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- PDB-2jb5: Fab fragment in complex with small molecule hapten, crystal form-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jb5
タイトルFab fragment in complex with small molecule hapten, crystal form-1
要素
  • FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
  • FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / CDR / TSC / FAB / HUCAL / FLUORESCENT DYE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / ANTIBODY FRAGMENT / DIAGNOSTIC IMAGING
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T5C / Immunoglobulin lambda constant 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Baesler, S. / Malawski, G. / Badock, V. / Bahr, I. / Schirner, M. / Licha, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Fab Mor03268 Triggers Absorption Shift of a Diagnostic Dye Via Packaging in a Solvent-Shielded Fab Dimer Interface
著者: Hillig, R.C. / Urlinger, S. / Fanghanel, J. / Brocks, B. / Haenel, C. / Stark, Y. / Sulzle, D. / Svergun, D.I. / Baesler, S. / Malawski, G. / Moosmayer, D. / Menrad, A. / Schirner, M. / Licha, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and Molecular-Replacement Solution of a Diagnostic Fluorescent Dye in Complex with a Specific Fab Fragment.
著者: Hillig, R.C. / Baesler, S. / Urlinger, S. / Stark, Y. / Bauer, S. / Badock, V. / Huber, M. / Bahr, I. / Schirner, M. / Licha, K.
履歴
登録2006年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8553
ポリマ－49,0832
非ポリマー7721
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-30.7 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.949, 98.480, 153.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: 抗体 FAB FRAGMENT MOR03268 HEAVY CHAIN


分子量: 26328.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: IN VITRO SELECTED FROM A LIBRARY AND OPTIMIZED IN SEVERAL MATURATION STEPS
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 抗体 FAB FRAGMENT MOR03268 LIGHT CHAIN


分子量: 22754.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: IN VITRO SELECTED FROM A LIBRARY AND OPTIMIZED IN SEVERAL MATURATION STEPS
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DOY3*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-T5C / 2-{(1E,3Z,5E,7E)-7-[3,3-DIMETHYL-5-SULFO-1-(2-SULFOETHYL)-1,3-DIHYDRO-2H-INDOL-2-YLIDENE]-4-METHYLHEPTA-1,3,5-TRIEN-1-YL}-3,3-DIMETHYL-5-SULFO-1-(2-SULFOETHYL)-3H-INDOLIUM / TETRASULFOCYANINE / 1-(2-スルホナトエチル)-2-[(1E,3E,5E)-4-メチル-7-[(2E)-1-(2-スルホナトエチル)-3(以下略)


分子量: 771.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H39N2O12S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細HEAVY CHAIN HAS A C-TERMINAL MYC-HIS6 TAG FAB FRAGMENT SELECTED IN VITRO FROM A LIBRARY, AND ...HEAVY CHAIN HAS A C-TERMINAL MYC-HIS6 TAG FAB FRAGMENT SELECTED IN VITRO FROM A LIBRARY, AND OPTIMIZED FURTHER BY MATURATION STEPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: 2.3M AMMONIUM SULPHATE, 5% PEG400, 0.1M SODIUM CITRATE PH 4.0, FOR CRYO BUFFER ADITIONAL 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→41.7 Å / Num. obs: 13432 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VGE

1vge


解像度: 2.8→41.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE LIGAND TSC IS PARTIALLY DISORDERED. THEREFORE ONLY A FRAGMENT WAS MODELLED. H222-244 REPRESENTS A C-TERMINAL MYC- AND HIS-6 TAG
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2715 656 4.7 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
obs-13432 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9918 Å2 / ksol: 0.34733 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.012 Å20 Å20 Å2
2---0.077 Å20 Å2
3---0.089 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3191 0 30 47 3268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.533
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.534.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.356
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.056 / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor%反射
Rfree0.396 4.7 %
Rwork0.352 -
obs-79 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: LIG_FULL_LINKER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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