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- PDB-1l9w: CRYSTAL STRUCTURE OF 3-DEHYDROQUINASE FROM SALMONELLA TYPHI COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l9w
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 3-DEHYDROQUINASE FROM SALMONELLA TYPHI COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT
要素3-dehydroquinate dehydratase aroD
キーワードLYASE / TIM-Barrel / complex with product
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / 3-dehydroquinate dehydratase, active site / Dehydroquinase class I active site. / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lee, W.H. / Perles, L.A. / Nagem, R.A.P. / Shrive, A.K. / Hawkins, A. / Sawyer, L. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Comparison of different crystal forms of 3-dehydroquinase from Salmonella typhi and its implication for the enzyme activity.
著者: Lee, W.H. / Perles, L.A. / Nagem, R.A. / Shrive, A.K. / Hawkins, A. / Sawyer, L. / Polikarpov, I.
履歴
登録2002年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年2月8日Group: Derived calculations
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN DHS: 3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE GROUP. Formula:4(C7 H8 N1 O4). THE ...HETEROGEN DHS: 3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE GROUP. Formula:4(C7 H8 N1 O4). THE PRODUCT IS COVALENTLY LINKED TO LYS170 THROUGH FORMATION OF A SCHIFF BASE (IMINE) INTERMEDIATE THAT IS THEN REDUCED WITH BOROHYDRIDE. THE EMPIRICAL FORMULA GIVEN CONTAINS THE CARBOXYLATE PROTON BUT NOT THE 3-KETO OXYGEN (WHICH IS REPLACED BY THE NZ OF LYS170 IN FORMING THE SCHIFF BASE). LYS 170 FORMS THE IMINE INTERMEDIATE WITH THE AID OF HIS 143. ARG 213 INTERACTS WITH THE CARBOXYL GROUP OF THE 3-DEHYDROQUINATE SUBSTRATE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
B: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
C: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
D: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3088
ポリマ－110,6204
非ポリマー6894
水3,729207
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
B: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6544
ポリマ－55,3102
非ポリマー3442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA, PQS
2
C: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
D: 3-dehydroquinate dehydratase aroD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6544
ポリマ－55,3102
非ポリマー3442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.610, 158.560, 85.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-dehydroquinate dehydratase aroD / 3-dehydroquinase


分子量: 27654.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE PRODUCT 3-DEHYDROSHIKIMATE IS COVALENTLY ATTACHED TO THE ACTIVE SITE LYS 170 BY BOROHYDRIDE REDUCTION OF THE IMINE (SCHIFF BASE)
由来: (天然) Salmonella typhi (サルモネラ菌) / 参照: UniProt: P24670, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-DHS / 3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE


分子量: 172.159 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, citrate-phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
手法: sparse matrix method / PH range low: 6 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
2100 mMcitrate-phosphate11pH5.0-6.0
1PEG400011

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.928 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. all: 49700 / Num. obs: 49700 / % possible obs: 76.45 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / % possible all: 70.12
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QFE

1qfe


解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2485 5 %Random
Rwork0.177 ---
all-49700 --
obs-49700 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7736 0 44 207 7987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.4
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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