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- PDB-5fkh: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fkh
タイトルSAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is CU
要素SAM-I RIBOSWITCH
キーワードRNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH
機能・相同性: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-I RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,67617
ポリマ－30,5441
非ポリマー2,13116
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.496, 62.496, 155.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1105-

BA

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 SAM-I RIBOSWITCH


分子量: 30544.314 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

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非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細NOTE MUTATION A94G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 10 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→42.5 Å / Num. obs: 9323 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 88.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKLデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc


解像度: 2.65→42.499 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 751 4.8 %
Rwork0.2307 --
obs0.2329 9323 92.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 134.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→42.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2028 42 5 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6213589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9641139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6502-2.85480.42041630.4223072X-RAY DIFFRACTION94
2.8548-3.1420.40681350.33673009X-RAY DIFFRACTION93
3.142-3.59640.29551650.23962985X-RAY DIFFRACTION93
3.5964-4.53030.26271700.23672971X-RAY DIFFRACTION92
4.5303-42.50460.24431180.19272925X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5907-1.2635.19836.1916-3.54174.41010.91873.4893-0.676-1.5096-0.6086-0.7251-1.963-1.2143-0.05921.21720.49260.02031.3291-0.06110.611713.70160.7386-0.867
29.5669-5.2497-6.5412.93973.62244.5193-1.6091-0.0995-0.8485-0.26930.3586-2.98851.64680.44020.85151.58890.16970.13280.7385-0.07320.879214.4571-13.9738-3.8706
30.4852-0.81610.69193.46480.24313.1402-1.64651.2007-1.44541.20210.93210.01721.00222.0841-0.15812.2047-0.50980.97731.9401-1.26561.33747.9808-22.1997-17.3081
43.0847-1.3228-4.32011.39822.10056.115-0.01050.6233-0.9952-1.491-0.42731.05773.60030.0275-1.71892.7289-0.855-0.36894.803-1.22610.6677-8.9544-15.8726-27.5706
51.9786-2.20031.77074.8863-3.63662.66712.88950.6511.02850.3942-0.32662.7435-4.0936-5.1411-2.1832.51630.72190.44513.20060.20711.0993-8.1264-1.3342-31.1108
67.75780.68851.51574.25291.6190.81310.97840.7110.3936-0.1827-0.7020.4758-1.0757-0.9936-0.32211.5705-0.07710.32451.40280.28711.07977.9104-1.5352-26.5268
78.73982.56437.77725.89922.71876.92832.73190.98342.86831.4796-1.86720.8629-2.19941.7512-0.64742.7248-0.21870.46061.23910.28061.297919.3579-1.7805-27.1053
84.38921.65591.5454.67052.98642.3573-1.11841.3709-2.24640.60461.8173-1.51421.798-1.33080.411.7199-0.29030.29751.92470.57830.46647.4962-7.5601-35.3136
93.03291.76162.77586.37853.93723.5809-1.684-1.1269-1.5340.64050.12610.50513.03462.65211.34821.62230.06780.39722.68410.271.1264-3.2257-5.9455-29.9056
107.4023.46323.78621.69561.76071.92360.67251.0818-1.9519-0.4274-0.75610.37320.7085-3.2527-0.04021.6211-0.09970.21082.6493-0.52820.6312-7.211-16.5203-16.0421
115.01192.46344.89511.25252.4034.99051.6944-1.1972-0.90320.5453-0.75750.30612.0587-0.6099-0.60382.0143-0.21950.26971.17040.01760.50680.2402-17.1585-0.6947
122.2170.5758-0.14785.4935-3.5342.2887-0.4475-2.2630.2729-0.4041-1.00581.37444.0103-2.26080.51822.5159-0.63730.42972.23730.3950.7667-9.3773-18.71911.1913
135.4556-0.7509-5.94773.47013.44878.4783-1.70172.02380.4687-2.15261.18830.9993-0.3084-1.76260.36251.5191-0.13410.01641.52890.04770.4221-0.0828-11.541-12.4545
142.4995.3876-2.11441.9554-4.51471.70940.05671.8029-0.3177-2.0548-1.0563-3.50210.0865-1.15330.82322.07290.28530.58591.4563-0.15410.55811.4301-14.9583-22.6781
154.64423.72135.72246.58243.08367.6928-0.54170.55140.5812-0.29830.4455-1.07-1.69620.40270.09862.0016-0.17630.66251.1003-0.30111.177622.2064-8.5707-21.6884
163.4135-3.5256-2.31753.82481.91275.7131-0.32871.05691.05362.01440.6525-1.4506-0.66861.73480.57381.5418-0.0195-0.33722.7172-0.58170.544637.1353-14.3393-15.3843
177.7175-1.5582-2.45112.99811.35952.16450.0335-2.1961.11640.62290.6516-1.0130.16782.5415-0.58080.8677-0.1986-0.03361.7904-0.37160.759636.3964-17.6238-25.6451
187.1775-6.0730.51265.2385-0.44676.40782.2469-0.58731.6453-1.3652-2.5421-0.64090.29230.8205-0.03251.4255-0.24760.5361.54-0.16831.232226.6216-12.5322-10.9976
197.66112.72340.79027.2979-3.46982.6563-0.34440.28720.8391-0.03591.2906-1.8710.09970.2135-1.05161.0375-0.03960.15370.6928-0.19030.882810.9865-6.7498-7.5204
205.12711.2270.74544.90880.16056.75020.0854-0.69850.5989-0.3025-2.2539-0.4282-1.4246-1.57241.39131.41350.3342-0.24950.76680.03740.61948.38090.88956.3043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:4)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 5:8)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 9:12)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 13:16)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 17:20)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 21:24)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 25:28)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 29:33)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 34:39)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 40:45)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 46:49)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 50:56)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 57:60)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 61:64)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 65:69)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 70:73)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 74:80)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 81:84)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 85:90)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 91:94)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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