PDB-5fk2: SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is GG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fk2

タイトル

SAM-I riboswitch bearing the H. marismortui Kt-7 variant 3bn is GG

要素

SAM-I RIBOSWITCH

キーワード

RNA / KINK TURN / RNA MOTIF / SAM-I RIBOSWITCH

機能・相同性

: / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2015年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fk2.cif.gz	119.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fk2.ent.gz	96.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fk2_validation.pdf.gz	826.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fk2_full_validation.pdf.gz	829.7 KB	表示
XML形式データ	5fk2_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	5fk2_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fj0C 5fj1C 5fj4C 5fjcSC 5fk1C 5fk3C 5fk4C 5fk5C 5fk6C 5fkdC 5fkeC 5fkfC 5fkgC 5fkhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gx3-d 5fk6-d 5fk3-d 3gx7-d 4aob-d 5fkf-d 5fkd-d 5fkg-d 5fkh-d 2gis-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-I RIBOSWITCH

ヘテロ分子

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.480, 61.480, 153.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2003- HOH

#1: RNA鎖	SAM-I RIBOSWITCH 分子量: 30623.377 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) THERMOANAEROBACTER TENGCONGENSIS (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 40 MM NA-CACODYLATE (PH 7.0), 80 MM KCL, 10 MM BACL2, 12 MM SPERMINE-HCL, 14% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→76.87 Å / Num. obs: 9734 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 75.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FJC

5fjc

解像度: 2.6→57.085 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2726	904	5.2 %
R_work	0.2157	-	-
obs	0.2187	9656	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→57.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2034	38	14	2086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.648	3603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.131	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	475
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	96

