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- PDB-3gls: Crystal Structure of Human SIRT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gls
タイトルCrystal Structure of Human SIRT3
要素NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / NAD dependent deacetylase / sirtuin / apo structure / Metal-binding / Mitochondrion / NAD / Polymorphism / Transit peptide / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jin, L. / Wei, W. / Jiang, Y. / Peng, H. / Cai, J. / Mao, C. / Dai, H. / Bemis, J.E. / Jirousek, M.R. / Milne, J.C. ...Jin, L. / Wei, W. / Jiang, Y. / Peng, H. / Cai, J. / Mao, C. / Dai, H. / Bemis, J.E. / Jirousek, M.R. / Milne, J.C. / Westphal, C.H. / Perni, R.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Human SIRT3 Displaying Substrate-induced Conformational Changes.
著者: Jin, L. / Wei, W. / Jiang, Y. / Peng, H. / Cai, J. / Mao, C. / Dai, H. / Choy, W. / Bemis, J.E. / Jirousek, M.R. / Milne, J.C. / Westphal, C.H. / Perni, R.B.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
C: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
D: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
E: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
F: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,46315
ポリマ－189,6746
非ポリマー7899
水2,144119
1
A: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8283
ポリマ－31,6121
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6782
ポリマ－31,6121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6782
ポリマ－31,6121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6782
ポリマ－31,6121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7743
ポリマ－31,6121
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8283
ポリマ－31,6121
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.371, 143.935, 91.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NAD-dependent deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / SIR2-like protein 3 / hSIRT3


分子量: 31612.348 Da / 分子数: 6 / 断片: Human SIRT3, residues 118-399 / 変異: residues 118-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / プラスミド: modified pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月12日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(111) side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→65 Å / Num. obs: 45823 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 6877 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GLR

3glr


解像度: 2.7→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 12.172 / SU ML: 0.247 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24376 2313 5.1 %RANDOM
Rwork0.18218 ---
obs0.18529 43482 84.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.98 Å20 Å2-1.16 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12860 0 25 119 13004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02213160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.98817928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86151632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45822.75560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.005152111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.99915113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2870.26487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3390.29168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3040.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0121.58335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.429213353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30435204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5254.54575
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 152 -
Rwork0.264 3313 -
obs-3463 87.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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