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- PDB-4wyq: Crystal structure of the Dicer-TRBP interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wyq
タイトルCrystal structure of the Dicer-TRBP interface
要素
  • Endoribonuclease Dicer
  • Poly(UNK)
  • RISC-loading complex subunit TARBP2
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / RNA interference / microRNA / dsRBP / dsRBD / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of viral transcription / peripheral nervous system myelin formation / regulation of regulatory ncRNA processing / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / global gene silencing by mRNA cleavage / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis ...regulation of siRNA processing / regulation of miRNA processing / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of viral transcription / peripheral nervous system myelin formation / regulation of regulatory ncRNA processing / negative regulation of defense response to virus by host / pre-miRNA binding / global gene silencing by mRNA cleavage / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / negative regulation of Schwann cell proliferation / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / apoptotic DNA fragmentation / tRNA decay / positive regulation of myelination / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / nerve development / positive regulation of Schwann cell differentiation / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA processing / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / pre-mRNA binding / RISC complex / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of viral genome replication / RNA endonuclease activity / protein sequestering activity / neuron projection morphogenesis / negative regulation of protein kinase activity / helicase activity / PKR-mediated signaling / regulation of translation / double-stranded RNA binding / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / : ...RISC-loading complex subunit TRBP2 / TRBP2 , first double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , second double-stranded RNA binding domain / TRBP2 , third double-stranded RNA binding domain / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RISC-loading complex subunit TARBP2 / Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wilson, R.C. / Doudna, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073794 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM096689 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Dicer-TRBP Complex Formation Ensures Accurate Mammalian MicroRNA Biogenesis.
著者: Wilson, R.C. / Tambe, A. / Kidwell, M.A. / Noland, C.L. / Schneider, C.P. / Doudna, J.A.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月18日Group: Database references
改定 1.32015年8月26日Group: Other
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease Dicer
B: RISC-loading complex subunit TARBP2
C: Poly(UNK)
D: Endoribonuclease Dicer
E: RISC-loading complex subunit TARBP2
F: Poly(UNK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0256
ポリマ－47,0256
非ポリマー00
水00
1
A: Endoribonuclease Dicer
B: RISC-loading complex subunit TARBP2
C: Poly(UNK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5123
ポリマ－23,5123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Endoribonuclease Dicer
E: RISC-loading complex subunit TARBP2
F: Poly(UNK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5123
ポリマ－23,5123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)291.910, 291.910, 291.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 269:386) AND (NAME CA OR NAME C OR NAME N OR NAME O)
211CHAIN D AND (RESSEQ 269:386) AND (NAME CA OR NAME C OR NAME N OR NAME O)
112CHAIN B AND (RESSEQ 294:362) AND (NAME CA OR NAME C OR NAME N OR NAME O)
212CHAIN E AND (RESSEQ 294:362) AND (NAME CA OR NAME C OR NAME N OR NAME O)
113CHAIN F AND (NAME CA OR NAME C OR NAME N OR NAME O)
213CHAIN C AND (NAME CA OR NAME C OR NAME N OR NAME O)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease Dicer / Helicase with RNase motif / Helicase MOI


分子量: 14482.081 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 267-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DICER1, DICER, HERNA, KIAA0928 / プラスミド: 2D / 詳細 (発現宿主): plasmid for polycistronic expression / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9UPY3, ribonuclease III
#2: タンパク質 RISC-loading complex subunit TARBP2 / TAR RNA-binding protein 2 / Trans-activation-responsive RNA-binding protein


分子量: 8076.228 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 289-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARBP2, TRBP / プラスミド: 2D / 詳細 (発現宿主): plasmid for polycistronic expression / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q15633
#3: タンパク質・ペプチド Poly(UNK)


分子量: 954.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: 2D / 詳細 (発現宿主): plasmid for polycistronic expression / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
Has protein modificationN
配列の詳細Chains C and F represent TRBP residues for which residue identity could not be established. These ...Chains C and F represent TRBP residues for which residue identity could not be established. These residues were included since they are illuminating regarding the orientation of the portion of TRBP N-terminal to that represented in chains B and E.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2 uL of 7.3 g/L protein solution in buffer [0.01 M sodium acetate, 0.05 M sodium chloride, 0.001 M TCEP, and 5% (w/v) glycerol] was mixed with 1 uL [18% PEG 3350 (w/v), 0.26 M potassium sulfate, 0.001 M TCEP].

