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Yorodumi- PDB-3js3: Crystal structure of type I 3-dehydroquinate dehydratase (aroD) f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3js3 | ||||||
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Title | Crystal structure of type I 3-dehydroquinate dehydratase (aroD) from Clostridium difficile with covalent reaction intermediate | ||||||
Components | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase / aroD / covalent reaction intermediate / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis / Schiff base / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates. Authors: Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Duban, M.E. / Caffrey, M. / Anderson, W.F. / Lavie, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3js3.cif.gz | 215.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3js3.ent.gz | 173.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3js3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3js3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3js3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3m7wC 3nntC 1qfeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29188.055 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium difficile (bacteria) / Strain: 630 / Gene: aroD, CD2217 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q186A6, 3-dehydroquinate dehydratase #2: Chemical | ChemComp-DHS / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein solution: 7.5mg/mL, 0.25M NaCl, 1mM 3-dehydroshikimate, Tris-HCl pH 8.3. Screen solution: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 10% w/v PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 5, 2009 / Details: Diamond |
Radiation | Monochromator: Beryllium lenses / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→30 Å / Num. all: 55938 / Num. obs: 55938 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2854 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1QFE Resolution: 2.2→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 15.386 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.216 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.947 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→29.55 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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