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- PDB-6cp8: Contact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cp8
タイトルContact-dependent growth inhibition toxin-immunity protein complex from from E. coli 3006
要素
  • CdiA
  • CdiI
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin / RNase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / toxin activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Family of unknown function (DUF6862) / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Contact-dependent inhibitor A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102318 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Convergent Evolution of the Barnase/EndoU/Colicin/RelE (BECR) Fold in Antibacterial tRNase Toxins.
著者: Gucinski, G.C. / Michalska, K. / Garza-Sanchez, F. / Eschenfeldt, W.H. / Stols, L. / Nguyen, J.Y. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Hayes, C.S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Target highlights in CASP13: Experimental target structures through the eyes of their authors.
著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / ...著者: Lepore, R. / Kryshtafovych, A. / Alahuhta, M. / Veraszto, H.A. / Bomble, Y.J. / Bufton, J.C. / Bullock, A.N. / Caba, C. / Cao, H. / Davies, O.R. / Desfosses, A. / Dunne, M. / Fidelis, K. / Goulding, C.W. / Gurusaran, M. / Gutsche, I. / Harding, C.J. / Hartmann, M.D. / Hayes, C.S. / Joachimiak, A. / Leiman, P.G. / Loppnau, P. / Lovering, A.L. / Lunin, V.V. / Michalska, K. / Mir-Sanchis, I. / Mitra, A. / Moult, J. / Phillips Jr., G.N. / Pinkas, D.M. / Rice, P.A. / Tong, Y. / Topf, M. / Walton, J.D. / Schwede, T.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CdiA
B: CdiA
C: CdiI
D: CdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9367
ポリマ－73,5144
非ポリマー4223
水3,135174
1
A: CdiA
C: CdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0874
ポリマ－36,7572
非ポリマー3302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
2
B: CdiA
D: CdiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8493
ポリマ－36,7572
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.707, 106.534, 72.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CdiA / Contact-dependent inhibitor A


分子量: 17999.445 Da / 分子数: 2 / 変異: deltaN332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTQ06_14245 / Variant: O157:H16 / プラスミド: pMCSG63 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2A2CAY5
#2: タンパク質 CdiI


分子量: 18757.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BTQ06_14240 / Variant: O157:H16 / プラスミド: pMCSG63 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2A2C800
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES/Na pH 7.0, 18% PEG12K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 38085 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 11.28
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 1879 / CC1/2: 0.664 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.201→29.632 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1189 3.12 %
Rwork0.1761 --
obs0.1774 38054 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→29.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5011 0 27 174 5212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8236935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2863138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2008-2.3010.29551370.23434354X-RAY DIFFRACTION93
2.301-2.42220.26591350.22334639X-RAY DIFFRACTION100
2.4222-2.57390.27691520.21854608X-RAY DIFFRACTION100
2.5739-2.77250.24721560.21494652X-RAY DIFFRACTION100
2.7725-3.05120.26691560.20734615X-RAY DIFFRACTION100
3.0512-3.49220.24311360.19224665X-RAY DIFFRACTION100
3.4922-4.39740.17691550.14574648X-RAY DIFFRACTION100
4.3974-29.63430.17681620.14064684X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.635-1.58151.88957.91470.42154.6812-0.11530.47990.6315-0.36530.1606-0.465-0.5060.12010.03460.3063-0.05680.03360.3792-0.03370.3582-4.207411.842572.1758
22.371-0.61152.91976.55340.15793.8427-0.2834-0.05680.71220.02190.17370.185-0.14-0.2062-0.01140.36530.09090.01770.35790.00830.3256-13.66059.55274.097