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11111 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.35 Å / Num. obs: 18119 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.2 % / Rsym value: 0.182 / Net I/σ(I): 18.55
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
SOLVE位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.65 Å / SU ML: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 905 4.99 %Random
Rwork0.228 ---
obs0.23 18119 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.92 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3192 0 0 0 3192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.614358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7181208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008550
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A456X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D456X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.078
21B276X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E276X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
31F44X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C44X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2003-3.40070.32961460.29872799X-RAY DIFFRACTION100
3.4007-3.66320.28391470.25132795X-RAY DIFFRACTION100
3.6632-4.03170.2281490.21932821X-RAY DIFFRACTION100
4.0317-4.61470.21491500.19122844X-RAY DIFFRACTION100
4.6147-5.81250.26481510.20872884X-RAY DIFFRACTION100
5.8125-48.65730.26841620.23753071X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.63475.63230.67325.58933.52512.0005-0.6311-1.0012-0.7851-0.0657-0.67921.00721.9927-1.48941.11580.5779-0.03270.08690.7445-0.10831.143226.41553.916-10.085
27.9559-4.91661.85164.3034-0.56512.20130.11281.3414-0.45-0.31570.2164-0.85250.15060.39840.63190.11420.0604-0.04281.2511-0.5040.950432.66161.7-14.149
38.732-2.6851-5.95915.8304-0.55756.34670.07662.3787-0.1988-0.25840.3913-1.189-0.21740.5111-0.21080.4468-0.2803-0.1511.36080.17170.862133.38968.962-13.207
44.11021.86630.80983.7881.41860.53560.0002-0.5397-0.95330.7833-0.95-0.4533-0.25431.8680.97470.6370.0655-0.27940.71410.06690.926432.79559.2754.992
51.17780.85260.99.18268.49998.18980.1226-0.4199-0.92410.62170.08450.70580.2751-0.3088-0.28970.5557-0.0815-0.00350.72090.44141.260724.87653.4099.977
68.37513.6965-2.22049.8509-5.45993.0326-0.06460.15990.2929-0.44620.238-0.84660.06860.14610.10670.4528-0.03840.08850.6954-0.19910.708830.38868.641-2.99
74.2696-0.8878-0.93262.9973-2.85813.5517-0.05070.1391-1.03660.3008-0.9243-0.48360.13810.27860.47820.06470.0375-0.08120.5353-0.21320.5827.31959.450.498
81.2112-0.17190.48122.4103-0.78421.4640.2288-0.1694-0.6174-0.09420.05270.40170.5817-0.5967-0.84780.0167-0.1665-0.30850.5744-0.28070.519323.08862.296-6.902
95.73313.74263.36823.17951.23683.23630.3060.3007-0.9597-0.57330.20761.31991.2611-1.0153-0.38851.0004-0.3969-0.21240.5686-0.06781.25816.57262.936-1.747
106.50.15263.67578.92362.88558.00540.1875-1.4251-1.36750.25170.205-0.81780.11150.5164-0.32040.2712-0.0470.03140.77020.1590.430119.14465.91910.562
113.08114.1823-3.47228.7705-4.40275.7706-0.10460.65920.0090.12390.08040.5671-0.6482-0.1065-0.00510.19510.0424-0.03650.5625-0.05990.29738.37876.4752.777
124.68451.16860.25383.87720.57862.01140.4945-0.35530.58090.4450.0619-0.6067-0.22280.2945-0.13250.1014-0.3120.06350.91760.02810.478523.84174.1484.088
132.49350.78760.37622.46040.37042.2253-0.2418-0.1931-0.20430.02770.1455-0.4884-0.47260.86830.0898-0.2762-0.0212-0.10240.60680.06260.2895-1.8179.752-9.752
140.6604-0.59070.04990.66560.24380.60280.01640.12810.7487-0.2124-0.06980.2265-1.9609-0.1342-0.00341.6144-0.09550.00390.8151-0.03431.188814.257100.04341.979
153.8517-1.4177-0.01771.9228-1.76362.23530.8195-1.24571.86481.70830.9435-2.307-1.32861.196-1.22611.8471-0.39350.1161.2012-0.51141.182924.85598.44744.679
168.03372.32654.21521.85941.65114.6715-0.126-0.07610.55280.1056-0.0086-0.2453-1.0640.9958-0.27631.6615-1.0305-0.461.6002-0.38331.307930.18293.17543.85
