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Yorodumi- PDB-4gug: 1.62 Angstrom Crystal Structure of the Salmonella enterica 3-Dehy... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4gug | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | 1.62 Angstrom Crystal Structure of the Salmonella enterica 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) E86A Mutant in Complex with Dehydroshikimate (Crystal Form #1) | ||||||
Components | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel | ||||||
| Function / homology | Function and homology information3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.62 Å | ||||||
Authors | Light, S.H. / Minasov, G. / Duban, M.-E. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Lavie, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2013Title: Reassessing the type I dehydroquinate dehydratase catalytic triad: Kinetic and structural studies of Glu86 mutants. Authors: Light, S.H. / Anderson, W.F. / Lavie, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4gug.cif.gz | 219 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4gug.ent.gz | 178.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4gug.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gug | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4gufC ![]() 4guhC ![]() 3l2iS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30043.273 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E86A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria)Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: aroD, STM1358 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.76 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: protein: 7.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3, 3 mM dehydroquinic acid, crystallization condition: 0.19 M sodium chloride, 17.9% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...Details: protein: 7.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3, 3 mM dehydroquinic acid, crystallization condition: 0.19 M sodium chloride, 17.9% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9785 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2012 / Details: Bimorph K-B pair |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.62→30 Å / Num. all: 57849 / Num. obs: 57849 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.2 |
| Reflection shell | Resolution: 1.62→1.65 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2802 / % possible all: 95 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3L2I Resolution: 1.62→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.389 / SU ML: 0.074 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 36.376 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.62→29.86 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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