PDB-7jfn: Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jfn

タイトル

Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein from Brucella ovis, closed conformation

要素

Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Leu/Ile/Val-binding protein / : / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / amino acid transport / Periplasmic binding protein-like I / : / NITRATE ION / Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Brucella ovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein from Brucella ovis, closed conformation
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jfn.cif.gz	203 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jfn.ent.gz	132.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/7jfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/7jfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xfkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cp8-1 3vv8-d 6kih-4 2iq7-1 5ukf-1 1kcc-d 1xag-d 2ons-d 1mpp-d 3q4d-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrovA.17370.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.770, 69.390, 120.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein 分子量: 43109.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア) 株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: BOV_A0021 / プラスミド: BrovA.17370.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3ATZ3
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: 257609a12, cryo: 20%EG+soak, puck tds8-10

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A12: 20% PEG 3350, 200mM Potassium nitrate: BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml: over night soak with 10mM Thr (did not show in electron density): tray: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月20日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 43048 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.665 % / B_iso Wilson estimate: 33.786 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 0.971 / Net I/σ(I): 22.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	3.939	0.43	2.57	2653	0.842	0.487	82.3
1.74-1.79	4.462	0.358	3.51	2779	0.902	0.402	88.9
1.79-1.84	5.259	0.283	5.14	2972	0.954	0.314	98
1.84-1.9	6.004	0.226	7.32	2971	0.975	0.247	100
1.9-1.96	6.078	0.174	9.7	2871	0.985	0.19	100
1.96-2.03	6.075	0.133	12.86	2799	0.99	0.146	100
2.03-2.11	6.046	0.102	16.76	2654	0.994	0.112	99.9
2.11-2.19	6.027	0.085	19.89	2610	0.996	0.093	99.9
2.19-2.29	6.02	0.071	23.29	2478	0.996	0.078	99.9
2.29-2.4	5.954	0.06	26.75	2396	0.997	0.065	99.9
2.4-2.53	5.924	0.053	30.56	2275	0.998	0.059	99.8
2.53-2.69	5.89	0.046	33.59	2139	0.998	0.051	99.9
2.69-2.87	5.874	0.04	37.22	2038	0.998	0.044	99.9
2.87-3.1	5.81	0.036	40.95	1905	0.999	0.04	99.9
3.1-3.4	5.809	0.033	44.15	1750	0.999	0.036	99.9
3.4-3.8	5.801	0.029	47.22	1591	0.999	0.031	99.9
3.8-4.39	5.786	0.027	48.7	1428	0.999	0.03	99.8
4.39-5.38	5.812	0.023	49.86	1214	0.999	0.025	100
5.38-7.6	5.701	0.021	48.98	974	0.999	0.023	100
7.6-50	4.985	0.02	46.25	551	0.999	0.022	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: open form structure, PDB entry 4xfk

4xfk

解像度: 1.7→34.82 Å / SU ML: 0.1953 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.8366
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1939	1944	4.52 %	0
R_work	0.1555	41102	-	-
obs	0.1571	43046	97.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2918	0	17	288	3223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	3065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9086	4169
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0607	464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8346	1119

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.3241	115	0.258	2441	X-RAY DIFFRACTION	82.05
1.74-1.79	0.2636	120	0.2253	2623	X-RAY DIFFRACTION	88.8
1.79-1.84	0.2461	152	0.1919	2863	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.84-1.9	0.1961	144	0.1696	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.97	0.1864	147	0.1645	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.05	0.2342	138	0.159	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.05-2.14	0.2083	142	0.1574	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.14-2.25	0.1945	133	0.1522	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.25-2.4	0.1874	153	0.155	2985	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.4-2.58	0.2215	117	0.1572	3023	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.58-2.84	0.2301	138	0.1585	2995	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.84-3.25	0.182	175	0.1549	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.25-4.1	0.1709	138	0.142	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.1-34.82	0.1721	132	0.1482	3222	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.25743920778	0.333350332879	-0.0283802255398	1.68443489154	-0.454704701319	2.098387861	-0.0337459621483	-0.0370453210549	0.0754355156604	0.142354224403	-0.0684075580807	-0.0168608236401	-0.0518052498538	0.0937876108056	0.100845771334	0.145460924878	-0.0096991084721	-0.00649648684536	0.153660580037	0.00636757303727	0.159111893257	21.1418219751	13.5990101333	12.6447103541
2	2.17359459107	-1.15235086291	0.780876768952	3.63675387081	-0.532058849215	2.76184814857	-0.022054500598	-0.0109414353439	-0.263109918793	0.110263850538	-0.0240347709724	0.171483514286	0.194350148207	0.186818990709	0.0482268298261	0.189420497115	0.000487766732735	0.0281737217711	0.157722216741	0.00748478130621	0.173527277277	18.3772096085	-15.801383292	15.5670091731
3	2.75984610201	0.317907142947	0.518972343414	2.77488374499	1.06881487041	3.96630155865	0.0161122531824	0.249294335873	-0.0231517386908	-0.372512182162	0.0043787905018	0.305919858952	-0.12267683227	-0.0370507151718	-0.0426291732308	0.144387677034	-0.00763496967223	-0.0556496037287	0.158604040068	0.0418452906896	0.184146314867	10.5897625227	9.99091157846	3.2231056025
4	2.2141593031	-1.31158567678	-0.269778671517	5.04014233525	1.21651727448	2.39966061947	0.0725775849889	0.14886956796	-0.1619341607	0.0117999008087	-0.170524079531	0.520879373362	0.0975461622831	-0.0815060947143	0.121179263102	0.134842167942	-0.0142344241775	-0.0078075158472	0.221351654882	-0.0046407737392	0.247789142804	7.88122257104	-2.69525432226	9.85857216226

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 81 through 209 )	81 - 209	1 - 129
2	2	chain 'A' and (resid 210 through 345 )	210 - 345	130 - 265
3	3	chain 'A' and (resid 346 through 403 )	346 - 403	266 - 323
4	4	chain 'A' and (resid 404 through 470 )	404 - 470	324 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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