PDB-5fk5: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is AA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fk5

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is AA

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / : / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.315 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fk5.cif.gz	118.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fk5.ent.gz	95.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fk5_validation.pdf.gz	719.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fk5_full_validation.pdf.gz	722.9 KB	表示
XML形式データ	5fk5_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	5fk5_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk2C 5fk3C 5fk4C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fke-1 5fkd-1 5fk4-1 2ygh-1 4aob-1 2ydh-1 3iqr-2 3iqp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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リシン (Ricin)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.7 kDa, 1 ポリマー
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1

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.784, 61.784, 154.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1125- BA

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30591.377 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-93 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 15 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 8% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.31→28.99 Å / Num. obs: 4912 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 75 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 3.31→3.4 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 1.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 3.315→28.988 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	838	9.9 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.2043	4859	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.315→28.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2032	41	0	2073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.718	3599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.715	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3147-3.522	0.3727	129	0.3206	1259	X-RAY DIFFRACTION	99
3.522-3.7934	0.2925	146	0.2576	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7934-4.1742	0.3251	146	0.2233	1276	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1742-4.7758	0.2529	137	0.1954	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7758-6.0082	0.2329	137	0.166	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0082-28.9887	0.1933	143	0.1691	1282	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9003	2.2171	-4.7858	2.5177	-3.5715	6.8933	-0.4426	0.3567	0.2587	-1.3265	-0.0486	0.1115	-1.0297	1.0069	0.2499	1.2433	-0.4079	-0.1868	0.8667	0.0671	0.9967	0.7807	-13.7019	38.1154
2	2.9704	0.4454	3.0147	6.3799	-0.0656	3.1042	-0.7715	0.0244	-1.2666	-0.2423	-0.4916	0.4086	0.17	0.2179	0.9413	0.7364	-0.3039	-0.0406	1.2236	-0.0316	0.7747	-14.1091	-14.2678	34.8915
3	2.9024	0.4576	0.3938	3.433	-1.762	3.4523	0.3711	0.4213	-0.2431	-0.1896	0.0725	-0.5693	1.517	0.2321	-0.4675	1.178	0.2213	-0.4702	1.4213	-0.3918	1.0555	-21.4422	-7.7181	21.0256
