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- PDB-7c7j: Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c7j | ||||||
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Title | Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / SHANK3 / Rap1b / SPN / Ras | ||||||
Function / homology | ![]() guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / Rap protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / modification of postsynaptic structure / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of cell volume ...guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / postsynaptic density assembly / Rap protein signal transduction / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / modification of postsynaptic structure / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of cell volume / regulation of cell junction assembly / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / NMDA glutamate receptor clustering / vocalization behavior / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / neuron spine / regulation of dendritic spine morphogenesis / AMPA glutamate receptor clustering / dendritic spine morphogenesis / Rap1 signalling / brain morphogenesis / establishment of endothelial barrier / Neurexins and neuroligins / regulation of long-term synaptic potentiation / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of establishment of cell polarity / ciliary membrane / azurophil granule membrane / regulation of long-term synaptic depression / adult behavior / positive regulation of dendritic spine development / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / social behavior / neuromuscular process controlling balance / RET signaling / cellular response to cAMP / synapse assembly / ionotropic glutamate receptor binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Integrin signaling / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / lipid droplet / small monomeric GTPase / G protein activity / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / memory / SH3 domain binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / actin binding / scaffold protein binding / cell population proliferation / dendritic spine / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / neuron projection / GTPase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / extracellular exosome / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, L.X. / Pan, L.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Mechanistic Insights into the Interactions of Ras Subfamily GTPases with the SPN Domain of Autism-associated SHANK3. Authors: Xu, X.L. / Liu, J.P. / Wang, Y.L. / Wang, Y. / Gong, X. / Pan, L.F. #1: ![]() Title: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. Authors: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / ...Authors: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H. #2: ![]() Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 271.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 182.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7c7iC ![]() 4dxaS ![]() 5g4xS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 19063.572 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: G12V,Q63E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11193.857 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 96 molecules ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→191.93 Å / Num. obs: 20943 / % possible obs: 92.4 % / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 37.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.264 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.346 / Num. unique obs: 1118 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5G4X, 4DXA Resolution: 2.39→47.98 Å / SU ML: 0.3642 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.7631 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.39→47.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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