[日本語] English
万見
- PDB-6cp9: Contact-dependent growth inhibition toxin - immunity protein comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cp9
タイトルContact-dependent growth inhibition toxin - immunity protein complex from Klebsiella pneumoniae 342
要素
  • CdiA
  • CdiI
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin / RNase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI / TOXIN-ANTITOXIN complex / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / toxin activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Filamentous haemagglutinin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102318 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Convergent Evolution of the Barnase/EndoU/Colicin/RelE (BECR) Fold in Antibacterial tRNase Toxins.
著者: Gucinski, G.C. / Michalska, K. / Garza-Sanchez, F. / Eschenfeldt, W.H. / Stols, L. / Nguyen, J.Y. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Hayes, C.S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors.
著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / ...著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / Goulding, C.W. / Gurusaran, M. / Gutsche, I. / Harding, C.J. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Leiman, P.G. / Loppnau, P. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Michalska, K. / Mir-Sanchis, I. / Mitra, A. / Moult, J. / Phillips Jr., G.N. / Pinkas, D.M. / Rice, P.A. / Tong, Y. / Topf, M. / Walton, J.D. / Schwede, T.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CdiA
B: CdiI
C: CdiA
D: CdiI
E: CdiA
F: CdiI
G: CdiA
H: CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0588
ポリマ－110,0588
非ポリマー00
水41423
1
A: CdiA
B: CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5152
ポリマ－27,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
2
C: CdiA
D: CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5152
ポリマ－27,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12330 Å2
手法PISA
3
E: CdiA
F: CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5152
ポリマ－27,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
4
G: CdiA
H: CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5152
ポリマ－27,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.643, 145.446, 84.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

HOH

21B-204-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
CdiA / Filamentous haemagglutinin family protein


分子量: 14030.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (strain 342) (肺炎桿菌)
株: 342 / 遺伝子: KPK_4110 / プラスミド: pMCSG63 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Y0C2
#2: タンパク質
CdiI


分子量: 13484.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌)
株: 342 / プラスミド: pMCSG63 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Na citrate pH 5.0, 8% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 41852 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 34.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 22.7 % / Rmerge(I) obs: 2.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2053 / CC1/2: 0.722 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→29.724 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 2035 4.87 %
Rwork0.1807 --
obs0.1833 41787 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7377 0 0 23 7400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96510129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9724495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5458-2.6050.3751170.28822464X-RAY DIFFRACTION93
2.605-2.67010.34711530.2792582X-RAY DIFFRACTION100
2.6701-2.74220.34061410.26812626X-RAY DIFFRACTION100
2.7422-2.82290.3341250.25642634X-RAY DIFFRACTION99
2.8229-2.91390.3141330.24362631X-RAY DIFFRACTION100
2.9139-3.0180.33571430.24212637X-RAY DIFFRACTION100
3.018-3.13870.27911210.2362644X-RAY DIFFRACTION100
3.1387-3.28140.23751260.21222651X-RAY DIFFRACTION100
3.2814-3.45410.25921350.21182647X-RAY DIFFRACTION100
3.4541-3.67020.23681460.18532637X-RAY DIFFRACTION99
3.6702-3.95290.26221400.17262663X-RAY DIFFRACTION100
3.9529-4.34960.21461450.15572659X-RAY DIFFRACTION100
4.3496-4.97650.18781260.13612712X-RAY DIFFRACTION100
4.9765-6.26020.21921110.16262752X-RAY DIFFRACTION100
6.2602-29.72560.19171730.1642813X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77134.417-3.57495.5991-3.08866.2152-0.58641.94161.5338-1.28920.01090.03380.8162-2.8616-0.70950.83440.1192-0.25721.39950.25181.031838.67916.9232-37.2942
28.7487-3.0804-3.75285.013-1.44283.59560.19311.60091.29621.0691-0.92950.3799-1.02910.99620.87470.5811-0.1156-0.15640.80570.10220.952431.86816.9426-27.2338
