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万見
- PDB-5lux: Homeobox transcription factor CDX1 bound to methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lux
タイトルHomeobox transcription factor CDX1 bound to methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
  • Homeobox protein CDX-1
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / methylated DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of somitogenesis / embryonic pattern specification / bone morphogenesis / methyl-CpG binding / digestive tract development / anterior/posterior axis specification / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of somitogenesis / embryonic pattern specification / bone morphogenesis / methyl-CpG binding / digestive tract development / anterior/posterior axis specification / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...Caudal-like activation domain / : / Caudal like protein activation region / Helix-turn-helix motif / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein CDX-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors.
著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / ...著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / Domcke, S. / Yan, J. / Schubeler, D. / Vinson, C. / Taipale, J.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*C)-3')
K: Homeobox protein CDX-1
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
L: Homeobox protein CDX-1
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2746
ポリマ－37,2746
非ポリマー00
水18010
1
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*C)-3')
K: Homeobox protein CDX-1
F: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3283
ポリマ－18,3283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
2
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
L: Homeobox protein CDX-1
E: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9463
ポリマ－18,9463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.650, 45.555, 116.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12K
22L
13F
23E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11DTDTDTDTAA1 - 161 - 16
21DTDTDTDTBC1 - 161 - 16
12THRTHRASNASNKB153 - 2131 - 61
22THRTHRASNASNLD153 - 2131 - 61
13DGDGDADAFE20 - 351 - 16
23DGDGDADAEF20 - 352 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 ABFE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 5173.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')


分子量: 5462.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5267.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5596.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 12分子 KL

#2: タンパク質 Homeobox protein CDX-1 / Caudal-type homeobox protein 1


分子量: 7887.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDX1 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P47902
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG MME (5000),KCl, MgCl2, 2-Methyl propanol, Tris buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→58.12 Å / Num. obs: 5425 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.23→3.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / CC1/2: 0.891 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.25データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LTX

5ltx


解像度: 3.23→58.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 100.709 / SU ML: 0.697 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.729
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2995 515 9.5 %RANDOM
Rwork0.2411 ---
obs0.2467 4909 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 237.96 Å2 / Biso mean: 90.603 Å2 / Biso min: 35.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.69 Å20 Å20.38 Å2
2---2.68 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.23→58.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 1439 0 10 2552
Biso mean---92.56 -
残基数----195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0152731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.5213970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.68934473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1825123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05921.56264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.34815238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5381518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5484.388498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5294.371497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0516.54619
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A51980.01
12B51980.01
21K155160.08
22L155160.08
31F53880.01
32E53880.01
LS精密化 シェル解像度: 3.233→3.317 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 27 -
Rwork0.338 262 -
all-289 -
obs--73.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7738-5.34551.11378.5789-0.76861.05030.08830.0943-0.0935-0.2177-0.10550.328-0.0066-0.01230.01720.0627-0.0169-0.13820.07280.09221.2139-16.9594-28.0758-18.8237
23.0003-0.4198-0.77614.9472-0.83688.2518-0.0088-0.19380.40350.15090.37140.1172-0.1827-0.3809-0.36260.08840.0463-0.11020.06830.01971.071-16.3559-19.2056-8.3546
32.46814.1588-0.01377.22390.26360.5077-0.0367-0.08320.4386-0.0412-0.05670.620.08480.08680.09340.1097-0.0271-0.17520.0468-0.01491.4353-17.2022-26.119919.0727
43.86122.7022-0.81182.9736-0.62127.9813-0.35730.6044-0.11850.00090.2294-0.17860.4174-0.45840.12790.114-0.1174-0.10120.14390.0211.1686-15.897-34.02898.425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION1F20 - 36
3X-RAY DIFFRACTION2K153 - 215
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION3E19 - 36
6X-RAY DIFFRACTION4L153 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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