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- PDB-4guf: 1.5 Angstrom Crystal Structure of the Salmonella enterica 3-Dehyd... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4guf | ||||||
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Title | 1.5 Angstrom Crystal Structure of the Salmonella enterica 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) E86A Mutant | ||||||
![]() | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel | ||||||
Function / homology | ![]() 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Light, S.H. / Minasov, G. / Duban, M.-E. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Lavie, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Reassessing the type I dehydroquinate dehydratase catalytic triad: Kinetic and structural studies of Glu86 mutants. Authors: Light, S.H. / Anderson, W.F. / Lavie, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 225.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 180.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4gugC ![]() 4guhC ![]() 3l2iS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30043.273 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E86A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: aroD, STM1358 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: protein: 7.5 mg/mL in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl, crystallization condition: Qiagen PEG E6 (0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 2, 2012 / Details: Bimorph K-B pair |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→30 Å / Num. all: 74606 / Num. obs: 74606 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3584 / % possible all: 90.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3L2I Resolution: 1.5→29.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.636 / SU ML: 0.049 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.749 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→29.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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