38.48437.18611.72916.1420.85061.29570.3387-0.07120.68320.2624-0.23620.3369-0.1217-0.2418-0.02890.76760.00210.09430.776-0.04480.92832.0418.1665-18.283
42.7122-4.1924-2.72198.11644.5423.46450.34051.38090.8778-1.3167-0.1059-0.3413-0.6642-0.1293-0.22820.8397-0.11020.09620.77710.14080.593742.72798.7772-29.5054
57.813-0.0465-2.05275.9183-1.03331.8334-0.21810.7823-0.5081-0.32610.07380.14640.1216-0.02020.10710.4394-0.0462-0.01190.5114-0.07270.4142.153-4.1799-23.5916
69.47791.26910.79933.3255-2.13342.5009-0.27241.8116-0.279-0.76570.26490.33850.46720.5117-0.36120.5761-0.0035-0.02830.6938-0.00710.513337.9235-3.326-27.2351
77.0477.1028-6.46457.2434-6.56255.91970.5709-1.21030.40630.0624-1.0125-0.70760.16240.91680.43320.68810.10080.08790.6362-0.10570.748531.0503-14.323-16.0065
85.2729-4.3068-3.22643.63062.4422.2289-0.38571.241-0.7255-0.0144-0.05560.16780.0196-0.42890.56920.6543-0.211-0.05370.7317-0.01910.993216.426-18.5251-15.3721
94.6806-3.1493-4.26152.42593.13564.18080.9362-0.52760.1417-0.4832-0.03870.29170.27050.5437-0.90610.583-0.1234-0.1680.61460.00340.711419.5346-9.9257-23.8028
105.22-2.9828-4.76065.48534.18144.4377-0.13621.4463-0.2550.5673-0.23450.72630.832-1.94870.48710.5187-0.1287-0.01180.87030.00830.670410.7966-8.2264-14.0292
118.9166-4.5329-6.28727.66154.30146.04450.2987-0.16110.245-0.1288-0.01850.1937-0.3278-0.429-0.29730.50810.0026-0.03890.61240.0730.513618.091-2.4606-12.1274
128.4909-0.77010.65658.73512.38226.9299-0.3422-0.9062-0.34420.45270.2368-0.33010.6526-0.03320.05320.46110.0202-0.01810.47720.03480.433123.7938-12.3694-3.9606
134.7415.07782.92835.51243.30872.49290.5279-2.4792-0.26411.12530.0558-0.1855-0.07520.3612-0.88880.6446-0.00830.02780.8943-0.00350.538624.4069-5.62931.6358
146.4328-5.09051.21516.82811.40242.17540.4413-2.6512-1.10010.34430.454-0.0564-1.346-2.0832-0.97770.7913-0.14580.10411.56270.04660.715436.4705-6.552234.3462
157.8595-7.04724.48778.9605-0.78646.34510.2298-0.4387-0.65930.2224-0.09050.72360.6736-0.2859-0.12010.79270.06030.15040.89730.11570.686726.3201-6.93719.0033
165.6658-5.73370.69945.7759-1.07062.8201-0.742-1.105-0.78830.43710.7018-0.5268-0.0241-0.0346-0.26971.02830.1074-0.04050.85120.08381.004335.0259-15.191615.1067
171.21370.3789-0.60722.06460.20944.44740.2892-1.3767-0.72131.2380.2942-0.22631.0388-0.286-0.64531.01670.173-0.13931.14170.29840.970239.3015-10.591927.8329
189.17530.14350.47317.95880.60873.1659-0.6162-0.67610.63990.21980.16420.5249-0.07160.64450.48640.75430.13660.05830.8434-0.08050.660540.31639.363419.9151
197.9712-4.47470.05955.995-0.53913.46230.1636-0.9106-0.6848-0.97110.5211-0.42070.41770.9971-0.48650.63080.2406-0.00880.8788-0.00930.701943.0225-5.037720.1911
208.6813-4.7486-5.66643.81346.02949.8774-0.3428-1.5562-0.56160.28070.13450.7867-0.6680.1906-0.06660.64490.2361-0.04230.98020.02370.452239.7253-1.607919.6115
212.83981.2907-2.0492.01134.52654.3376-0.1673-0.59950.6032.24591.08011.16010.57641.5897-0.52971.32370.3808-0.0281.7492-0.30960.840236.38118.314531.1182
223.7234-3.8867-3.97254.47354.22635.76480.6665-0.45950.2282-1.13360.8171-0.47090.32721.292-1.20530.75450.25330.02920.886-0.10350.536936.9688-4.104817.6063
235.9744-6.0865.69576.4744-6.03265.51350.20180.5925-0.8352-0.368-0.19140.1617-0.51241.1477-0.07670.86360.00960.09130.8645-0.11080.691532.131711.723510.5353
242.8411-0.33892.96855.50813.81556.4309-0.6243-0.91050.68090.15730.0727-1.4149-0.8786-1.48490.75020.82260.35510.09010.7692-0.01920.997918.063417.75389.2188
256.81910.38976.01625.53560.132310.00290.6203-0.215-0.04520.0285-0.5176-0.15370.2252-0.5121-0.10390.60520.24940.13440.98350.03230.540819.53749.413317.6904
264.1215-0.26525.74434.3015-0.20128.0105-0.0008-0.6764-0.9028-0.3340.34890.6477-0.9107-1.6138-0.27210.55820.30210.03040.9630.07240.713511.3128.16367.4219
277.36811.89477.27354.56033.33228.79150.5442-0.2944-0.01050.1077-0.0650.04120.1897-0.5125-0.38030.530.14340.05240.79680.01610.494119.88523.54837.8551
284.9462-0.0585.00972.6167-0.16595.2272-0.50030.53-0.49351.35460.70031.45940.7344-0.6489-0.24440.92560.07180.08010.89060.2041.05414.3935-2.34913.6682
295.3402-5.12754.72284.7757-4.483.9092-0.06540.2712-0.08050.07210.7180.2472-0.7803-0.0009-0.13050.7089-0.06110.08250.7702-0.0480.642625.550413.64110.1724
302.7181-4.65412.42358.8448-2.10545.80781.03740.1567-0.2522-1.3177-0.0677-0.0043-0.84310.149-0.91830.64490.08920.07510.609-0.03480.505626.526411.707-1.4231
312.9482-0.3074-1.08016.87221.87648.5953-0.6962-0.1378-0.5193-0.14220.3031-0.0722-0.78560.04960.44230.533-0.0426-0.03360.52390.05110.510424.38317.2876-3.1594