4	0.6687	0.9776	-0.4278	1.5831	-0.2684	0.9108	-0.2598	0.3723	1.1257	-1.4517	-0.3385	-0.2305	0.3072	-1.1266	0.318	2.4114	0.1076	-0.0947	2.5648	0.8507	1.8813	-14.4838	9.12	11.0074
5	7.8041	-1.2406	-3.5364	3.5557	0.4807	2.1342	0.306	0.1112	1.7245	-0.7562	1.0595	-0.5196	-1.9277	0.598	-1.058	2.7303	-0.4208	0.1925	0.9365	-0.1146	1.0162	-0.5586	7.3783	8.004
6	0.2014	-0.5696	-0.1593	1.6982	0.468	0.1299	-0.055	-0.0595	0.0294	-0.1027	-0.0154	-0.032	-0.71	0.1256	-0.3605	0.879	0.0789	-0.0084	1.2484	-1.3534	1.7099	-1.7972	-9.1615	13.3584
7	0.52	-0.0259	0.6482	0.3005	-0.2026	0.9136	-0.1463	0.5269	-0.25	-0.3851	0.1389	-0.6445	0.4784	0.3021	-0.0388	1.0584	0.5345	0.4209	2.0003	-0.9376	1.0828	-1.3854	-20.3155	12.953
8	0.9046	0.5161	-0.5166	1.5593	-0.7718	0.4791	-0.1538	0.064	-0.119	-0.5392	-0.4263	-0.434	0.4022	-0.1692	0.1139	1.1146	0.0181	0.2616	1.8106	-0.6496	1.0541	-7.1112	-8.718	4.3991
9	6.2308	-0.9567	4.7753	3.6704	-2.7385	4.8286	-0.4888	-0.2962	-0.4597	0.126	-0.3308	0.7952	-0.3713	-0.9869	0.7899	1.3061	-0.0399	0.1405	1.1667	-0.4988	1.0685	-4.9758	2.8264	9.7686
10	3.7063	0.8861	-2.3392	3.3623	-2.7513	3.2029	0.02	-0.3957	0.192	-1.0895	0.1875	0.8522	-1.0083	0.3064	-0.2505	1.5517	0.3528	-0.2753	1.1767	-0.2028	0.739	-15.7045	7.2923	22.4651
11	2.7864	-2.9683	0.4367	4.3846	-1.6477	1.3677	-0.1704	-0.6393	-0.4362	-0.238	-0.059	0.5279	0.1566	-0.1281	0.2391	0.6191	0.0902	0.0791	1.231	-0.1406	0.5738	-17.201	0.0188	37.7004
12	3.4937	-1.8187	-1.9643	1.1543	1.2246	1.2661	-1.0575	-0.229	-0.4807	1.2711	0.3193	0.6025	-0.6146	-1.3108	0.5518	1.2078	0.3093	0.2155	2.0253	-0.0981	0.897	-18.7076	9.7266	39.5205
13	8.0233	-2.0521	-6.52	6.4192	2.0618	5.3241	0.0099	-0.2994	0.5368	-0.3252	-0.2656	0.1229	0.0524	-0.1385	0.092	0.9274	0.0584	0.1071	1.3085	-0.2222	0.5854	-11.0859	0.057	26.1778
14	0.541	0.543	-0.6564	0.5757	-0.5045	1.621	-0.0972	-0.1295	-0.1291	-0.086	-0.2536	0.3382	-0.1443	0.1651	0.0106	1.1889	-0.6807	-0.4004	1.4731	-0.5755	-0.0765	-14.8974	-11.7848	16.268
15	6.9481	-0.5407	-1.0187	1.7766	2.5694	3.7199	0.7555	-0.1191	-0.0398	0.9699	0.4894	-0.7326	0.7069	1.1735	-0.9	1.058	-0.0668	-0.1283	1.4378	-0.2999	1.0305	-8.3441	-23.0687	17.9402
16	3.1815	-0.8674	2.4041	0.3042	-1.0795	4.431	-0.3117	-0.0829	0.3107	0.1705	-0.4092	-0.3711	0.1454	0.3077	-0.177	2.8172	0.1267	-1.0006	1.0987	0.3408	1.083	-14.5499	-37.3825	23.4876
17	0.4958	-0.3031	-0.4223	2.3784	1.0585	0.6276	1.1912	0.2918	-1.0162	0.0388	0.1114	-0.0702	0.7085	0.0653	-0.8956	1.6836	0.2392	-0.4087	0.7353	0.0729	0.8755	-17.4871	-36.4556	13.2371
18	0.4139	0.0703	-0.0507	0.8651	-0.562	0.9209	0.1127	0.0444	-0.0936	0.1347	0.446	0.1738	-0.1911	0.2638	-0.3463	1.925	0.0844	-0.01	0.8105	-0.1643	1.0713	-12.5886	-26.7188	28.0615
19	4.897	-0.36	-0.3713	2.258	-1.1895	5.1272	0.8863	-0.014	-1.2513	0.8022	-0.3526	0.0378	1.1225	0.621	-0.7533	0.5825	-0.116	-0.2385	0.7821	-0.0043	0.7652	-6.8089	-11.0919	31.3707
20	0.0913	0.241	-0.5429	2.0941	-0.0227	4.5049	-0.5548	0.3344	-0.0934	-0.3732	-0.1113	-0.15	-1.3349	0.6638	0.3413	0.6687	-0.4701	-0.7094	1.3874	0.2861	-0.0319	0.6969	-8.429	44.9874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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