5ggu-2 1mcl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: VRC315 27-1C08 Fab Heavy chain

L: VRC315 27-1C08 Fab Light chain

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.647, 73.780, 70.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	VRC315 27-1C08 Fab Heavy chain 分子量: 24283.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	VRC315 27-1C08 Fab Light chain 分子量: 22466.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG-8000, 25% isopropanol, 0.1 M imidazole, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.369→35.389 Å / Num. obs: 90935 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TY6

5ty6

解像度: 1.369→35.389 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1816	4553	5.01 %
R_work	0.1653	-	-
obs	0.1661	90919	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.369→35.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3263	0	0	762	4025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	4608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.908	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3691-1.3847	0.3067	113	0.2917	2419	X-RAY DIFFRACTION	83
1.3847-1.4009	0.2749	151	0.284	2821	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4009-1.418	0.2936	137	0.2518	2899	X-RAY DIFFRACTION	98
1.418-1.436	0.2575	152	0.2431	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
1.436-1.4549	0.2116	150	0.2287	2837	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4549-1.4748	0.292	154	0.2197	2918	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4748-1.4959	0.2493	159	0.2218	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4959-1.5182	0.2217	169	0.2056	2889	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5182-1.5419	0.2373	123	0.1975	2885	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5419-1.5672	0.2085	156	0.1909	2849	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5672-1.5942	0.2119	152	0.186	2884	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5942-1.6232	0.1978	170	0.1834	2863	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6232-1.6544	0.2081	172	0.1773	2887	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6544-1.6882	0.2028	144	0.1804	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6882-1.7249	0.2422	154	0.1787	2897	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7249-1.765	0.215	138	0.1716	2917	X-RAY DIFFRACTION	99
1.765-1.8092	0.1953	179	0.1664	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8092-1.8581	0.1648	146	0.1639	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8581-1.9128	0.1614	134	0.1594	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.9745	0.2007	156	0.1577	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9745-2.0451	0.169	153	0.1625	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0451-2.1269	0.1726	148	0.1608	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1269-2.2237	0.1812	179	0.159	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2237-2.3409	0.1644	164	0.1612	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3409-2.4876	0.1758	138	0.1643	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4876-2.6796	0.1973	142	0.1689	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6796-2.9491	0.1803	164	0.1664	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9491-3.3756	0.1644	145	0.1549	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3756-4.2517	0.1556	158	0.1439	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2517-35.4006	0.156	153	0.1449	2987	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3516	0.0314	0.1088	0.5323	0.1652	0.1074	-0.1066	0.001	-0.3207	0.112	0.1394	-0.1729	0.0152	0.0861	0.0386	0.1274	0.0258	-0.0065	0.1616	-0.0617	0.2137	7.8325	-8.9793	17.5633
2	0.7308	-0.2422	-0.104	1.4834	0.2963	0.8625	-0.0763	0.2146	-0.1233	-0.0482	0.1485	-0.0527	0.0383	0.0245	0.0985	0.1004	-0.0197	0.0066	0.1629	-0.053	0.13	0.6854	-7.4506	8.8253
3	1.5146	0.1873	-0.6655	2.5489	0.6832	2.0267	0.1036	-0.1261	0.1543	0.335	-0.0151	0.0598	-0.0309	-0.002	-0.0416	0.1597	0.0044	0.0212	0.0693	-0.0119	0.1509	15.6455	4.7654	34.9414
4	0.2973	-0.1031	0.0791	0.9802	-0.0559	0.1505	-0.1022	0.3475	-0.0077	-0.4375	0.1963	-0.3477	-0.1213	-0.0728	-0.0019	0.2704	-0.0538	0.0355	0.2954	-0.0045	0.1576	-0.4738	14.1052	-0.2316
5	0.5063	-0.0572	0.3597	1.5556	-0.0826	0.3088	-0.1134	0.0516	0.0278	-0.0399	0.1712	0.0714	-0.0941	-0.152	0.0161	0.1406	-0.0128	-0.0031	0.2017	0.0352	0.1169	-5.6584	12.5842	9.0794
6	0.9552	0.4324	0.1282	0.7692	-0.1366	0.7023	-0.1005	-0.0106	0.0388	0.0504	0.0101	-0.1212	-0.1207	-0.0591	-0.4072	0.0956	0.0203	0.021	0.0341	-0.0224	0.0421	13.5442	12.3055	22.5333
7	2.1266	-0.4421	0.4817	2.5918	-0.0103	1.9682	-0.0333	-0.0682	0.0465	-0.0172	-0.005	-0.2472	-0.261	0.1023	0.0194	0.1483	-0.0148	-0.0017	0.0673	-0.0075	0.089	25.3148	18.7331	30.5318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 18 through 111 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 112 through 214 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 3 through 32 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 33 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 92 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 130 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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