323.2142-2.7522-4.5099.89844.26896.41340.4760.35091.0091-0.16580.0937-0.51420.19530.1154-0.84040.59140.06980.0340.814-0.10660.601327.56973.5913-7.2658
336.71430.4828-4.59457.34632.45864.3113-1.17041.95710.13720.9067-0.6981-1.1247-1.2112-0.7741.51881.5906-0.203-0.10381.47520.23881.5389-7.654841.19790.8449
345.1689-3.71362.41449.363-6.21857.54760.23240.32150.1159-0.5133-0.15741.0178-0.1832-0.247-0.10360.95120.08310.02710.69010.02130.9545-3.744830.592116.2061
353.6265-4.61043.39227.5911-1.77087.68910.39120.43320.5051-0.8436-0.45580.90460.0886-0.51840.16160.83380.0457-0.12280.75290.02221.2457-12.781437.943221.1028
362.25673.36312.04885.05342.24817.4712-0.32550.93891.1859-1.44080.12550.2261-1.32310.00860.29061.27160.0531-0.05710.74610.38460.9923-5.04644.077710.6498
377.4795-1.59142.06072.99362.29323.2209-0.80980.71380.2757-1.0159-0.3222-1.8734-0.59331.30960.55840.9356-0.0940.33960.99190.33451.565413.161140.945418.3387
382.3172-2.6176-0.174.98840.03515.59-0.43950.25120.2657-1.0204-0.2310.2027-0.18020.48070.43860.79410.06080.09710.52730.15490.86220.075143.835319.1945
399.69283.26192.82635.4095-2.51573.6776-0.96351.1117-0.47460.05872.30521.683-0.6217-0.1247-1.80771.9469-0.01340.28661.25750.17550.865911.111738.92036.8191
409.72190.5545-2.94948.3014-0.45636.31210.5263-0.82560.297-0.1055-0.00240.0178-0.84990.5568-1.00730.8323-0.05060.11690.61070.17750.8261-0.55838.863520.9868
415.3109-5.36077.09185.4676-7.20529.481-0.5194-0.20520.11651.39150.35421.9478-0.93880.96950.1790.7263-0.03260.36240.93390.07191.277214.788531.997626.9824
429.52184.3221-6.36812.6482-3.64765.169-0.2181-0.74450.6907-1.4072-0.2359-0.58280.70471.15080.34290.91670.34180.00340.88630.00620.976119.52717.392826.9306
436.67071.94650.73658.6716-6.75279.51110.67821.15260.5134-0.05640.13980.4783-0.70720.6021-0.79440.87350.21470.24120.73710.01240.645511.203720.481318.6455
449.1274-2.89160.39760.9768-0.65413.7581-0.2497-0.3871-0.7987-0.3293-0.1823-0.81671.58240.55340.36741.26960.24720.12610.5850.04210.79679.335511.334328.0955
459.00447.5445-4.43519.119-6.2518.3732-0.28230.65390.4461-0.59960.5951-0.28760.50930.0078-0.180.64220.09440.1230.45750.02950.5235.50720.34528.5689
465.13072.8897-1.35983.7407-4.46746.58430.88950.3654-0.70331.2324-0.58730.15860.9134-0.2002-0.40260.92570.0608-0.03580.65060.03440.8792-0.813815.18132.344
479.2159-2.24271.12786.564-1.51387.39630.53280.27210.88170.4576-0.66640.24310.08041.1350.11750.5876-0.00030.11340.5832-0.05580.688115.33324.623337.395
485.45521.81741.15792.2227-1.43926.14260.4491-0.37691.27820.4555-0.365-0.1691-0.72590.8194-0.02890.7257-0.01130.23480.5876-0.05160.69049.898423.442140.0099
492.92392.44352.37254.35456.179.34540.1025-0.03760.94072.01350.6591.0347-0.86150.7202-0.65641.0866-0.03710.24020.52020.06060.9066.396826.525444.4636
503.58715.25015.12248.9996.38568.78430.18640.5078-0.1313-0.110.4941-1.17791.0961.2861-0.86221.0723-0.44460.10941.4352-0.46421.24097.218529.49968.281
514.26845.73170.91798.5694-1.03244.57031.6105-1.77281.70041.2806-1.3365-0.3906-0.59631.7092-0.47190.8777-0.20180.24911.3139-0.41411.370611.304629.026757.5793
522.02191.3552-0.98754.14990.42915.8476-0.7828-1.3460.97621.2709-1.7231.0168-0.62190.4929-3.08211.1185-1.0198-0.27021.3951-1.99671.686911.361538.026970.3395
539.45926.6219-2.95996.0083-5.21048.0183-0.1125-1.0344-0.6786-0.1489-0.0555-1.0189-0.94740.37490.211.2052-0.03350.35480.9162-0.31531.506-8.908339.31862.5656
543.87330.56152.58591.58070.28571.61431.4898-1.11182.93011.0849-0.7071-0.338-0.67580.7275-0.51.1413-0.45980.34831.2367-0.63671.87794.688140.94262.2988
558.4225-1.551-4.31235.9483-1.29865.1128-0.5181-1.3643-0.47481.05710.1922-0.6486-0.18780.8659-0.06381.1598-0.28880.26121.0409-0.47941.1417-1.795934.844166.9543
565.08546.08295.47957.43716.54165.9-1.04530.66380.5806-1.39111.2713-1.058-1.2842-0.1027-0.38281.0817-0.06460.46280.8519-0.18331.3534-11.17731.256853.1324
574.2873-2.4282-4.51765.45882.66424.8087-0.0618-0.22681.28560.7998-0.52220.91870.9455-0.70690.48491.0193-0.32430.12730.6504-0.03230.9151-16.762616.913951.1716
584.26213.41183.7413.64823.91684.37750.2555-1.63120.1386-1.34040.2417-0.6049-0.7594-1.0023-0.58860.8444-0.22030.14580.954-0.1670.8262-8.494618.332759.8516
593.6989-1.9218-1.74784.85524.25463.70470.35780.0629-0.485-0.779-0.21940.01080.5804-0.67990.2081.0532-0.21160.09550.655-0.08130.7152-7.378510.501249.2472
604.94690.6162-0.37627.21293.86947.59220.3754-0.61240.13420.79630.28-0.06990.52740.8649-0.62270.7449-0.02310.03410.5413-0.09330.5753-0.767417.437848.2982
618.02492.6438-1.03953.34451.29095.8410.5261-0.03511.3406-0.2388-0.16020.3631-0.2876-0.9274-0.28180.69510.02760.20850.5141-0.0070.7866-9.871224.845840.6346
