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万見
- PDB-5lty: Homeobox transcription factor CDX2 bound to methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lty
タイトルHomeobox transcription factor CDX2 bound to methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
  • Homeobox protein CDX-2
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / methylated DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of somitogenesis / intestinal epithelial cell differentiation / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / methyl-CpG binding / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance ...regulation of somitogenesis / intestinal epithelial cell differentiation / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / methyl-CpG binding / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance / transcription repressor complex / condensed nuclear chromosome / stem cell differentiation / animal organ morphogenesis / positive regulation of cell differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein CDX-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors.
著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / ...著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / Domcke, S. / Yan, J. / Schubeler, D. / Vinson, C. / Taipale, J.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
K: Homeobox protein CDX-2
M: Homeobox protein CDX-2
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8576
ポリマ－39,8576
非ポリマー00
水61334
1
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
K: Homeobox protein CDX-2
F: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9283
ポリマ－19,9283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
M: Homeobox protein CDX-2
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9283
ポリマ－19,9283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.882, 46.613, 120.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12K
22M
13F
23E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11DTDTDCDCAA1 - 181 - 18
21DTDTDCDCBB1 - 181 - 18
12LYSLYSGLNGLNKC186 - 2542 - 70
22LYSLYSGLNGLNMD186 - 2542 - 70
13DGDGDADAFE19 - 361 - 18
23DGDGDADAEF19 - 361 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5462.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Homeobox protein CDX-2 / CDX-3 / Caudal-type homeobox protein 2


分子量: 8869.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDX2, CDX3 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q99626
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5596.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 5000, potassium chloride, magnesium chloride, PEG 400,Tris buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→63.29 Å / Num. obs: 10979 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 73.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.66→2.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.647 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EEA

5eea


解像度: 2.66→63.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 31.14 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.337
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2422 519 4.7 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2039 10459 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.37 Å2 / Biso mean: 77.843 Å2 / Biso min: 36.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å20 Å20.76 Å2
2---4.67 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→63.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 1480 0 34 2757
Biso mean---64.44 -
残基数----213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0152989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1611.5334224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6934876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.3059.68544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01122.71470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.36815262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0371517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.24448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9883.005562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.982.999561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2294.48699
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56740.04
12B56740.04
21K172760.08
22M172760.08
31F57160.04
32E57160.04
LS精密化 シェル解像度: 2.656→2.725 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 38 -
Rwork0.411 727 -
all-765 -
obs--94.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5321-1.60110.4683.4671-0.69051.50430.270.2889-0.3026-0.5196-0.25940.1430.10320.0939-0.01060.5150.05730.06450.4157-0.03360.3717-19.4945-7.4969-21.1436
24.54712.3783-0.93534.3190.41451.54220.2038-0.670.4740.2017-0.11760.0966-0.00380.4585-0.08620.441-0.1521-0.11680.48640.02090.3341-17.2056-5.066920.1021
31.9116-0.18130.25523.5473-0.24561.31710.1706-0.14590.159-0.02-0.16-0.0285-0.02710.0931-0.01050.38860.07330.00720.4920.03940.2854-20.3093-2.2104-9.3639
43.2252-0.4367-0.26681.7868-0.87551.02870.0179-0.0133-0.13190.2361-0.1587-0.0570.03560.17380.14080.3379-0.076-0.07210.43510.08460.2701-19.5343-9.82137.9789
52.4813-1.99270.0423.65770.58970.84580.05290.2147-0.0789-0.2131-0.1407-0.00490.0505-0.01250.08770.52010.04980.07940.39180.01240.3573-18.8468-6.6472-19.2811
61.19090.3419-0.71092.13110.49072.04390.0665-0.18490.24180.3026-0.11080.1914-0.25860.1830.04440.3018-0.0953-0.12170.24280.03540.1672-16.8206-5.774618.0904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3K185 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4M186 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5F19 - 36
6X-RAY DIFFRACTION6E19 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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