PDB-5fkd: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fkd

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is UA

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fkd.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fkd.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fkd_validation.pdf.gz	835.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fkd_full_validation.pdf.gz	838.8 KB	表示
XML形式データ	5fkd_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
CIF形式データ	5fkd_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcC 5fk1C 5fk2C 5fk3SC 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fke-1 5fk5-1 2ydh-1 3iqr-2 5fk4-1 4aob-1 3iqp-2 3iqn-2 2ygh-1 6m4j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.8 kDa, 1 ポリマー
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1

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.770, 61.770, 153.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30568.338 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION 分子量: 137.327 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.17 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 30 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 12% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→61.77 Å / Num. obs: 6437 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 81.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FK3

5fk3

解像度: 3→57.326 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2934	601	5.3 %
R_work	0.2327	-	-
obs	0.2358	6437	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 121.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→57.326 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2030	41	0	2071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.61	3594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.523	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.3019	0.4053	163	0.3672	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3019-3.7796	0.3595	143	0.3075	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7796-4.7616	0.2569	121	0.2303	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7616-57.3368	0.2604	174	0.1807	2672	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2393	4.6904	-5.4287	7.3739	-2.5685	5.314	-0.4187	0.1926	0.1201	-1.6134	0.4849	-0.1535	-0.1185	-0.2646	-0.1506	1.8078	0.1482	-0.3632	1.5646	0.0548	0.6649	0.7405	-13.2642	37.6785
2	9.3072	-2.6338	1.59	6.7199	-5.8186	6.8551	-0.6633	-0.2895	0.1065	0.8546	-0.4487	-0.4767	0.4875	0.8145	0.9582	1.2087	-0.3364	-0.1597	1.5711	0.0393	0.5959	-14.2123	-13.9828	34.8553
3	3.1512	0.6654	0.4274	8.1777	-5.8269	4.4061	0.02	0.1331	0.0836	-0.6606	-0.2148	0.0631	0.6695	-0.3959	0.2697	1.5414	0.2637	-0.2209	1.7142	-0.287	0.663	-22.7396	-7.4283	21.4529
4	4.4929	3.3208	-5.4995	6.7726	-3.2117	6.8903	-0.4657	2.0321	0.8896	-3.088	0.2292	-0.2247	0.9151	-1.7262	0.3512	3.1048	0.2338	0.2337	2.4321	0.5127	1.1172	-15.8523	9.4039	11.8062
5	3.789	1.2386	-3.8556	1.2598	-1.2945	7.0937	1.2935	0.7209	1.9614	0.5583	-0.0631	0.3172	-4.0367	0.1315	-0.9527	3.5777	0.0024	1.0091	1.7287	0.1774	0.8884	-2.1451	8.1544	7.7713
6	1.8381	0.323	0.2404	2.8337	-3.6296	5.5299	-0.1655	-0.3315	-0.0709	0.3631	-0.1226	-0.0638	-1.5778	1.0363	0.1252	1.3789	-0.1157	0.1893	1.4899	-0.3235	0.5714	-2.0884	-8.4027	12.2341
7	2.0098	-1.0603	-3.0251	3.6799	0.1077	5.2567	-0.4503	-0.2189	0.2709	-0.6325	1.2596	-0.8036	0.4143	1.7487	-0.4736	1.3533	0.2471	0.0073	2.0742	-0.2629	0.6079	-2.5187	-19.6887	11.7951
8	2.6456	2.2115	-1.9716	2.1065	-2.2938	3.1456	-0.9935	0.1435	-0.3188	-1.3051	0.7701	-0.2568	0.0622	0.0581	0.0726	1.4358	0.3056	0.0821	1.5895	-0.1897	0.3481	-8.1925	-7.7472	3.5294
9	4.5541	-0.7446	0.0623	4.5227	-1.5029	4.5966	-0.2991	-0.6413	-0.0197	0.5569	-0.3082	0.3571	-0.2059	-0.1731	0.27	1.8111	0.1366	0.2755	1.916	-0.3306	0.6052	-6.4806	3.199	8.6798
10	6.64	2.1458	-4.5519	3.304	-3.514	4.7509	-0.2327	-1.0809	0.4888	0.0254	0.1534	0.5119	-1.7188	-0.584	0.1889	1.8565	0.4295	0.0237	1.3977	-0.1339	0.631	-16.6495	7.7577	22.9024
11	4.9617	0.2179	3.4908	2.1619	-0.7931	7.2443	0.1069	-0.6246	0.4518	0.7681	-0.1637	0.1278	-0.4734	-0.5426	0.0909	1.6335	0.5415	-0.1065	1.961	-0.6126	0.1675	-17.4918	0.1135	37.7866
12	1.2425	-0.4498	-2.6001	1.4607	0.389	5.6862	-0.2295	0.4376	0.1779	0.322	0.026	0.6521	-0.5634	-1.817	0.2795	2.1286	-0.0861	0.322	2.9628	-0.4377	0.4881	-19.1486	9.618	39.3292
13	8.8912	0.6834	-0.6342	5.419	3.578	4.7347	0.7631	0.5368	0.8213	-0.7448	-0.2053	-0.1584	-0.917	0.7851	-0.7049	1.6411	-0.1158	0.108	1.5419	-0.0046	0.3891	-11.7627	0.4537	25.9951
14	1.3192	0.794	-0.2541	2.1366	1.1134	3.1072	0.1036	-0.1965	-0.0204	0.21	-0.2572	0.2306	0.2507	0.1724	-0.0477	1.3126	-0.5425	-0.3804	1.3497	-0.7318	-0.3947	-15.5087	-11.1125	16.1695
15	3.7719	-1.0702	0.5675	7.2797	4.591	5.0626	-0.0995	-1.6778	-0.0607	1.2006	0.5162	-0.2668	0.8809	1.4605	-0.4655	1.1047	-0.0187	-0.0814	1.3665	-0.1247	0.5048	-9.1735	-22.3065	17.289
16	7.1085	-1.06	6.5643	0.6442	-1.9174	7.8402	-0.0624	0.0125	-0.0925	0.7981	-0.4978	-0.6617	0.9905	0.5156	0.2454	2.0871	-0.1122	-0.2672	1.3703	0.1185	0.539	-15.0184	-36.7209	23.4871
17	1.1992	-0.2492	-1.8066	0.2076	0.3692	2.7418	0.1514	0.275	-0.1323	0.3457	-0.3062	0.3755	1.0487	-0.3773	-0.0781	2.2814	0.554	-0.1496	1.3374	-0.4934	-0.1979	-18.1793	-36.0895	13.3861
18	5.5313	-2.8706	-2.5211	3.6582	-0.0187	2.1431	-1.1092	0.7343	-1.2674	0.5696	0.3151	-0.5248	0.5248	-0.1793	0.7951	1.7152	0.166	-0.0317	0.9184	-0.3043	0.944	-13.0215	-25.9815	27.7371
19	7.1702	-0.454	0.0752	1.5006	1.1746	0.9453	0.4176	0.3532	-0.6493	0.7994	-0.2765	-0.418	0.2592	0.1231	-0.154	1.4417	-0.5559	-0.0358	1.3763	-0.1348	0.198	-6.9502	-10.7084	30.9691
20	3.5194	-1.3672	0.3775	1.2177	-0.4184	4.2316	-0.3309	-0.0034	0.0267	-0.0234	-0.1695	-0.2956	-0.3908	0.5428	-0.0413	1.1784	-0.5992	-0.001	2.1032	0.0354	-0.7224	0.9769	-7.9457	44.7524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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