34.79480.77374.18232.9445-0.42354.25780.27771.301-0.09810.1648-0.19120.80250.16871.5730.32970.62420.1166-0.00770.5217-0.02610.4303-23.567511.987276.1192
43.23331.7364.46541.39361.94446.845-0.1737-0.4310.6971-0.2933-0.43950.2814-0.453-0.63230.42250.30370.1476-0.01520.3489-0.03960.4296-40.06679.954462.9969
52.1566-0.4293-0.34940.1978-0.43453.8229-0.15380.46860.35620.4377-0.02380.505-0.4241-0.77090.03680.3490.0384-0.05190.4787-0.05880.4126-42.31695.141349.2461
62.1136-0.26593.41060.3949-0.29967.81550.16560.0174-0.03530.0440.14210.08420.0313-0.0511-0.0390.28660.03070.03590.248-0.00610.29-28.20076.962571.2266
76.6169-4.8035-7.26476.53157.23789.2964-0.09610.2391-0.31140.0553-0.24970.36780.1818-0.0580.40670.3344-0.049-0.00320.39520.01410.3482-11.24616.705784.7631
85.17890.7141-3.46172.94981.13777.49490.18740.3544-0.53340.27080.5088-0.41121.51840.26450.03680.48780.0685-0.090.3356-0.01550.4253-7.3799-4.049672.8505
93.65530.3118-4.03541.1989-0.94295.5722-0.06840.0828-0.31210.1608-0.00180.01760.0916-0.1264-0.09730.31510.0074-0.01230.29210.0230.2805-15.8473-2.686779.8233
105.25981.376-4.71891.6731-1.75295.3265-0.0430.3032-0.14690.07930.2711-0.128-0.0536-0.2251-0.27570.33080.0194-0.00360.3214-0.06440.2537-12.43520.449969.2926
113.18821.86081.64073.49770.6158.2694-0.094-0.3832-0.17190.0040.11430.92410.3096-0.3795-0.01180.31670.1204-0.04940.44910.14060.4813-28.0749-41.385657.0929
122.90780.89430.20234.1195-0.33143.30150.02760.00120.1027-0.2784-0.0532-0.09710.3385-0.17490.00790.39160.023-0.06260.38220.06580.3417-23.4485-38.124849.7541
136.0435-0.1708-4.0894.3154-1.52894.6259-0.16070.6129-0.2903-0.7429-0.5608-0.64010.696-0.31290.35980.54310.09890.06290.39020.08950.5152-10.0088-31.604349.7861
141.77851.1709-2.04262.7939-3.21397.4233-0.1438-0.1386-0.4391-0.5603-0.2579-0.41570.70370.53240.48520.57850.14030.13220.38090.03980.518-3.6558-23.957327.1843
151.59040.5255-1.37772.1278-1.80612.1571-0.0991-0.042-0.2269-0.2808-0.2423-0.4625-0.00290.65890.25860.35440.04360.0170.290.09640.4794-10.2919-25.365741.3946
162.48321.2326-0.67142.8241-3.26544.05640.0404-0.1054-0.58210.3458-0.0751-0.44020.30660.12780.19460.485-0.001-0.06690.41040.05310.4238-16.9742-30.929262.3541
174.56950.27434.35584.4720.39954.1471-0.0983-0.01130.10740.25870.11450.3799-0.4026-0.3986-0.17850.32610.0208-0.00190.36730.04370.3522-31.9904-25.682252.7932
189.07170.95995.90833.43781.52969.2454-0.02950.19540.2908-0.06540.1878-0.297-0.6330.1453-0.16230.37170.02450.03880.281-0.0050.2695-25.0418-24.148752.4805
197.2729-0.79093.7072.7819-0.97387.70930.12980.70720.55210.2613-0.256-0.3817-1.18270.6926-0.0240.3866-0.01160.06860.3792-0.03590.3858-15.2345.455250.5611
207.1631-0.08042.98292.69522.0387.46990.0204-0.15180.3666-0.2030.3018-0.3081-0.67820.9526-0.03140.3557-0.10490.04360.336-0.03330.3117-11.5567.449361.0758
216.19180.14213.7922.1399-0.20388.4513-0.10970.13750.7858-0.0718-0.10320.1576-0.8766-0.01410.17240.3573-0.00510.02930.25720.00110.3453-22.97877.206954.1888
226.37940.13843.10331.8975-0.42187.78620.46140.5238-0.0445-0.2735-0.11420.0744-0.32260.2587-0.33810.29120.08190.01550.349-0.0550.3011-23.9155-1.919147.2359
235.4668-0.5028-0.0824.56022.79716.87060.06-0.4812-0.00530.02850.3337-0.46160.46251.2579-0.10480.49270.04720.00830.33440.00160.3994-18.154-6.872559.666
246.78990.49031.43513.76160.63185.3454-0.06960.20630.401-0.3974-0.25430.4084-0.4589-0.25440.07820.25840.0114-0.02260.3107-0.01340.2903-31.109-1.657952.7215
255.51690.16130.94533.14290.39444.83750.020.4316-0.3418-0.45360.10620.00690.6564-0.2445-0.07970.30650.00770.01420.2799-0.05260.274-32.2585-12.434853.0252
264.33850.1710.32063.31410.52324.10980.34150.3187-0.1804-0.3293-0.20910.21830.1682-0.48490.11040.27620.0053-0.04750.336-0.06440.2943-42.018-6.434955.3188
275.76711.7564.76350.62341.63067.06440.3638-0.249-1.37460.2123-0.00360.08061.6725-0.7567-0.28320.5172-0.137-0.05770.3973-0.00890.4758-37.9534-15.858363.4193
282.1212-0.21882.6434.19240.66216.85730.3569-0.22550.3837-0.0095-0.28980.14280.0934-0.24320.08310.3313-0.06070.02980.3591-0.00820.3633-32.1005-5.553772.3684
