PDB-2lyy: NMR structure of the protein NB7890A from Shewanella sp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lyy

タイトル

NMR structure of the protein NB7890A from Shewanella sp

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / DUF3144 / PF11342 / PSI-Biology / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

Helix Hairpins - #3020 / Protein of unknown function DUF3144 / Protein of unknown function (DUF3144) / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DUF3144 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Serrano, P. / Geralt, M. / Pedrini, B. / Wuthrich, K. / Horst, R. / Augustyniak, W. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the protein NB7890A from Shewanella sp
著者: Serrano, P. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2012年9月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lyy.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lyy.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/2lyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6es3-1 5lty-2 5lty-1 1d6r-d 6sl9-d 1ry6-d 4y9d-d 4wyq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18733 TargetTrack: JCSG-367613

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

23 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 11476.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K4DIE2*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D CBCA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.2 mM	entity-1	[U-98% 13C; U-98% 15N]	1
50 mM	sodium chloride-2		1
20 mM	sodium phosphate-3		1
5 mM	sodium azide-4		1

試料状態

イオン強度: 0.22 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger A. T. et.al.	精密化
OPALp	Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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