PDB-5tnp: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnp

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted Styrene oxide hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	U24DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R01ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	P42ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	K99ES024806	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R00ES024806	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnp.cif.gz	486.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnp.ent.gz	400.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tnp_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tnp_full_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示
XML形式データ	5tnp_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	5tnp_validation.cif.gz	71.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tnh-2 5tnf-1 4dm7-1 5tni-2 5tnl-1 5tns-2 4dmc-1 5hka-1 3ain-4 5tnq-2 4dnf-1 4dmh-1 2wk1-1 3r40-d 6kxh-2 3js3-1 4dno-1 7clz-1 4apt-d 3aio-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.015, 84.013, 89.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-519- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FEH / (1R)-1-phenylethane-1,2-diol / (R)-1-フェニル-1,2-エタンジオ-ル分子量: 138.164 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	FEH represents bound form of Styrene oxide. C1 atom of FEH 327 (or C3 atom of FEH 326) covalently ...FEH represents bound form of Styrene oxide. C1 atom of FEH 327 (or C3 atom of FEH 326) covalently bound to OD1 atom of residues 129 (ASP) of polymer.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.181 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→19.823 Å / Num. obs: 104019 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.28
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.68 % / R_merge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / CC_1/2: 0.865 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS	Oct 15, 2015	データ削減
XDS	Oct 15, 2015	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.85→19.823 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	5220	5.02 %
R_work	0.1666	-	-
obs	0.1687	104010	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9352	0	80	778	10210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9910
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	13484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.677	5812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1777

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.2834	261	0.2585	3218	X-RAY DIFFRACTION	99
1.871-1.893	10000000	0	0.2356	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.893-1.9161	0.2666	261	0.2079	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9403	0.241	261	0.1937	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9403-1.9658	10000000	0	0.1912	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9658-1.9927	0.2348	261	0.1904	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9927-2.0212	0.2321	261	0.1833	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0212-2.0513	10000000	0	0.1767	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0513-2.0833	0.2313	261	0.1778	3181	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0833-2.1174	0.2404	261	0.1731	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1174-2.1539	10000000	0	0.1686	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1539-2.193	0.2144	261	0.1712	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.193-2.2352	0.2166	261	0.1711	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2352-2.2807	10000000	0	0.1691	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2807-2.3302	0.2174	261	0.1655	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.3844	0.2255	261	0.1712	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3844-2.4439	10000000	0	0.1732	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4439-2.5098	0.2334	261	0.175	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5098-2.5835	0.2127	261	0.1678	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5835-2.6667	10000000	0	0.1746	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6667-2.7618	0.2094	261	0.17	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7618-2.8721	0.2264	261	0.1749	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8721-3.0024	10000000	0	0.1813	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0024-3.16	0.216	261	0.1742	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.3571	0.1944	261	0.1662	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3571-3.6149	10000000	0	0.1494	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6149-3.9761	0.1761	261	0.1525	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9761-4.5453	0.1615	261	0.1387	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5453-5.7039	10000000	0	0.1434	3513	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7039-19.8238	0.2072	261	0.1621	3317	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0146	0.0368	0.1202	1.0939	-0.0986	0.7388	0.019	-0.0821	-0.1076	0.0893	-0.0203	0.0472	0.0763	-0.0214	0.0038	0.1525	0.0067	0.0075	0.1585	0.01	0.1422	-22.0817	-31.7278	27.0638
2	1.072	-0.3621	-0.0382	1.6176	-0.2412	0.598	-0.0067	0.0162	0.1397	-0.0508	0.0213	0.063	-0.0719	-0.0274	-0.0136	0.1202	0.0188	-0.019	0.137	0.0027	0.1703	-30.731	7.1104	15.6553
3	0.8677	0.0263	0.0561	1.1892	0.0934	0.711	-0.0003	-0.0456	0.1623	0.0675	-0.0225	-0.0833	-0.0895	0.0181	0.023	0.1539	0.0056	0.0038	0.1587	-0.004	0.1838	6.0037	0.0257	27.0019
4	1.0416	-0.3333	-0.0642	1.3905	0.164	0.521	0.0161	0.0387	-0.0636	-0.0185	-0.0035	-0.1136	0.0561	0.027	-0.0113	0.1396	0.0216	0.0113	0.1499	-0.0056	0.1337	14.76	-38.8663	15.7861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:317)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:317)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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