622.3872.2408-3.74953.5092-5.53058.59950.9182-0.01110.7421-0.0245-0.9317-0.4604-0.29030.1766-0.45920.60670.06770.16080.5858-0.09370.864-3.625123.398935.6002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 144 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 161 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 162 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 206 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 207 through 244 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 245 through 261 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 8 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 9 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 17 through 28 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 29 through 39 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 40 through 69 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 70 through 107 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 108 through 116 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 145 through 154 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 155 through 174 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 175 through 185 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 186 through 206 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 207 through 219 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 220 through 235 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 236 through 245 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 246 through 251 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 252 through 261 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1 through 8 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 9 through 16 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 17 through 28 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 29 through 39 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 40 through 59 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 60 through 69 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 70 through 82 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 83 through 91 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 92 through 107 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 108 through 116 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 143 through 149 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 150 through 174 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 175 through 190 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 191 through 206 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 207 through 219 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 220 through 245 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 246 through 251 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 252 through 261 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 1 through 8 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 9 through 16 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 17 through 28 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 29 through 39 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 40 through 59 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 60 through 69 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 70 through 91 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 92 through 107 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 108 through 116 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'G' and (resid 151 through 161 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'G' and (resid 162 through 185 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'G' and (resid 186 through 206 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'G' and (resid 207 through 219 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'G' and (resid 220 through 244 )
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'G' and (resid 245 through 259 )
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'H' and (resid 1 through 8 )
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'H' and (resid 9 through 16 )
58X-RAY DIFFRACTION58chain 'H' and (resid 17 through 28 )
59X-RAY DIFFRACTION59chain 'H' and (resid 29 through 39 )
60X-RAY DIFFRACTION60chain 'H' and (resid 40 through 69 )
61X-RAY DIFFRACTION61chain 'H' and (resid 70 through 107 )
62X-RAY DIFFRACTION62chain 'H' and (resid 108 through 115 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る