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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6es3 | ||||||
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Title | Structure of CDX2-DNA(TCG) | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION / homeodomain transcription factor / CDX2-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of somitogenesis / intestinal epithelial cell differentiation / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / methyl-CpG binding / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance ...regulation of somitogenesis / intestinal epithelial cell differentiation / trophectodermal cell differentiation / labyrinthine layer development / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / methyl-CpG binding / anterior/posterior axis specification / endosome to lysosome transport / blood vessel development / somatic stem cell population maintenance / transcription repressor complex / condensed nuclear chromosome / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / animal organ morphogenesis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Popov, A. / Taipale, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima. Authors: Morgunova, E. / Yin, Y. / Das, P.K. / Jolma, A. / Zhu, F. / Popov, A. / Xu, Y. / Nilsson, L. / Taipale, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ednC ![]() 5eeaC ![]() 6es2C ![]() 5ltyS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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Components
#1: DNA chain | Mass: 5448.524 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #2: Protein | Mass: 9026.421 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: DNA chain | Mass: 5582.657 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 19% PME 5000, 0.15 M potassium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 8% PEG 400, 0.05M TRIS-buffer pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.18→43.23 Å / Num. obs: 19575 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 16.093 % / Biso Wilson estimate: 65.834 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 1.191 / Net I/σ(I): 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5LTY Resolution: 2.57→43.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 31.815 / SU ML: 0.319 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.378 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.04 Å2 / Biso mean: 67.057 Å2 / Biso min: 37.37 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.57→43.23 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.57→2.637 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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