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- PDB-7ks4: Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain with partially... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ks4 | |||||||||
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Title | Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain with partially bound ADP | |||||||||
![]() | Phage terminase large subunit | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Phage Large Terminase / ASCE ATPase | |||||||||
Function / homology | ![]() viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / chromosome organization / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hilbert, B.J. / Kelch, B.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Viral packaging ATPases utilize a glutamate switch to couple ATPase activity and DNA translocation. Authors: Pajak, J. / Atz, R. / Hilbert, B.J. / Morais, M.C. / Kelch, B.A. / Jardine, P.J. / Arya, G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 123.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 101.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 833.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 836 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31580.732 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ADP / | #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.09 % / Description: Cube |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 100 mM Sodium Acetate:HCl pH 5.0, 0.5M ammonium sulfate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.88→45.79 Å / Num. obs: 29147 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 36.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.96 Å / Redundancy: 14 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2900 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.39 Å2 / Biso mean: 45.7883 Å2 / Biso min: 23.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.887→45.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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