+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w5d | ||||||
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Title | Crystal Structure of Fab RSB1 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / RSV / antibody / neutralization / prefusion / vaccine | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Harshbarger, W. / Chandramouli, S. / Malito, M. | ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2020 Title: Convergent structural features of respiratory syncytial virus neutralizing antibodies and plasticity of the site V epitope on prefusion F. Authors: Harshbarger, W. / Tian, S. / Wahome, N. / Balsaraf, A. / Bhattacharya, D. / Jiang, D. / Pandey, R. / Tungare, K. / Friedrich, K. / Mehzabeen, N. / Biancucci, M. / Chinchilla-Olszar, D. / ...Authors: Harshbarger, W. / Tian, S. / Wahome, N. / Balsaraf, A. / Bhattacharya, D. / Jiang, D. / Pandey, R. / Tungare, K. / Friedrich, K. / Mehzabeen, N. / Biancucci, M. / Chinchilla-Olszar, D. / Mallett, C.P. / Huang, Y. / Wang, Z. / Bottomley, M.J. / Malito, E. / Chandramouli, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w5d.cif.gz | 410.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w5d.ent.gz | 275.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w5d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6w5d_validation.pdf.gz | 453.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6w5d_full_validation.pdf.gz | 464.9 KB | Display | |
Data in XML | 6w5d_validation.xml.gz | 38.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6w5d_validation.cif.gz | 55.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/6w5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/6w5d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6w52SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Antibody | Mass: 29977.432 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 25137.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→35.55 Å / Num. obs: 55626 / % possible obs: 89.09 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.41 Å2 / CC1/2: 0.84 / Net I/σ(I): 14.66 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 4080 / CC1/2: 0.748 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6W52 Resolution: 2→35.55 Å / SU ML: 0.2706 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 27.207
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→35.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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