173.4305-2.52995.00556.967-2.43727.8396-0.32110.68312.52210.6954-0.267-0.4236-2.29310.97110.54421.614-0.33030.23691.10620.11821.277520.67498.18125.978
184.13242.83144.11932.40352.54124.27540.3968-0.1820.02311.05980.42810.4211-0.58740.1141-0.72581.2810.23790.14330.96250.07031.05899.98897.03722.716
191.14811.17540.40252.4993-0.80125.51-0.4270.3960.4297-0.4245-0.22450.2479-0.2480.18950.72791.1885-0.60870.08571.1717-0.2720.842625.97590.33134.121
204.7399-4.41235.48444.1697-5.18636.4445-0.3337-0.19091.38321.1325-0.4224-0.5332-0.9898-0.12550.52041.2637-0.1818-0.02310.7046-0.18960.814917.13395.22331.43
211.1603-1.2913-0.26054.4437-1.30830.92260.0502-0.28730.5863-0.1975-0.21740.4353-0.8983-0.14690.9321.1176-0.45680.04980.6622-0.62390.63316.88691.15939.561
223.41873.1363-2.45432.9032-1.98894.4186-0.4981-1.29121.73862.49311.18341.6471-1.0883-1.2375-0.73110.8790.47540.12791.02310.01451.16654.39179.45337.997
232.7832-0.72320.58058.2841-1.50487.9433-0.16630.67710.9293-0.68280.64310.0823-0.13290.0258-0.52460.4067-0.0249-0.08840.7112-0.08190.455113.53783.9922.9
247.27835.8746-1.61638.8354-1.43197.03570.2977-0.0607-0.93460.6301-0.1069-0.72760.52650.8641-0.22320.4701-0.0572-0.11360.5425-0.05720.38714.07169.75432.313
253.3368-1.70131.34282.61580.62934.15720.21350.84260.2692-0.0097-0.2178-1.2698-0.82170.82650.15770.4044-0.6124-0.17731.1215-0.13760.845523.47981.55528.251
267.35331.6516-6.02374.4983-3.51427.09760.4777-0.55770.04630.1884-0.21290.00830.13651.3929-0.08330.7012-0.03-0.24010.6707-0.01780.516210.80462.12946.703
270.1910.06110.31590.01890.10050.5203-0.19810.1268-0.0117-0.85090.34240.00330.1071-0.12140.0510.66730.21160.31240.57340.46650.390824.22169.449-18.68
282.5452-1.2311-0.50532.0444-2.19064.18840.2183-0.6730.05970.15190.0784-0.0562-0.7918-0.0426-0.03931.00050.0153-0.34820.9259-0.03240.202624.22687.250.756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 289:295 )B289 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 296:303 )B296 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 304:308 )B304 - 308
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 309:317 )B309 - 317
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 318:324 )B318 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 325:332 )B325 - 332
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 333:345 )B333 - 345
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 346:363 )B346 - 363
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 269:274 )A269 - 274
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 275:309 )A275 - 309
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 310:330 )A310 - 330
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 331:361 )A331 - 361
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 362:391 )A362 - 391
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN E AND RESID 289:295 )E289 - 295
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 296:303 )E296 - 303
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 304:308 )E304 - 308
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 309:317 )E309 - 317
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 318:324 )E318 - 324
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 325:332 )E325 - 332
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 333:345 )E333 - 345
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 346:363 )E346 - 363
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 269:274 )D269 - 274
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 275:309 )D275 - 309
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 310:330 )D310 - 330
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 331:361 )D331 - 361
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 362:391 )D362 - 391
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN C AND RESID 8:11 )C8 - 11
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN F AND RESID 8:11 )F8 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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