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万見
- PDB-5ego: HOXB13-MEIS1 heterodimer bound to methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ego
タイトルHOXB13-MEIS1 heterodimer bound to methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*G)-3')
  • Homeobox protein Hox-B13
  • Homeobox protein Meis1
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / heterodimer / complex / bound to DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell growth involved in cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / embryonic pattern specification / definitive hemopoiesis / methyl-CpG binding / regulation of growth / megakaryocyte development ...cell growth involved in cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / lens morphogenesis in camera-type eye / negative regulation of myeloid cell differentiation / eye development / embryonic pattern specification / definitive hemopoiesis / methyl-CpG binding / regulation of growth / megakaryocyte development / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / response to testosterone / hemopoiesis / negative regulation of neuron differentiation / epidermis development / animal organ morphogenesis / locomotory behavior / brain development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / : / Hox protein A13 N terminal / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / Homeobox protein Hox1A3 N-terminal / : / Hox protein A13 N terminal / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Meis1 / Homeobox protein Hox-B13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Morgunova, E. / Yin, Y. / Jolma, A. / Popov, A. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors.
著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / ...著者: Yin, Y. / Morgunova, E. / Jolma, A. / Kaasinen, E. / Sahu, B. / Khund-Sayeed, S. / Das, P.K. / Kivioja, T. / Dave, K. / Zhong, F. / Nitta, K.R. / Taipale, M. / Popov, A. / Ginno, P.A. / Domcke, S. / Yan, J. / Schubeler, D. / Vinson, C. / Taipale, J.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Meis1
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')
B: Homeobox protein Hox-B13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4564
ポリマ－25,4564
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.976, 51.480, 113.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein Meis1


分子量: 6756.834 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 279-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEIS1 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O00470
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 5600.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*(5CM)P*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 5458.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質 Homeobox protein Hox-B13


分子量: 7640.061 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 217-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOXB13 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q92826
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 5000, potassium chloride, magnesium chloride, Tris, PEG 400
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→40 Å / Num. obs: 8290 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XRM

4xrm


解像度: 2.54→38.544 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 379 4.61 %random
Rwork0.2279 7835 --
obs0.2296 8214 97.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.57 Å2 / Biso mean: 70.1019 Å2 / Biso min: 49.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→38.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1013 737 0 20 1770
Biso mean---60.53 -
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0652644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.895746
LS精密化 シェル解像度: 2.5401→2.9076 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4971 130 -
Rwork0.3921 2555 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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