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Yorodumi- PDB-7jfn: Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jfn | ||||||
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Title | Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein from Brucella ovis, closed conformation | ||||||
Components | Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Leu/Ile/Val-binding protein / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / amino acid transport / Periplasmic binding protein-like I / : / NITRATE ION / Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Brucella ovis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein from Brucella ovis, closed conformation Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jfn.cif.gz | 203 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jfn.ent.gz | 132.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jfn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/7jfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/7jfn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xfkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43109.500 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (bacteria) Strain: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / Gene: BOV_A0021 / Plasmid: BrovA.17370.a.B2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A0H3ATZ3 | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-K / | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: ...Details: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: 257609a12, cryo: 20%EG+soak, puck tds8-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 20, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 43048 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 5.665 % / Biso Wilson estimate: 33.786 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 22.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: open form structure, PDB entry 4xfk Resolution: 1.7→34.82 Å / SU ML: 0.1953 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.8366 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→34.82 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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