[日本語] English
万見
- PDB-5w6c: UCA Fab (unbound) from 6649 Lineage -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6c
タイトルUCA Fab (unbound) from 6649 Lineage
要素
  • UCA Fab heavy chain
  • UCA Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / FAB / Influenza H1N1
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle / immune response / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGL@ protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.634 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089618 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Conserved epitope on influenza-virus hemagglutinin head defined by a vaccine-induced antibody.
著者: Raymond, D.D. / Bajic, G. / Ferdman, J. / Suphaphiphat, P. / Settembre, E.C. / Moody, M.A. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: UCA Fab heavy chain
L: UCA Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1552
ポリマ－48,1552
非ポリマー00
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.640, 66.920, 100.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 UCA Fab heavy chain


分子量: 25308.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B2B6
#2: 抗体 UCA Fab light chain


分子量: 22847.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 26% PEG2000 MME, 150 mM ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.999919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月14日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→46.116 Å / Num. obs: 52465 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.629 % / Biso Wilson estimate: 16.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 27.48 / Num. measured all: 347776 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.63-1.733.2630.5093.0370930.8480.59581.5
1.73-1.857.0550.3318.281430.9720.357100
1.85-27.2320.13816.1276510.9940.149100
2-2.197.2760.07625.8969410.9970.082100
2.19-2.457.2960.05134.3463480.9990.055100
2.45-2.837.2760.03941.656100.9990.042100
2.83-3.467.1130.03249.847420.9990.034100
3.46-4.886.8420.02558.6737500.9990.02799.9
4.88-46.1166.7750.02165.46218710.02399.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H42

3h42


解像度: 1.634→46.116 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2014 2623 5 %Random Selection
Rwork0.1769 ---
obs0.1781 52451 97.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.68 Å2 / Biso mean: 18.8155 Å2 / Biso min: 7.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.634→46.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3263 0 0 442 3705
Biso mean---26.05 -
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9474589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5171982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.634-1.66370.3645800.36311628170862
1.6637-1.69570.29311370.25692481261894
1.6957-1.73030.25841400.226626452785100
1.7303-1.7680.24851400.206826812821100
1.768-1.80910.23821380.20126442782100
1.8091-1.85430.24361430.199626512794100
1.8543-1.90450.22391340.193526322766100
1.9045-1.96050.21991400.177726522792100
1.9605-2.02380.21861420.17526702812100
2.0238-2.09610.21861390.167826742813100
2.0961-2.18010.20071410.176426652806100
2.1801-2.27930.19231450.172626822827100
2.2793-2.39940.18631370.173526722809100
2.3994-2.54980.2311420.18226782820100
2.5498-2.74660.21891410.187427002841100
2.7466-3.0230.19451440.183727182862100
3.023-3.46030.1871430.173527172860100
3.4603-4.3590.17831440.147327522896100
4.359-46.13460.15371530.155528863039100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る