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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lty | ||||||
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タイトル | Homeobox transcription factor CDX2 bound to methylated DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / methylated DNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intestinal epithelial cell differentiation / regulation of somitogenesis / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / methyl-CpG binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance ...intestinal epithelial cell differentiation / regulation of somitogenesis / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / methyl-CpG binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance / transcription repressor complex / condensed nuclear chromosome / 細胞分化 / positive regulation of cell differentiation / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Morgunova, E. / Popov, A. / Taipale, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors. 著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / ...著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / Domcke, S. / Yan, J. / Schubeler, D. / Vinson, C. / Taipale, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lty.cif.gz | 154.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lty.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lty.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5lty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5lty | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5462.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: タンパク質 | 分子量: 8869.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDX2, CDX3 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q99626 #3: DNA鎖 | 分子量: 5596.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 5000, potassium chloride, magnesium chloride, PEG 400,Tris buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→63.29 Å / Num. obs: 10979 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 73.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.647 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EEA 解像度: 2.66→63.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 31.14 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.337 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 201.37 Å2 / Biso mean: 77.843 Å2 / Biso min: 36.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.66→63.29 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.656→2.725 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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