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Yorodumi- PDB-6cp9: Contact-dependent growth inhibition toxin - immunity protein comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cp9 | ||||||||||||
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Title | Contact-dependent growth inhibition toxin - immunity protein complex from Klebsiella pneumoniae 342 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TOXIN/ANTITOXIN / toxin / RNase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI / TOXIN-ANTITOXIN complex / Protein Structure Initiative | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) Klebsiella pneumoniae 342 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.55 Å | ||||||||||||
Authors | Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI) | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2019 Title: Convergent Evolution of the Barnase/EndoU/Colicin/RelE (BECR) Fold in Antibacterial tRNase Toxins. Authors: Gucinski, G.C. / Michalska, K. / Garza-Sanchez, F. / Eschenfeldt, W.H. / Stols, L. / Nguyen, J.Y. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Hayes, C.S. #1: Journal: Proteins / Year: 2019 Title: Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors. Authors: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / ...Authors: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / Goulding, C.W. / Gurusaran, M. / Gutsche, I. / Harding, C.J. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Leiman, P.G. / Loppnau, P. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Michalska, K. / Mir-Sanchis, I. / Mitra, A. / Moult, J. / Phillips Jr., G.N. / Pinkas, D.M. / Rice, P.A. / Tong, Y. / Topf, M. / Walton, J.D. / Schwede, T. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cp9.cif.gz | 386.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6cp9.ent.gz | 334.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cp9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6cp9_validation.pdf.gz | 481 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6cp9_full_validation.pdf.gz | 492.4 KB | Display | |
Data in XML | 6cp9_validation.xml.gz | 32.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6cp9_validation.cif.gz | 44.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cp9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14030.411 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (strain 342) (bacteria) Strain: 342 / Gene: KPK_4110 / Plasmid: pMCSG63 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B5Y0C2 #2: Protein | Mass: 13484.120 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae 342 (bacteria) / Strain: 342 / Plasmid: pMCSG63 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 0.1 M Na citrate pH 5.0, 8% PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 9, 2017 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→30 Å / Num. obs: 41852 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 34.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.59 Å / Redundancy: 22.7 % / Rmerge(I) obs: 2.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2053 / CC1/2: 0.722 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.55→29.724 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→29.724 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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