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Yorodumi- PDB-4gug: 1.62 Angstrom Crystal Structure of the Salmonella enterica 3-Dehy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gug | ||||||
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Title | 1.62 Angstrom Crystal Structure of the Salmonella enterica 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) E86A Mutant in Complex with Dehydroshikimate (Crystal Form #1) | ||||||
Components | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.62 Å | ||||||
Authors | Light, S.H. / Minasov, G. / Duban, M.-E. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Lavie, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2013 Title: Reassessing the type I dehydroquinate dehydratase catalytic triad: Kinetic and structural studies of Glu86 mutants. Authors: Light, S.H. / Anderson, W.F. / Lavie, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gug.cif.gz | 219.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gug.ent.gz | 178.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gug.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/4gug | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4gufC 4guhC 3l2iS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30043.273 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E86A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: aroD, STM1358 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P58687, 3-dehydroquinate dehydratase #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: protein: 7.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3, 3 mM dehydroquinic acid, crystallization condition: 0.19 M sodium chloride, 17.9% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...Details: protein: 7.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, pH 8.3, 3 mM dehydroquinic acid, crystallization condition: 0.19 M sodium chloride, 17.9% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2012 / Details: Bimorph K-B pair |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.62→30 Å / Num. all: 57849 / Num. obs: 57849 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.62→1.65 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2802 / % possible all: 95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3L2I Resolution: 1.62→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.389 / SU ML: 0.074 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.376 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.62→29.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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