292.3336-0.16063.33113.36230.21947.33330.2083-0.56020.23070.3176-0.42780.6676-0.6651-0.7339-0.01240.28310.00020.00080.49240.08930.3917-44.0427-6.59366.8779
303.1626-4.53010.38566.5339-1.11676.6235-0.09680.0001-0.1751-0.0847-0.13512.17651.1149-2.1145-0.67260.5368-0.2963-0.07990.60050.07250.7284-50.504-13.384661.651
316.84370.5462-2.87514.81972.43299.3653-0.68270.5252-1.1716-0.17030.03510.13660.97250.09970.39860.5547-0.09490.00010.3288-0.00240.5008-29.3971-31.656128.714
323.81231.9317-0.09544.4899-0.67082.2214-0.2119-0.0616-0.5779-0.31950.0925-0.24320.8948-0.03190.10920.6303-0.05360.00480.316-0.00730.4164-23.3317-31.890633.5369
334.40041.3552-0.92294.7946-0.37442.3466-0.66080.81480.2202-0.69790.68670.21170.7972-0.65840.02160.6333-0.2034-0.1020.44630.04640.3887-25.9345-21.865423.5089
343.60062.1279-0.8634.4012-0.87223.514-0.18680.25350.1611-0.35980.23690.12760.1849-0.3226-0.03360.41920.0057-0.05290.2441-0.00540.2461-21.0875-18.89629.4575
354.11462.1798-0.60343.7318-1.51134.9815-0.00590.11330.1488-0.35070.10450.16280.30980.0652-0.0950.3606-0.0208-0.0290.19920.01890.2438-15.0302-10.314127.6772
362.47130.2272-0.18582.0958-0.79463.10990.12030.0807-0.0364-0.22270.04850.07510.08920.0219-0.12770.3286-0.0020.02330.2109-0.01570.2872-11.9881-6.944532.642
375.2151.0675-1.20353.8076-3.11643.64810.310.04240.3323-0.2282-0.6933-0.845-0.17741.33330.07320.3439-0.01540.04160.39210.01270.3213-3.294-5.043432.0575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 175 through 197 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 198 through 208 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 209 through 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 217 through 233 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 234 through 241 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 242 through 276 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 277 through 285 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 286 through 299 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 300 through 320 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 321 through 336 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 175 through 183 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 184 through 208 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 209 through 216 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 217 through 241 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 242 through 270 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 271 through 285 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 286 through 299 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 300 through 336 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 4 through 20 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 21 through 30 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 31 through 45 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 46 through 59 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 60 through 66 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 67 through 81 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 82 through 97 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 98 through 123 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 124 through 135 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 136 through 145 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 146 through 156 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 157 through 161 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 5 through 20 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 21 through 45 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 46 through 59 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 60 through 81 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 82 through 113 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 114 through 145 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 146 through 161 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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