PDB-5mjq: Single-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One chip)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mjq

タイトル

Single-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One chip)

要素

C-phycocyanin alpha chain
C-phycocyanin beta chain

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / Serial Crystallography / Pink beam

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Meents, A. / Oberthuer, D. / Lieske, J. / Srajer, V. / Sarrou, I.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Pink-beam serial crystallography.
著者: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / ...

履歴

登録	2016年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mjq.cif.gz	194.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mjq.ent.gz	160.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mjq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mjq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5mjq_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	5mjq_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mjlC 5mjmC 5mjpC 5o7mC 1jboS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ktp-2 5mjp-1 1i7y-1 3l0f-1 4ziz-1 1gh0-1 5mjm-1 1ha7-2 5tou-d 3brp-1 4n6s-1 1phn-2 5uvk-1 1jbo-1 1f99-1 5o7m-1 1ha7-1 2uun-2 2uun-1 6jpr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	187.800, 187.800, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

#1: タンパク質	C-phycocyanin alpha chain 分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質	C-phycocyanin beta chain 分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / Mutation: N73X / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / Mutation: N73X / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.15-1.25

検出器

タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月9日

放射

プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.15	1
2	1.25	1

反射

解像度: 2.7→14.918 Å / Num. obs: 6647 / % possible obs: 59.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 1 % / B_iso Wilson estimate: 13.5991095346 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 46.56

反射シェル

解像度: 2.7→2.82 Å / % possible all: 0.269

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Epinorm		データ削減
Precognition		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JBO

1jbo

解像度: 2.7→14.917 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.62 / 位相誤差: 15.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2128	666	10.02 %	Random selection
R_work	0.1541	-	-	-
obs	0.16	6646	59.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.917 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	129	0	2627

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.769	3638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.616	1578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	401
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7004-2.9075	0.2223	62	0.187	593	X-RAY DIFFRACTION	29
2.9075-3.1974	0.278	104	0.1782	892	X-RAY DIFFRACTION	45
3.1974-3.6542	0.2391	143	0.1622	1284	X-RAY DIFFRACTION	64
3.6542-4.5816	0.1792	180	0.1363	1591	X-RAY DIFFRACTION	79
4.5816-14.9177	0.199	177	0.1476	1620	X-RAY DIFFRACTION	78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0798	0.0209	0.0205	0.4793	0.2561	0.1364	0.0879	-0.143	-0.0188	-0.0017	0.068	-0.1626	-0.0484	0.0226	0.0592	0.1478	-0.0039	0.0339	0.0749	0.0172	0.106	34.0671	-2.2262	24.4783
2	0.0598	0.0236	-0.0041	0.0335	-0.0323	0.0404	0.0157	-0.0337	-0.0097	0.0226	-0.0028	-0.0178	0.0004	-0.0031	0.0149	0.1645	-0.0537	0.0847	0.074	-0.02	0.1293	35.5255	-36.6774	23.2343
3	0.1564	-0.0205	-0.086	0.1046	-0.0161	0.1521	-0.0482	0.0125	-0.0599	-0.0744	-0.087	-0.0362	0.1017	-0.0706	-0.2207	-0.0052	0.0321	0.1026	0.0719	-0.056	0.02	29.4684	-26.5777	23.449
4	0.0091	0.0131	-0.0057	0.0134	-0.006	0.0015	0.0663	0.0055	-0.0089	-0.0303	-0.0157	-0.0024	-0.0324	0.0718	0	0.1683	0.0178	0.0451	0.1213	-0.0175	0.1159	31.9936	-11.8504	12.0839
5	0.2448	-0.0133	-0.1658	0.0911	-0.0399	0.128	-0.1049	0.0273	-0.1137	-0.0222	-0.0144	-0.0467	0.1366	-0.083	-0.2107	0.1159	0.0589	0.0999	0.0744	-0.0478	0.1859	34.937	11.1154	15.6156
6	0.1572	0.1207	0.0251	0.2529	-0.0016	0.0251	0.0076	-0.0309	0.0582	-0.0822	-0.0368	0.0741	-0.074	-0.0267	-0.0843	0.1469	0.0885	0.017	0.0467	-0.0051	0.0508	17.4218	19.622	13.827
7	0.0444	-0.0519	-0.0143	0.0863	-0.0112	0.0405	-0.0112	0.0376	0.0396	-0.2148	-0.0074	0.0585	0.068	-0.0982	-0.0045	0.1992	0.0182	-0.0474	0.1538	-0.019	0.1312	27.2316	13.1078	10.4378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 162 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 21 through 62 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 63 through 101 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 102 through 162 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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