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6002-2.7631	0.4707	142	0.4336	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7631-2.9764	0.4713	128	0.3768	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9764-3.2759	0.3627	161	0.2642	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2759-3.7499	0.3301	143	0.2194	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7499-4.7241	0.2164	178	0.1855	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7241-57.099	0.2237	152	0.1759	2728	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6356	-3.2187	1.884	8.7162	6.0325	6.6354	2.7699	-2.5352	-2.0229	-0.099	-2.7422	-1.0799	-2.7716	-0.0769	-0.1418	1.1375	-0.5408	0.0317	0.943	0.2393	0.835	-13.2857	0.4659	-37.5688
2	3.9844	3.8618	1.0233	9.5265	-5.5456	7.4587	-1.6792	0.4361	0.0981	0.8103	-0.1993	1.6347	-2.0433	-1.4066	1.0702	1.3367	-0.3921	0.0665	0.6233	0.1476	0.6031	-14.0729	-14.0294	-34.7177
3	0.1159	-0.1673	-0.4495	8.5971	-0.5093	2.0333	0.168	0.4842	-0.0651	-0.577	0.5747	0.5992	1.0793	-1.0834	-0.2046	1.015	-0.0622	0.2457	1.0293	0.2487	0.8944	-7.5098	-22.4418	-21.608
4	5.2741	0.6713	-0.7382	1.8695	2.577	3.9539	-1.3794	-3.2522	0.8258	0.58	-0.2747	-1.4937	2.1334	0.3829	-0.2163	1.5556	0.4141	-0.5834	2.1242	-0.041	1.0536	8.9505	-16.6488	-11.3354
5	2.7534	2.2771	-2.1419	3.8939	-1.5665	3.4688	1.6305	0.706	-0.7626	0.389	-1.4824	-1.3198	-2.3323	3.213	-0.5946	1.2313	-0.3708	0.15	2.4939	-0.4105	0.7928	8.2297	-1.8731	-7.6812
6	7.8377	2.5859	3.6122	5.1379	1.1495	2.2387	0.2573	0.3913	0.5749	0.3494	-0.733	0.2479	0.7609	1.7146	0.5932	0.8754	0.0844	0.1264	0.77	0.0437	0.5579	-8.0403	-1.9587	-12.0941
7	8.8786	1.4311	5.5763	2.2551	-1.0319	5.1737	1.7647	-1.0407	1.1094	0.3991	0.0655	-0.4458	-2.72	-2.1898	-0.2806	1.5145	0.3803	0.3097	0.7216	-0.1091	0.6495	-19.4286	-2.2605	-11.5345
8	3.4996	0.8491	-0.2379	5.1987	-0.3709	6.6659	-0.3099	-1.4087	-0.1887	-0.3322	0.5646	-0.1282	0.26	0.4583	-0.1785	0.9398	0.1894	0.0169	1.1228	-0.0397	0.4698	-7.4183	-7.7039	-3.4059
9	2.5771	0.4456	0.7285	1.5388	1.6551	2.0716	-0.1456	1.0785	-0.5256	-0.4074	0.2337	-0.1418	0.4539	-1.1119	0.0149	1.0676	0.1168	0.1047	1.4459	-0.2252	0.676	3.3044	-6.1673	-8.6704
10	4.9834	1.7827	2.0792	2.0087	0.8393	5.1217	-0.2937	-0.4704	-0.3967	-0.9063	0.5719	-0.5903	0.7585	2.55	-0.0071	1.0863	0.3417	0.0531	1.5886	-0.0998	0.7218	7.3871	-16.7909	-22.6714
11	3.5025	-2.0905	-1.8978	2.4069	0.0855	1.9943	0.4653	0.6189	-0.2218	-1.2482	-0.6356	-0.0216	1.8441	1.5513	0.2522	1.3641	0.0107	0.1974	1.1814	0.0122	0.4988	0.018	-17.3253	-37.8863
12	6.3544	-3.1706	-1.5711	4.9333	4.0374	3.5565	0.2649	0.5942	-0.5199	-1.1238	-0.856	-0.5233	4.2761	-0.3185	0.1214	2.1543	-0.0584	0.4695	1.3424	-0.2036	0.9212	9.2564	-19.0236	-39.3839
13	2.6108	-1.3152	-2.0416	2.2467	-0.6385	2.8243	-0.5669	0.0355	0.2861	-0.7065	1.1091	-0.8659	-0.048	3.5619	-0.498	1.1456	-0.1493	0.0271	1.2474	-0.1464	0.5738	0.3255	-11.793	-25.912
14	0.2085	0.0694	-0.7292	3.0679	-0.3189	2.1362	0.2198	-0.6745	-0.1186	-0.5228	-0.0271	0.0779	-0.2508	0.8526	-0.0438	0.9411	-0.1521	0.1938	0.913	0.1512	0.7841	-11.128	-15.2568	-15.8345
15	6.5519	-1.3812	-1.2029	4.09	-0.4668	3.4004	-0.6938	-0.4091	0.6183	-0.3161	-0.0384	-0.5138	-0.5594	-0.7889	0.2153	1.0419	0.106	0.003	0.7323	0.1162	0.5976	-22.0864	-9.0848	-16.9498
16	5.3963	-2.0901	-1.7618	8.1952	-4.7252	4.487	-1.3298	-0.9822	1.462	0.4107	0.7428	0.2443	0.6395	-2.9127	0.2603	1.1022	0.1009	-0.0042	1.52	0.2134	0.6478	-36.5465	-14.6449	-23.2626
17	4.8987	-0.3589	-1.6881	3.434	1.6148	3.2817	-0.7751	1.2072	-0.5459	0.7582	0.4309	0.8494	0.1454	-2.421	0.0697	0.8576	0.2676	0.1554	1.4525	0.1208	0.6189	-35.8993	-17.7995	-13.2247
18	4.3785	1.3993	-1.3446	2.1491	-1.1896	5.7634	0.5516	1.4914	1.2155	1.0601	-0.2473	2.2043	-1.1657	-1.3572	-0.3286	1.0611	0.1691	0.2467	0.9693	0.0768	0.9461	-25.7913	-12.59	-27.3722
19	2.4321	-1.2877	-2.8557	3.3375	0.0352	7.194	-0.0336	1.3364	1.4184	-0.6378	0.2386	0.2019	-0.8259	-0.0076	-0.1631	0.7729	-0.1695	0.0999	0.5927	0.1001	0.6699	-10.637	-6.8275	-30.7522
20	2.5873	-2.0092	1.3657	3.8785	-1.8	1.2311	0.9265	-1.8137	0.768	-0.5725	-1.6308	0.6955	0.4366	1.1258	0.3598	1.3799	-0.3138	-0.0981	0.7682	0.0292	0.6857	-8.0032	1.0602	-44.5623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 5:8)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 9:12)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 13:16)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 17:20)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 21:24)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 25:28)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 29:33)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 34:39)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 40:45)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 46:49)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 50:56)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 57:60)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 61:64)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 65:69)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 70:73)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 74:80)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 81:84)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 85:90)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 91:94)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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