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- PDB-5fj0: Structure of the standard kink turn HmKt-7 as simple duplex in P4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fj0
タイトルStructure of the standard kink turn HmKt-7 as simple duplex in P4222 space group
要素HMKT-7
キーワードRNA / KINK TURN / RNA MOTIF
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A Critical Base Pair in K-Turns Determines the Conformational Class Adopted, and Correlates with Biological Function.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2015年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMKT-7
B: HMKT-7
C: HMKT-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7746
ポリマ－18,7013
非ポリマー733
水00
1
A: HMKT-7
B: HMKT-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5164
ポリマ－12,4682
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HMKT-7
ヘテロ分子

C: HMKT-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5164
ポリマ－12,4682
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_449-y-1,-x-1,-z+9/21
単位格子
Length a, b, c (Å)50.504, 50.504, 144.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: RNA鎖 HMKT-7


分子量: 6233.833 Da / 分子数: 3 / 断片: KINK TURN MOTIF, RESIDUES 1-19 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.04 M MAGNESIUM CHLORIDE 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 5% V/V 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月25日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.32 Å / Num. obs: 10187 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CS1

4cs1


解像度: 2.2→47.692 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 490 4.8 %
Rwork0.203 --
obs0.2047 10187 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1242 3 0 1245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4182178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.273672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.51840.4871910.37033098X-RAY DIFFRACTION100
2.5184-3.17290.34221400.27853206X-RAY DIFFRACTION100
3.1729-47.70330.2011590.17623393X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30750.1329-0.0150.19040.15460.27770.7927-0.9719-0.0826-1.2223-0.0658-0.91550.55370.5240.00251.0314-0.0737-0.01130.90240.01570.57027.2049-51.5541297.6033
21.3934-0.2241-0.18911.04151.19241.29210.4426-1.21020.61640.0333-0.04450.0371-0.0234-0.37290.00120.8104-0.24730.06080.9098-0.10440.75726.2268-40.9724307.0666
30.3431-0.1118-0.08730.2219-0.33050.6275-0.14510.05661.1843-0.19770.4436-0.3326-0.83920.94890.0120.3998-0.99880.57970.7822-0.61041.928818.6718-30.0839307.8203
40.0899-0.03310.13340.27460.45291.11120.8985-0.26670.94970.342-0.1266-0.43711.0411.30050.03781.0649-0.1020.36391.03770.00431.284323.5175-42.575299.2708
50.264-0.18980.10810.1618-0.00460.3220.8719-0.06650.9797-0.93630.3438-0.2641-0.49621.01440.00451.2207-0.15060.46530.8609-0.031.224719.6796-40.5389291.2064
60.08760.0170.05550.52630.50680.48060.78610.10151.0836-1.002-0.137-0.0434-0.76530.975-0.0040.9902-0.13780.32830.7738-0.05991.284619.2243-33.8856299.2233
70.36830.60120.06230.98820.06940.02490.1689-1.25710.53581.0916-0.3867-1.82590.3618-0.036-0.05320.7431-0.19320.18881.1468-0.32190.948913.3718-37.1238312.6555
81.36-0.30990.95130.9043-0.46550.70290.2963-0.74310.8937-0.952-0.04260.7084-1.208-0.44450.00470.8653-0.23480.09710.9446-0.16970.67952.4682-40.9918303.4971
90.31370.02150.0856-0.00620.01670.042-0.4718-0.2853-0.4927-0.2104-0.31531.44680.2485-0.0234-0.00131.0231-0.1352-0.10080.60960.17881.3058-24.665-35.2785332.7834
100.8426-0.1038-0.86530.099-0.21392.0420.24530.0882-0.1662-0.2929-0.73472.63510.96380.351-0.08641.1065-0.00880.05080.5326-0.03471.2427-16.9632-42.515332.3782
110.34620.1170.2460.36080.28180.28630.15771.33330.42070.5430.03080.2323-0.1181.23910.02680.77480.06020.19050.85680.08310.7273-3.9111-40.5136325.2385
120.22210.00210.28230.38360.28120.46030.14140.9266-0.4127-1.0363-0.28920.84890.56060.31550.00060.8112-0.07940.081.08250.20920.9185-14.086-34.8402315.1014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:4)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 5:11)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 12:15)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 16:19)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 1:5)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 6:9)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 10:13)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 14:19)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 1:5)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 6:9)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 10:14)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 15:19)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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